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Título : Diseño de una plataforma de diagnóstico Filogenético para Flavivirus
Autor : Navarro Castro, Juan Carlos
Carrera Córdova, Catherine Raquel
Palabras clave : BIOMEDICINA
FLAVIVIRUS
DENGUE
SEROTIPOS
IDENTIFICACIÓN MOLECULAR
GENOTIPOS
Fecha de publicación : abr-2022
Editorial : Universidad Internacional SEK
Citación : CT-BIO C233d/2022
Resumen : ARBOviruses (ARthropod BOrne Virus), are a polyphyletic group of viruses transmitted by arthropods, widely distributed that cause asymptomatic infections or febrile illnesses in humans in enzootic and urban cycles. Recent reports of infections in humans caused by Flaviviruses have caused outbreaks of high morbidity and mortality. Dengue, the most important arbovirus in incidence, prevalence and mortality in the world, of zoonotic origin, wide distribution, rapid spread, is endemic-epidemic in Ecuador. The forms and routes of introduction favor its wide distribution and make it a great socioeconomic burden. A platform for molecular identification and diagnosis of flaviviruses, including Dengue, was designed. Through the phylogenetic analysis of NS5 gene sequences under the Maximum Parsimony algorithm, the results corroborate the grouping of these according to their vector, showing the separation into two clades of viruses transmitted by arthropods -ticks and mosquitoes-, separated from the group of viruses no known vector. Additionally, as an intermediate clade, close to the root of the tree, the Ecuador Paraíso Escondido Virus, isolated from sandflies, separating the groups of vector-transmitted and non-vector-transmitted flaviviruses. New recently detected vertebrate flaviviruses are included, as well as those specific insect-specific ones, performing an unprecedented analysis matrix. The phylogenetic topologies of the sequences of the four Dengue serotypes from countries of the American continent indicate an Asian origin for serotypes 1, 2 and 3, and an Asian/African origin for serotype 4. Additionally, possible introductions and circulation between the Caribbean and the southern cone, depending on the serotype. This platform, created with the purpose of identifying members of the Flaviviridae family and Dengue virus serotypes, shows the origin and current distribution of flaviviruses and Dengue virus as a basis for future analyzes against new outbreaks or unidentified cases, allowing diagnosis of these viruses and emerging or re-emerging genotypes/lineages.
Descripción : Los ARBOvirus (ARthropod BOrne Virus), son un grupo polifilético de virus transmitidos por artrópodos, ampliamente distribuidos que causan infecciones asintomáticas o enfermedades febriles en humanos en ciclos enzoóticos y urbanos. Informes recientes de infecciones en humanos causadas por Flavivirus han causado brotes de alta morbilidad y mortalidad. El Dengue, el arbovirus más importante en incidencia, prevalencia y mortalidad en el mundo, de origen zoonótico, amplia distribución, rápida propagación, es endémo-epidémico en Ecuador. Las formas y rutas de introducción favorecen su amplia distribución y lo convierten en una gran carga socioeconómica. Se diseñó una plataforma para identificación y diagnóstico molecular de flavivirus, incluido Dengue. Mediante el análisis filogenético de secuencias del gen NS5 bajo el algoritmo de Parsimonia Máxima los resultados corroboran la agrupación de estos de acuerdo con su vector, mostrando la separación en dos clados de virus transmitidos por artrópodos -garrapatas y mosquitos-, separados del grupo de virus sin vector conocido. Adicionalmente, como un clado intermedio, cercano a la raíz del árbol el Virus Ecuador Paraíso Escondido, aislado de flebótomo, separando los grupo de flavivirus transmitidos y no transmitidos por vectores. Se incluyen flavivirus nuevos de vertebrados de reciente detección, así como aquellos específicos insecto-específicos realizando una matriz de análisis inédita. Las topologías filogenéticas de las secuencias de los cuatro serotipos de Dengue de países del continente Americano indican un origen asiático para los serotipos 1, 2 y 3, y un origen asiático/africano para el serotipo 4. Adicionalmente, se infieren posibles introducciones y circulación entre el caribe y el cono sur, dependiendo del serotipo. Esta plataforma, creada con la finalidad de identificar miembros de la familia Flaviviridae y serotipos de virus Dengue, muestra el origen y distribución actual de los flavivirus y del virus del Dengue como base para análisis futuros frente a nuevos brotes o casos no identificados permitiendo el diagnóstico molecular de estos virus y de genotipos/linajes emergentes o reemergentes.
URI : http://repositorio.uisek.edu.ec/handle/123456789/4749
Aparece en las colecciones: Maestría en Biomedicina

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