Determinantes genéticos implicados en la resistencia antimicrobiana en la colección de aislados de la familia Enterobacteriaceae captados durante el período 2022 en el Hospital General Docente de Calderón, Quito- Ecuador

Abstract

Las enterobacterias ampliamente distribuidas a nivel hospitalario representan una seria preocupación debido a su capacidad para desarrollar multirresitencias. Analizar el resistoma es crucial para predecir el riesgo de que ciertas bacterias con genes de resistencia se propaguen en el medio ambiente. Sin embargo, en Ecuador no existen estudios que utilicen metodologías moleculares, como la secuenciación de tercera generación, que permite detectar y caracterizar todas las variaciones genéticas asociadas a mecanismos moleculares de resistencia mediante la secuenciación de todo el genoma bacteriano. El objetivo de este estudio fue conocer los determinantes genéticos implicados en la RAM en la colección de aislados de la familia Enterobacteriaceae captados durante el año 2022 en Hospital General Docente de Calderón (HGDC) de Quito a través de la secuenciación de tercera generación y verificar que el gen de resistencia bacteriano blaKPC tiene mayor propagación y tasa de resistencia sobre otros genes que codifican carbapenemasas (blaVIM, blaNDM, blaIMP, blaOXA) y betalactamasas de espectro extendido (BLEE, blaCTX-M, blaSHV y blaTEM). Se verificó la viabilidad de los aislados bacterianos en el HGDC. Se realizó la extracción de ADN de 10 aislados bacterianos. A continuación, se realizó la agrupación de acuerdo con el género, fenotipo de resistencia y tipo de muestra. Se construyó las librerías, posteriormente se secuencio utilizando el dispositivo MinION y finalmente el análisis de datos se realizó a través de la plataforma EPI2ME. Se determinaron los siguientes genes bla KPC-2 y bla KPC-3, blaTEM-4, el blaOXA-181, el blaOXA-1 que otorgan resistencia a los antibióticos betalactámicos, OqxB, qnrS1, qnrB5 que otorgan resistencia a los antibióticos fluoroquinolonicos y aph(3´)-Ia que otorga resistencia a los aminoglucósidos. A pesar de que el número de secuencias fue bajo cada gen identificado y caracterizado logró la cobertura suficiente para abarcar toda la región relevante de cada gen descrito, mostrando así que, el gen blaKPC no es el único gen encontrado en estos aislados.