Determinación del oncobioma pulmonar a partir de datos producidos por NGS

Abstract

: En la búsqueda de mejores tratamientos para el diagnóstico oportuno y preventivo del cáncer pulmonar múltiples investigaciones se han desarrollado bajo un tópico muy interesante y poco estudiado al que hoy en día llamamos microbiota, compartida por todos los seres humanos, pero con respuestas independientes para cada individuo, verdaderas asociaciones microbianas que están en estrecha relación huésped-hospedador, capaces de inducir y modificar respuestas celulares. En la actualidad el microbioma pulmonar ha sido el menos estudiado y mediante técnicas masivas de secuenciación se ha analizado el ARN 16S bacteriano, tal es así que se ha descubierto la migración bidireccional desde el intestino hacia el pulmón de la microbiota local sugiriéndonos que la microbiota intestino-pulmón es dinámica y cambiante gracias a estímulos bacteria-bacteria-hospedador; hoy en día hay estudios que sugieren que el oncobioma pulmonar tiene especies bacterianas que pueden inducir a una progresión acelerada del cáncer. El objetivo de este estudio es caracterizar el oncobioma pulmonar mediante el análisis metagenómico de muestras de tejido pulmonar obtenidas de pacientes con adenocarcinoma, cáncer de células escamosas y sujetos sanos, utilizando datos de secuenciación de nueva generación (NGS) disponibles en la base de datos Sequence Read Archive (SRA) de NCBI. Además, se comparó la composición de la microbiota presente en estas muestras con la de la microbiota fecal de sujetos sanos y pacientes con cáncer de pulmón, con el fin de identificar posibles asociaciones entre la microbiota intestinal y pulmonar y el desarrollo del cáncer de pulmón. Este estudio proporcionará una comprensión más profunda de la microbiota asociada con el cáncer de pulmón, lo que podría tener implicaciones significativas para el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de esta enfermedad. Métodos: Se utilizaron lecturas crudas de secuenciación de la sección SRA de NCBI provenientes de muestras de pulmón sano, con adenocarcinoma, cáncer escamoso, y muestras de heces de pacientes sanos y con cáncer de pulmón. Se aplico un pipeline de análisis metagenómico en la plataforma Galaxy para determinar la microbiota relacionada a estas muestras, para la significancia estadística se usó la diversidad de Shannon y el Test- Kolmogorov-Smirnov. Resultados: El adenocarcinoma fue el tipo histológico más diverso es especies dentro de los dos tipos de cáncer de pulmón estudiados, se encontró también similitud y diferencia entre subespecies bacterianas y su diversidad tanto en muestras de pulmón sano como con cáncer. Conclusiones: Los resultados de este estudio revelaron la distintas asociaciones microbianas relacionada al adenocarcinoma, al cáncer escamoso así como las alteraciones de las mismas dentro del cáncer de pulmón además, se observó como la microbiota fecal está relacionada con este tipo de cáncer; estos hallazgos profundizan el conocimiento existente sobre el oncobioma pulmonar y permite perfilar algunos microorganismos como posibles marcadores para el diagnóstico oportuno de esta enfermedad.