Evaluación de pipelines bioinformáticos para la identificación de genes de resistencia antimicrobianos

Abstract

La creciente amenaza de la resistencia a los antimicrobianos plantea un desafío importante para la salud pública y afecta la eficacia de los tratamientos médicos y el manejo de enfermedades infecciosas. Este estudio aborda la necesidad crítica de estrategias efectivas para identificar genes de resistencia a los antimicrobianos en microorganismos patógenos. Al realizar un análisis comparativo de los procesos bioinformáticos, la investigación contribuye a discernir prácticas óptimas para la detección de genes de resistencia. Esto es particularmente crucial en regiones como Ecuador, donde la infraestructura de atención médica es inadecuada, altas tasas de enfermedades infecciosas y la comunicación sobre temas de salud pública. Aprovechando el poder de la secuenciación de próxima generación (NGS) y los procesos bioinformáticos, el estudio subraya la importancia de adoptar un enfoque genómico para un análisis exhaustivo de cepas bacterianas. La bioinformática facilita la identificación específica de genes de resistencia, desentrañando las complejidades genéticas de la resistencia a los antimicrobianos. La evaluación de los procesos bioinformáticos dentro de la plataforma Galaxy se alinea con los desarrollos de vanguardia en genómica y bioinformática, proporcionando información valiosa tanto para la comprensión científica como para las estrategias de salud pública. Entre los proyectos bioinformáticos comparados, ABRIcate emerge como la herramienta más eficaz para evaluar genes de resistencia en comparación con StarAMR. Además, el estudio revela que la base de datos CARD arroja resultados superiores en este contexto. Estos hallazgos resaltan la importancia de las tecnologías de secuenciación avanzadas, los flujos de trabajo bioinformáticos integrales y las plataformas colaborativas para comprender y abordar los desafíos asociados con la resistencia a los antimicrobianos.