https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5618 UISEK-T BIO 2026-04-12T00:26:34Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5729 Título : Identificación de genes de resistencia a los antimicrobianos en especies bacterianas presentes en cuerpos de agua ornamentales de los parques “La Carolina” y “El Ejido” del norte y centro del Distrito Metropolitano de Quito, Ecuador. Autor : Tapia Neto, Daniela Resumen : Antimicrobial resistance (AMR) represents a growing threat to global and regional public health. In Ecuador, there are few studies focused on urban ornamental water bodies, so the main objective of this study was to identify AMR genes in Gramnegative bacteria present in these environments in two parks located at the Metropolitan District of Quito, Ecuador. Samples were taken from “La Carolina” park at northern Quito and “El Ejido” park in the city center, microorganisms were cultured and identified using biochemical tests, tested for antimicrobial sensitivity, DNA was extracted, and genomic sequencing of selected bacterial strains was performed. Genomic identity analysis determined that one of the strains corresponds to Chryseobacterium indologenes and the other one to Pseudomonas protegens. Multiple AMR genes were identified, such as MdtA, which confers resistance to β-lactams, and EmrA, which is specific for colistin resistance, among other genes. Virulence factor genes and mobile elements were also identified. The results indicate that water bodies act as environmental reservoirs for AMR bacteria, possibly influenced by human and animal activity in ornamental water bodies in the analyzed parks, and highlight the importance of surveillance studies in these environments. Descripción : La resistencia a los antimicrobianos (RAM) representa una amenaza creciente para la salud pública global y regional. En Ecuador, existen pocos estudios enfocados en cuerpos de agua ornamentales urbanos, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar genes RAM en bacterias Gram negativas presentes en estos ambientes de dos parques localizados en el Distrito Metropolitano de Quito, Ecuador. Se realizaron muestreos en los parques “La Carolina” en el norte de Quito y “El Ejido” del centro de la ciudad, se cultivaron los microorganismos, se identificaron por medio de pruebas bioquímicas, se realizaron pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos, se extrajo ADN y se realizó la secuenciación genómica de las cepas bacterianas seleccionadas. El análisis de identidad genómica determinó que una de las cepas corresponde a Chryseobacterium indologenes y la otra a Pseudomonas protegens. Se identificaron múltiples genes RAM, como MdtA, que confiere resistencia a β-lactámicos y EmrA que son específicos para la resistencia a la colistina, entre otros genes. También, se identificaron genes de factores de virulencia y elementos móviles. Los resultados indican que los cuerpos de agua actúan como reservorios ambientales de bacterias RAM, posiblemente influenciados por la actividad humana y animal en cuerpos de agua ornamentales en los parques analizados, y resaltan la importancia de los estudios de vigilancia en estos ambientes. 2025-08-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5669 Título : Análisis diferencial de la expresión génica en LLA-B, mediante bioinformática, para la identificación de genes de interés clínico Autor : Rovayo López, Eduardo Napoleón Resumen : B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) is a hematologic cancer whose response to treatment varies between pediatric and adult patients, making it difficult to identify clinically useful biomarkers. This research focused on comparing gene expression profiles in patients with B-ALL in remission, non-remission and drug-resistant samples (methotrexate, corticosteroids and blinatumomab) with the aim of identifying prognostically relevant genes and therapeutic resistance. Five transcriptomic datasets were selected from the GEO repository, applying specific inclusion criteria, and differential expression analyses were performed using GEO2R, RStudio, Venn diagrams, UpSet plots and functional enrichment approaches (ORA and GSEA). The results allowed the identification of differentially expressed genes common among series and molecular