Identificación filogenética de especies de micobacterias no tuberculosas (MNT) de muestras clínicas mediante análisis de los genes 16S rRNA, rpoB y hsp65

Abstract

Debido al tratamiento diferencial que requieren las infecciones por micobacterias no tuberculosas (MNT), es necesaria la identificación precisa en aislamientos clínicos, para un manejo correcto, tratamiento eficaz y estrategias de control apropiadas. Los métodos tradicionales, incluidas las pruebas fenotípicas, son lentos, engorrosos y, a menudo, no definitivos. Los métodos basados en PCR, como el análisis de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PRA), aún consumen mucho tiempo y, en ocasiones, conducen a una identificación inexacta debido a que manejan fragmentos de secuencias diferenciales, pero no de acuerdo a su origen evolutivo. La secuenciación es el método más preciso para la identificación de especies, siendo los genes 16S rRNA, hsp65 y rpoB considerados como candidatos para estudios filogenéticos y diagnóstico. En este estudio, desarrollamos un análisis filogenético utilizando las secuencias de los genes 16S rRNA, hsp65 y rpoB de aislados clínicos de Mycobacterium, recolectados entre 2019 y 2022 para la categorización taxonómica de especies de Mycobacterium y evaluamos su uso para la identificación de especies de Mycobacterium de interés clínico. Además, analizamos la correlación genotipo-fenotipo usando características como origen de la muestra, tasa de crecimiento y resistencia a antimicrobianos. Se construyó una matriz de alineamiento con base en las secuencias propias y un muestreo del NCBI y se realizaron los análisis filogenéticos mediante PAUP 4.0. Los marcadores rpob y hsp65, mostraron información filogenética a nivel de grupos de especies y subespecies, mientras que el gen 16S rRNA, se mostró como el gen más conservado, y arrojó una estructura a nivel de complejos de especies que puede ser utilizado como un primer nivel de identificación. Los caracteres sinapomórficos variaron entre genes analizados, observándose una correlación con el fenotipo. Las muestras clínicas mostraron homología filogenética con los grupos de M. abscessus, M. tuberculosis, M. avium, M. bovis, M. fortuitum, M intracellulare y M. africanum.