Descifrando la resistencia de Candida auris en América Latina: Candida.app vs. Pathogenwatch

Abstract

Candida auris es un patógeno emergente asociado a infecciones sistémicas graves. Su persistencia en superficies, alta transmisibilidad, difícil identificación y multirresistencia lo convierten en una amenaza global. A pesar de su creciente aparición en América Latina, no existen estudios sobre los genes de resistencia de las cepas circulantes y su distribución a nivel regional, dificultando la vigilancia epidemiológica. Herramientas como Pathogenwatch y Candida.app facilitan el estudio genómico de secuencias disponibles públicamente; sin embargo, es crucial evaluar la concordancia de sus resultados para determinar su utilidad en vigilancia epidemiológica, toma de decisiones clínicas y establecimiento de protocolos. En este estudio, se identificó los genes de resistencia y variantes de 125 secuencias WGS Illumina de C. auris de aislados sanguíneos obtenidos de América Latina (Colombia: 104, Venezuela: 21) disponibles en el NCBI-SRA mediante Pathogenwatch y Candida.app. Se analizó la calidad (FASTQC), eliminó lecturas (Trimmomatic) con umbrales de calidad (AQ) de 20 y 30, y ensambló (SPAdes) en el servidor Galaxy Australia. El perfil de resistencia de las secuencias AQ 20 fue más amplio. Candida.app presentó mayor discrepancia entre umbrales que Pathogenwatch, y en general identificó más variantes. Se identificaron las variantes ERG11_I466M, ERG11_Y501H, ERG11_F444, ERG11_Y132F, ERG11_K143R, asociadas con la resistencia al fluconazol y voriconazol; y ERG11_E343D, ERG11_K177R y ERG11_N335S poco estudiadas, pero aparentemente relacionadas con la filogenia. La disponibilidad limitada de secuencias en América Latina resalta la urgencia de ampliar la vigilancia de C. auris en la región. Las diferencias en la identificación de variantes entre Candida.app y Pathogenwatch según el AQ resaltan la importancia de estandarizar los análisis bioinformáticos. Este estudio contribuye a la caracterización de los aislados de C. auris obtenidos de América Latina y subraya la importancia de implementar estrategias de control para evitar la propagación de cepas resistentes y de explorar aquellas variantes escasamente documentadas hasta la fecha.