pathways associated with B-ALL biology, highlighting the efficacy of integrating microarray and RNA-seq data. The most relevant findings include ACTA2 in the pediatric population and GFI1 in the adult population, in addition to other genes such as CHN1, HMGCS1 and RNUGATAC, which could be explored in future studies. In conclusion, this study shows that the combination of systematic search strategies, bioinformatics analysis and differential gene expression allows the identification of genes and pathways of interest, providing a solid basis for the identification of potential biomarkers of interest in clinical prognosis. Descripción : La leucemia linfoblástica aguda de células B (LLA-B) es un cáncer hematológico cuya respuesta al tratamiento varía entre pacientes pediátricos y adultos, dificultando la identificación de biomarcadores clínicamente útiles. Esta investigación se enfocó en comparar perfiles de expresión génica en pacientes con LLA-B en remisión, no remisión y de muestras fármaco- resistentes (metotrexato, corticosteroides y blinatumomab) con el objetivo de identificar genes relevantes para el pronóstico y la resistencia terapéutica. Se seleccionaron cinco conjuntos de datos transcriptómicos del repositorio GEO, aplicando criterios de inclusión específicos, y se realizaron análisis de expresión diferencial mediante GEO2R, RStudio, diagramas de Venn, UpSet plots y enfoques de enriquecimiento funcional (ORA y GSEA). Los resultados permitieron identificar genes diferencialmente expresados comunes entre series y vías moleculares asociadas a la biología de la LLA-B, destacando la eficacia de integrar datos de microarrays y RNA-seq. Entre los hallazgos más relevantes se incluyen ACTA2 en población pediátrica y GFI1 en población adulta, además de otros genes como CHN1, HMGCS1 y RNUGATAC, que podrían ser explorados en estudios futuros. En conclusión, este estudio evidencia que la combinación de estrategias sistemáticas de búsqueda, análisis bioinformático y expresión génica diferencial permite identificar genes y vías de interés, ofreciendo una base sólida para la identificación de posibles biomarcadores de interés en el pronóstico clínico. 2025-09-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5668 Título : Análisis de la Interfaz de interacción de la Calmodulina con su dominio de unión en las isoformas de Ca2+-ATPsas de membrana plasmática en humano Autor : Lizano Meléndez, Esteban Nicolás Resumen : Intracellular calcium (Ca²⁺) plays a key role as a second messenger in numerous physiological processes; therefore, its precise regulation is essential to prevent cellular toxicity. Plasma membrane Ca²⁺-ATPases (PMCAs) are central to this regulation and are functionally modulated through their interaction with calmodulin (CaM). This study characterizes the CaM–PMCA interaction interface across different human isoforms, evaluating both previously described mutations (G→D, V→F, W→A) and novel point mutations (R→S, F→L) located within the calmodulin-binding domain (CaMBD). Isoforms and splice variants were retrieved from GenBank, and the CaMBD structures were modeled using AlphaFold and PEP-FOLD4. Molecular docking was performed using the 2kne structure as a reference, and binding free energy values (ΔG) were calculated using FoldX. Known mutations associated with pathology showed a significant decrease in CaM–PMCA complex stability, validating the sensitivity of the modeling system. Novel mutations also produced relevant changes in CaM binding affinity, particularly R→S in PMCA1a and PMCA4b, and F→L in PMCA3a, suggesting their potential to disrupt calcium transport regulation in sensitive tissues such as the nervous or muscular systems. The generated models reveal that local differences in CaMBD across isoforms impact their susceptibility to point mutations, allowing differential predictions of binding behavior. This robust methodological approach combines structural modeling, molecular docking, and energetic calculations to anticipate alterations in PMCA function that may lead to cellular or systemic dysfunction. These findings offer important insights into the structural and functional consequences of PMCA mutations in the context of Ca²⁺ homeostasis and human disease. Descripción : El calcio intracelular (Ca²⁺) actúa como un segundo mensajero esencial en múltiples procesos fisiológicos, por lo que su regulación precisa es vital para evitar toxicidad celular. Las ATPasas de Ca²⁺ de membrana plasmática (PMCA) cumplen un papel central en esta regulación, moduladas funcionalmente por su interacción con la calmodulina (CaM). En este estudio se caracterizó la interfaz de interacción CaM–PMCA en diferentes isoformas humanas, evaluando tanto mutaciones previamente descritas (G→D, V→F, W→A), como nuevas mutaciones propuestas (R→S, F→L) localizadas en el dominio de unión a CaM (CaMBD). Las isoformas y sus variantes alternativas fueron identificadas a partir de GenBank, modelando sus dominios de interacción mediante AlphaFold y PEP-FOLD4. Posteriormente, se realizaron acoplamientos moleculares con la estructura de referencia 2kne y se calcularon los valores de energía libre de Gibbs (ΔG) usando FoldX. Se observó que algunas mutaciones previamente asociadas a patologías reducen significativamente la estabilidad del complejo CaM–PMCA, validando la sensibilidad del sistema de modelado. Las nuevas mutaciones evaluadas mostraron también variaciones importantes en la afinidad del CaMBD por la CaM, especialmente R→S en las isoformas PMCA1a y PMCA4b, y F→L en PMCA3a, lo que sugiere que estas modificaciones podrían alterar la regulación del transporte de Ca²⁺ en tejidos sensibles como el sistema nervioso o muscular. Los modelos generados evidencian cómo diferencias locales en el CaMBD entre isoformas influyen en su respuesta ante mutaciones puntuales, permitiendo predecir efectos diferenciales en la interacción con la CaM. Esta estrategia metodológica robusta combina predicciones estructurales, simulaciones de acoplamiento y cálculos energéticos, lo que permite anticipar alteraciones en la función de la PMCA que podrían desencadenar disfunciones celulares o sistémicas. Estos hallazgos constituyen un aporte clave para comprender el impacto estructural y funcional de mutaciones en la homeostasis del Ca²⁺ y su relación con enfermedades humanas. 2025-08-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5665 Título : Análisis metagenómico de suelos antárticos y su potencial aplicación para la recuperación de tierras afectadas por la desertificación Autor : Vilatuña Terán, Brithany Jiuliana Resumen : Soils are highly diverse ecosystems. Even extreme environments such as Antarctica have been the subject of study due to the complexity of their microbial communities, which thrive in a particularly fragile environment threatened by global warming. On the other hand, in other regions of the planet, sterile and degraded soils represent a growing problem, characterized by weakened native microbiomes that fail to adapt to adverse environmental conditions. In this context, the present study aimed to evaluate the potential of Antarctic soil as a solution for the rehabilitation of lands affected by desertification. To this end, NGS sequencing technologies were used along with taxonomic and functional metagenomic analyses on three rhizospheric soil samples collected on the Antarctic Peninsula of King George Island. The data obtained were processed to identify coding sequences (CDS). In addition, specialized databases such as EggNOG, CAZy, NCyc, PCyc, and PGPFinder were used to detect genes involved in cellular metabolism and the main biogeochemical cycles that support soil functionality. Three dominant bacterial phyla were identified: Firmicutes, Actinobacteria, and Proteobacteria, with a taxonomic richness of up to 1,580 species. At the functional level, key genes and pathways associated with the carbon, nitrogen, and phosphorus cycles were identified. Furthermore, PGP genes linked to biofertilization processes, phytohormone synthesis, and heavy metal detoxification and xenobiotic compounds were found. Mechanisms of tolerance to abiotic stress (especially drought and osmoprotection) were also observed, along with a notable abundance of genes related to root colonization. This study demonstrates that Antarctic soil microbiomes contain genes with high biotechnological value, which could contribute to the improvement of soils affected by desertification. Its potential application in bioaugmentation processes represents an innovative alternative to the challenges