Metagenómica bacteriana basada en el 16S de garrapatas obtenidas de bovinos de tres provincias del oriente ecuatoriano a través de secuenciación de tercera generación

Abstract

Rhipicephalus microplus es una especie de garrapata reconocida mundialmente por su impacto en la ganadería y la salud pública. La comprensión de su bacterioma es vital para entender su papel como vector de enfermedades. A pesar de su importancia, en Ecuador, el conocimiento sobre su diversidad bacteriana es escaso, marcando una notable deficiencia dada su influencia económica y sanitaria. El objetivo de la presente investigación fue determinar el perfil microbiano presente en las garrapatas recolectadas en tres provincias del oriente ecuatoriano (Orellana, Sucumbíos y Napo) a través de la secuenciación de los amplicones de ADN V3-V4; V4-V5 de la región 16S usando la tecnología de Oxford Nanopore, con la finalidad de brindar una comprensión detallada de la diversidad bacteriana presente y sus posibles implicaciones en la salud pública. Utilizando 70 pools de ADN suministrados por el CIZ de la Universidad Central del Ecuador, se amplificaron las regiones anteriormente nombradas. Los amplicones resultantes se clasificaron según el lugar de recolección para posteriormente ser secuenciados. Los datos obtenidos se analizaron utilizando la plataforma EPI2ME. Se identificaron 45 géneros bacterianos en este estudio, clasificándose de la siguiente manera: 12.20% como endosimbiontes, 51.22% de origen ambiental, 12.20% como patógenos, y un 24.39% quedó sin clasificación clara. Entre los más prevalentes figuraron Enterobacter, Pseudomonas, Bacillus y Ehrlichia, con Sucumbíos presentando mayores prevalencias de los tres primeros, y Napo resaltando por la presencia de Ehrlichia. Napo también reveló géneros exclusivos como Paracoccus, Alcanivorax y Clostridium. Los hallazgos sugieren interacciones endosimbióticas complejas, especialmente con Pseudomonas, Stenotrophomonas y Bacillus, y resaltó la importancia de estos artrópodos en la diseminación de patógenos como Brucella, Ehrlichia, Corynebacterium y Anaplasma subrayando la urgencia de implementar medidas de vigilancia epidemiológica eficaces.