Secuenciación del genoma completo (WGS) mediante tecnología Nanopore en la infección por Mycobacterium tuberculosis extrapulmonar en un hospital de referencia de Quito-Ecuador

Abstract

La tuberculosis (TB) es una enfermedad provocada por Mycobacterium tuberculosis, la cual tiene una incidencia de 43 por cada 100.000 habitantes en Ecuador. La forma más común en que se presenta es de tipo intrapulmonar, la cual afecta al pulmón y árbol bronquial. Sin embargo, también existe la forma extrapulmonar (TBE) que afecta a diferentes órganos del cuerpo. Los casos de TBE representan un 20% de las infecciones y presentan problemas en el diagnóstico por la variedad de síntomas clínicos que produce, el carácter invasivo de la obtención de la muestra y la elección de la prueba de detección adecuada. Actualmente, se desconoce con exactitud qué características genéticas de las cepas asociadas a TBE le confieren la capacidad de diseminarse comparándose con TB intrapulmonar (TBI). Se realizó la secuenciación de 7 aislamientos provenientes de muestras extrapulmonares recolectadas en un hospital de referencia en Quito, Ecuador, con el fin de analizar sus características genéticas y con ello clasificar sus linajes, sublinajes, perfiles de resistencia y genes asociados a la diseminación de la bacteria. Se encontró la presencia de 4 distintos sublinajes: L4.1.2, L4.1.1, L4.3.3 y L4.3.2. Los perfiles de resistencia de las muestras indicaron que todas presentan sensibilidad a fármacos. La llamada de variantes permitió encontrar 567 genes asociados a variantes, de los cuales 24 estuvieron presentes en más de la mitad de las muestras. Finalmente se encontraron 4 genes (mce3A, devS, esxL y PPE35) con mutaciones no silenciosas que pertenecen a la región RD1 o que pertenecieron a la categoría de virulencia según Mycobrowser, estas variaciones mostraron el mismo cambio de aminoácido en las muestras. Como conclusión, mediante las lecturas y el llamado de variantes se pudo asociar las muestras a un sublinaje en particular y analizar las variaciones que estuvieron presentes en muestras de TBE para obtener genes relacionados con la diseminación de Mycobacterium tuberculosis.