of soil degradation globally. Descripción : Los suelos son ecosistemas altamente diversos. Incluso ambientes extremos como la Antártida han sido objeto de estudio debido a la complejidad de sus comunidades microbianas, las cuales se desarrollan en un entorno particularmente frágil y amenazado por el calentamiento global. Por otro lado, en otras regiones del planeta, los suelos estériles y degradados representan una problemática creciente, caracterizada por microbiomas autóctonos debilitados, que no logran adaptarse a condiciones ambientales adversas. En este contexto, en el presente estudio se propuso evaluar el potencial de los suelos antárticos como posible solución para la rehabilitación de tierras afectadas por la desertificación. Para ello, se utilizaron tecnologías de secuenciación NGS junto con análisis metagenómicos taxonómicos y funcionales, sobre tres muestras de suelo rizosférico recolectadas en la península Antártica de la Isla Rey Jorge. Los datos obtenidos fueron procesados para identificar secuencias codificantes (CDS). Además, se emplearon bases de datos especializadas como EggNOG, CAZy, NCyc, PCyc y PGPFinder para detectar genes involucrados en el metabolismo celular y en los principales ciclos biogeoquímicos que sustentan la funcionalidad edáfica. Se identificaron tres filos bacterianos dominantes: Firmicutes, Actinobacteria y Proteobacteria, con una riqueza taxonómica que alcanzó hasta 1580 especies. A nivel funcional, se identificaron genes y rutas clave asociadas a los ciclos del carbono, nitrógeno y fósforo. Además, se hallaron genes PGP vinculados a procesos de biofertilización, síntesis de fitohormonas, detoxificación de metales pesados y compuestos xenobióticos. También, se observaron mecanismos de tolerancia al estrés abiótico (especialmente a la sequía y a la osmoprotección), junto con una notable abundancia de genes relacionados con la colonización radicular. Este estudio demuestra que los microbiomas de suelos antárticos contienen genes con alto valor biotecnológico , los cuales podrían contribuir a la mejora de suelos afectados por la desertificación. Su posible aplicación en procesos de bioaumentación representa una alternativa innovadora frente a los desafíos de la degradación edáfica a nivel global. 2025-08-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5643 Título : Diseño de primers dirigidos a regiones del gen CYT - B para el estudio e identificación de Leishmania spp. Autor : Gómez de la Rosa, Mathías Andrés; Ramírez Iglesias, José Rubén Resumen : La leishmaniasis, causada por protozoos del género Leishmania y transmitida por flebótomos, se manifiesta con formas cutánea, mucocutánea y visceral, con alta morbilidad y mortalidad en áreas endémicas. La detección molecular precisa de especies de Leishmania resulta compleja debido a la gran diversidad genética y a la inespecificidad de cebadores convencionales, especialmente en regiones con múltiples hospedadores reservorios y alta endemicidad como Ecuador. Por ello el objetivo de este trabajo fue diseñar primers dirigidos a la región del gen citocromo b (CYT-B) de Leishmania spp. mediante herramientas bioinformáticas. Se obtuvieron 35 secuencias de CYT-B de 10 especies de Leishmania (L. equatorensis, L. amazonensis, L. mexicana, L. tarentolae, L. braziliensis, L. guyanensis, L. naiffi, L. panamensis, L. peruviana y L. infantum) desde GenBank, filtradas por longitud (500–1100 pb), adecuadas para secuenciación Sanger. Las secuencias se alinearon con Clustal Omega usando parámetros predeterminados. Se identificaron regiones conservadas y espacios con variabilidad, cubiertos mediante el uso de bases degeneradas. Mediante revisión manual de alineamientos, se propusieron regiones de unión y se calcularon parámetros fisicoquímicos usando el servidor OligoCalc. De las 35 secuencias, la mayoría (82%) se agruparon como Neotrópico, 11% como Viejo Mundo y el resto dentro de “Leishmania” según origen geográfico, reflejando concordancia con estudios previos en Ecuador. Se obtuvieron dos sets principales: F1 (20 pb, 36 degenerancias) con R1 (19 pb, 55 degenerancias), y F2 (23 pb, 36 degenerancias) con R2 (20 pb, 40 degenerancias). Los rangos de Tm estimados fueron aproximadamente 33–54 °C. Los Tm bajos podrían comprometer la especificidad y