Secuenciación con nanoporos y análisis bioinformático para la vigilancia de genes de resistencia a antibióticos en Quito-Ecuador

Abstract

La resistencia a los antibióticos es un problema de salud pública global que amenaza la seguridad de los pacientes y la efectividad de los tratamientos médicos. En Ecuador, la prevalencia de bacterias Gram-negativas resistentes a antibióticos, como Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae es de alto interés, sobre todo porque se han reportado aumentos en los casos clínicos, animales e incluso ambientales. Las bacterias pueden albergar plásmidos con genes de resistencia, lo que limita las opciones terapéuticas disponibles para el tratamiento de las infecciones. Esta investigación presenta un estudio centrado en la secuenciación por nanoporos y el análisis bioinformático de plásmidos portadores de genes de resistencia a antibióticos en bacterias de Ecuador. El objetivo del presente estudio se centró en determinar la diversidad de genes de resistencia presentes en plásmidos donados de diferentes muestras clínicas. Se analizaron 2071 lecturas secuenciadas con tecnología ONT, encontrando 228 genes de resistencia en 277 secuencias plasmídicas recuperadas, de los cuales se asocia a 7 plásmidos que cumplen con las características señaladas en esta investigación siendo ColRNAI, IncN, IncR y Col8282 los plásmidos de interés. De los genes de resistencia encontrados destacan resistencias a carbapenémicos, quinolonas, cloranfenicol, sulfonamidas y aminoglucósidos. Los resultados de este estudio aportan información valiosa sobre la resistencia a los antibióticos en Ecuador, lo que puede contribuir al desarrollo de estrategias de prevención y control más eficaces, ya que brindan una clara prospección para ser utilizada como un tamizaje epidemiológico. Los hallazgos subrayan la importancia de utilizar herramientas avanzadas de secuenciación y bioinformática para desentrañar las complejidades de los mecanismos de resistencia en las poblaciones bacterianas, contribuyendo en última instancia a la comprensión y gestión global de la resistencia a los antibióticos.