Determinación de la variabilidad genotípica de babesia SPP. por 6 secuenciación de tercera generación a partir de vectores 7 artrópodos procedentes de tres provincias de la amazonía 8 ecuatoriana

Abstract

La babesiosis bovina es una enfermedad provocada por protozoarios intra-eritrocitarios del género Babesia 13 que son transmitidos por garrapatas, está clasificada como un problema de economía y salud pública no atendido, ya que la infección de este parásito causa pérdidas en el sector pecuario, a nivel internacional. En el Ecuador se ha detectado B. bigemina y B. bovis, mas no existe información acerca de la variabilidad genotípica. En este territorio se han realizado únicamente 5 estudios que emplean técnicas moleculares a partir del ADN del vector para la detección de Babesia. Por ello, el objetivo de este trabajo fue determinar la variabilidad genotípica de Babesia spp. empleando una plataforma de tercera generación (STG). A partir de 66 pools de ADN de garrapata provenientes de Napo, Orellana y Sucumbíos, 48 muestras se determinaron como positivas por PCR para Babesia bovina; para ello se amplificaron dos regiones para diagnóstico de cada especie, SPE1-AVA1 para B. bigemina y RAP-1a para B. bovis. Estas muestras se normalizaron e identificaron por provincia con códigos de barra (BC) y se procedió a realizar la secuenciación por nanoporos de ONT por 48h, un algoritmo de basecalling de alta precisión y un Qscore = 9. El manejo de datos se procesó de manera in silico, se realizó un filtrado por tamaño, se alinearon las secuencias a los genomas de referencia de cada especie y dos bases de datos personalizadas (CDB y NDB) compuestas por secuencias de las regiones de interés obtenidas de Genbank, posteriormente se realizó la contabilización de secuencias alineadas y se hizo un análisis filogenético para determinar la variabilidad de la región conservada RAP-1a de B. bovis. La secuenciación generó 6.19 M de lecturas teniendo mayor cantidad de bases que pasaron el filtro de calidad que las fallidas. La cantidad de secuencias alineadas a los genomas indicaron que existe mayor frecuencia de detección de B. bigemina y los alineamientos con las CDB mostraron que las regiones secuenciadas son altamente conservadas. Por otro lado, con los árboles filogenéticos preliminares se pudo determinar que existe una variabilidad genotípica entre las secuencias de B. bovis en las diferentes regiones. Esta variación debe estudiarse en profundidad para buscar asociaciones con factores fenotípicos, los cuales se deben analizar en nuevas investigaciones. Para este fin se recomienda amplificar regiones más informativas que permitan establecer la causa de la diferenciación genotípica existente.