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https://repositorio.uisek.edu.ec/handle/123456789/5382| Título : | Caracterización genómica de resistencia antimicrobiana mediante secuenciación del genoma completo de Enterobacterias procedentes del biobanco del año 2023 del Hospital General Docente de Calderón, Quito-Ecuador |
| Autor : | Ramírez Iglesias, José Rubén Guevara Bahamonde, Matilde Tatiana |
| Palabras clave : | BIOMEDICINA RESISTENCIA BACTERIANA NANOPORE OXFORD TAXONOMÍA PLÁSMIDOS |
| Fecha de publicación : | sep-2024 |
| Editorial : | Universidad Internacional Sek |
| Citación : | CT-CBIO G939c/2024 |
| Resumen : | La resistencia bacteriana hace referencia a la capacidad que tienen determinadas cepas bacterianas para tolerar la acción de los antibióticos destinados a evitar su proliferación lo que dificulta su tratamiento y aumenta el riesgo de infecciones graves y potencialmente mortales. Infecciones causadas por bacterias multiresistentes dificulta el tratamiento ya que llega a ser costoso debido a la necesidad de usar antibióticos de última línea y más prolongados. Además, la presencia de elementos móviles como plásmidos podrían llegar a propagarse de una persona a otra, o entre personas y animales, exacerbando el problema a nivel poblacional y global. De las enterobacterias más aisladas en el ámbito hospitalario, el género Klebsiella spp, es la más preocupante, ya que posee la capacidad de adquirir y diseminar múltiples mecanismos de resistencia complicando el tratamiento y control; es un patógeno oportunista que causa una variedad de enfermedades infecciosas, incluyendo infecciones del tracto urinario, bacteriemia, neumonía y abscesos hepáticos. En el Ecuador existe una limitada información de genes implicados en la resistencia bacteriana. En este estudio, se analizaron 27 aislamientos bacterianos, principalmente Klebsiella app, organizados en cuatro"Barcodes". Se llevó a cabo una secuenciación de genoma completo utilizando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies, generando un total de 3,106 lecturas con un rendimiento de 15.4 millones de bases y una calidad promedio (QScore) de 8.55. Se identificaron diversos genes de resistencia, incluyendo aquellos asociados a resistencia a aminoglucósidos (rrsH, aadA, rrsD, rrsB), fluoroquinolonas (parE, QnrB5, QnrB1, QnrB19, QnrS3, gyrA), y bombas de eflujo (acrA, YojI, mdtB). Además, mediante análisis metagenómico identificó la presencia de un plásmido asociados con la diseminación de resistencia a betalactámicos pIncX-SHV. Este estudio subraya el valor de la secuenciación de genoma completo para proporcionar una comprensión exhaustiva de los mecanismos de resistencia y enfatiza la necesidad de establecer y mantener biobancos microbianos para facilitar estudios retrospectivos y prospectivos en la lucha contra la resistencia antimicrobiana |
| Descripción : | Bacterial resistance refers to the ability of certain bacterial strains to tolerate the action of antibiotics designed to prevent their proliferation, making treatment more difficult and increasing the risk of severe and potentially fatal infections. Infections caused by multidrug-resistant bacteria complicate treatment as they become costly due to the need for last-resort and prolonged antibiotics. Additionally, the presence of mobile elements like plasmids can spread from person to person or between people and animals, exacerbating the problem on a population and global scale. Among the enterobacteria most commonly isolated in hospital settings, the genus Klebsiella spp. is particularly concerning as it has the capacity to acquire and disseminate multiple resistance mechanisms, complicating treatment and control; it is an opportunistic pathogen causing a range of infectious diseases, including urinary tract infections, bacteremia, pneumonia, and liver abscesses. In Ecuador, there is limited information on genes involved in bacterial resistance. In this study, 27 bacterial isolates, primarily Klebsiella spp., were analyzed and organized into four "Barcodes." Whole-genome sequencing was performed using the Oxford Nanopore Technologies MinION device, generating a total of 3,106 reads with a yield of 15.4 million bases and an average quality score (QScore) of 8.55. Various resistance genes were identified, including those associated with aminoglycosides (rrsH, aadA, rrsD, rrsB), fluoroquinolones (parE, QnrB5, QnrB1, QnrB19, QnrS3, gyrA), and efflux pumps (acrA, YojI, mdtB). Additionally, metagenomic analysis identified the presence of a plasmid associated with the dissemination of β-lactam resistance, pIncX-SHV. This study underscores the value of whole-genome sequencing in providing a comprehensive understanding of resistance mechanisms and highlights the need to establish and maintain microbial biobanks to facilitate retrospective and prospective studies in the fight against antimicrobial resistance |
| URI : | https://repositorio.uisek.edu.ec/handle/123456789/5382 |
| Aparece en las colecciones: | Maestría en Biomedicina |
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