Análisis y caracterización de la microbiota de garrapatas de los géneros Ixodes, Dermacentor y Rhipicephalus provenientes de fauna silvestre y doméstica de Ecuador empleando secuenciación de lecturas largas

Abstract

Las garrapatas son vectores de enfermedades zoonóticas y enzoóticas, por lo que es importante estudiar la microbiota para detectar bacterias patógenas. Se han llevado a cabo estudios sobre enfermedades transmitidas por garrapatas en animales de producción; sin embargo, son escasos los estudios realizados en garrapatas que afectan a la fauna silvestre en Ecuador. Además, no hay datos publicados sobre estudios metagenómicos en estos ectoparásitos en el país. Es por ello, que el objetivo de este estudio es analizar la microbiota de garrapatas de los géneros Ixodes, Dermacentor y Rhipicephalus provenientes de fauna silvestre y doméstica en Ecuador mediante secuenciación por nanoporos del gen 16 S ARNr. Para ello, se analizarán muestras de ADN de garrapatas recolectadas en varias provincias de las tres regiones del país. Mediante PCR se amplificará el gen completo 16 S ARNr con la adición de secuencias que permitan luego la adición de un código de barras para la secuenciación por nanoporos a través del sistema MinION. El análisis de secuencias se llevará a cabo mediante el programa EPI2ME. Se espera identificar las especies de bacterias presentes, determinar la diversidad alfa y beta, y establecer cuáles de ellas son patógenas o simbiontes de la microbiota de las garrapatas. Los datos obtenidos sentarán las bases para futuras investigaciones longitudinales. Además, estos datos serán útiles para los organismos de control del país, que podrán establecer estrategias de control de vectores y transición de enfermedades entre animales y hacia humanos.