Caracterización de la microbiota bacteriana por secuenciación de 3era generación en Amblyomma spp. (Acari: Ixodidae) colectadas en las regiones Costa, Sierra y Amazonía, Ecuador

Abstract

Las garrapatas son ectoparásitos obligados y hematófagos, consideradas el vector más importante en la transmisión de enfermedades en animales, y el segundo en los seres humanos. Alrededor del mundo se han realizado múltiples investigaciones sobre la microbiota en garrapatas y la influencia en su biología, lo que ha permitido caracterizar la variedad de virus, bacterias y protozoarios. Amblyomma es el género más diverso reportado dentro de Ecuador y frecuentemente se la encuentra en zonas compartidas entre animales domésticos y fauna silvestre. El estudio de la microbiota requiere el uso de técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o técnicas de secuenciación. La mayoría de los estudios de la microbiota emplean técnicas de secuenciación de siguiente generación (NGS), pero estas plataformas solo permiten la secuenciación de fragmentos cortos de un gen. La tecnología Nanopore (MinION) ha permitido la secuenciación de fragmentos largos de ADN a bajo costo. En Ecuador se han identificado por PCR algunos géneros de bacterias en diferentes especies de garrapatas, pero no se ha reportado una caracterización completa de la microbiota bacteriana presenten en las garrapatas del género Amblyomma, por lo que se desconoce los posibles agentes infecciosos adicionales a los ya reportados que puedan estar circulando en animales de vida silvestre y domésticos. Objetivo: Caracterizar la microbiota bacteriana en especies de garrapatas del género Amblyomma mediante secuenciación de tercera generación, contribuyendo así en el conocimiento sobre las especies de bacterias que se encuentran circulando en el Ecuador continental. Métodos: Se seleccionarán 41 muestras de ADN de garrapatas, recolectadas en diez provincias del área continental del Ecuador y que pertenezcan a especies del género Amblyomma. Se realizará la amplificación del gen 16S ARNr empleando primers internos unidos a una secuencia adicional de anclaje. Los amplicones serán purificados y cuantificados, y posteriormente se construirán las librerías según las indicaciones del kit SQK-LSK114 y EXP-PBC001. La secuenciación de las librerías se realizará con el secuenciador MinION empleando la celda de flujo FLO-MIN114 R10.4.1 siguiendo las instrucciones del fabricante. El análisis de las secuencias será realizado mediante el programa EPI2ME. Resultados esperados: Se espera obtener la composición de la microbiota bacteriana presente en las garrapatas, estableciendo las diferencias entre las especies del género Amblyomma analizadas y su relación con el lugar de origen. También, se espera obtener la riqueza y diversidad de la microbiota bacteriana de las especies de Amblyomma, lo cual permitirá realizar una comparación entre las regiones o provincias donde fueron recolectadas cada garrapata. Y con la información de los géneros y especies de bacterias encontradas en Amblyomma spp., se espera realizar una clasificación de las bacterias según su relevancia en la salud pública y veterinaria, así como de las bacterias simbiontes, contribuyendo a la vigilancia de estos ectoparásitos.