eficiencia de amplificación, incrementando riesgo de amplificados inespecíficos o baja eficiencia 2 de secuenciación. La inclusión de elevados números de degenerancias amplía cobertura de especies, pero disminuye especificidad y puede inducir sesgos cuantitativos. Los cebadores diseñados mediante alineamiento de 35 secuencias de CYT-B permiten la detección amplia de Leishmania spp. en Ecuador, pero presentan valores de Tm y alta degeneración que pueden reducir especificidad y eficiencia. Se recomienda validar in vitro la funcionalidad de estos cebadores y considerar ampliaciones de alineamiento con más especies para optimizar futuros sets. Asimismo, explorar marcadores complementarios con menor degeneración puede mejorar precisión en estudios de diagnóstico molecular Descripción : Leishmaniasis, caused by protozoa of the genus Leishmania and transmitted by sandflies, manifests in cutaneous, mucocutaneous, and visceral forms, with high morbidity and mortality in endemic areas. Accurate molecular detection of Leishmania species is complex due to the high genetic diversity and the non-specificity of conventional primers, especially in regions with multiple reservoir hosts and high endemicity such as Ecuador. Therefore, the objective of this work was to design primers targeting the cytochrome b (CYT-B) gene region of Leishmania spp. using bioinformatics tools. Thirty-five CYT-B sequences from 10 Leishmania species (L. equatorensis, L. amazonensis, L. mexicana, L. tarentolae, L. braziliensis, L. guyanensis, L. naiffi, L. panamensis, L. peruviana, and L. infantum) were obtained from GenBank and filtered by length (500–1100 bp) suitable for Sanger sequencing. Sequences were aligned with Clustal Omega using default parameters. Conserved regions and gaps in variability were identified and filled by using degenerate bases. By manual review of alignments, junctional regions were proposed, and physicochemical parameters were calculated using the OligoCalc server. Of the 35 sequences, the majority (82%) were grouped as Neotropical, 11% as Old World, and the remainder within “Leishmania” according to geographic origin, reflecting concordance with previous studies in Ecuador. Two main sets were obtained: F1 (20 bp, 36 degeneracies) with R1 (19 bp, 55 degeneracies), and F2 (23 bp, 36 degeneracies) with R2 (20 bp, 40 degeneracies). The estimated Tm ranges were approximately 33–54 °C. Low Tm could compromise amplification specificity and efficiency, increasing the risk of nonspecific amplifications or low sequencing efficiency. The inclusion of high numbers of degeneracies expands species coverage, but decreases specificity and can induce quantitative bias. Primers designed by alignment of 35 CYT-B sequences allow broad detection of Leishmania spp. in Ecuador, but their Tm values and high degeneracy can reduce 4 specificity and efficiency. It is recommended to validate the functionality of these primers in vitro and consider alignment extensions with more species to optimize future sets. Likewise, exploring complementary markers with less degeneration can improve the accuracy of molecular diagnostic studies. 2025-07-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5519 Título : Aislamiento y caracterización de bacteriófagos con actividad en Staphylococcus aureus Autor : Valle Collantes, Dayra Noemi Resumen : Staphylococcus aureus es un patógeno de alta peligrosidad debido a su capacidad para causar diversas enfermedades y su elevada morbilidad y mortalidad. Los bacteriófagos han surgido como una estrategia prometedora para combatir infecciones causadas por bacterias resistentes. Por ello, este estudio tiene como objetivo aislar y caracterizar bacteriófagos con actividad frente a Staphylococcus aureus, para evaluar sus características y potencial para ser evaluados en estudios futuros como alternativa a los antibióticos. Los fagos fueron aislados a partir de muestras de agua del río Machángara, en el sur de Quito. Primero, se realizó su enriquecimiento y purificación. La caracterización fenotípica incluyó técnicas microbiológicas como spot test, para verificar su presencia, y la técnica de doble capa de agar, para determinar el título fágico. También se evaluaron parámetros biológicos como estabilidad térmica, estabilidad a distintos niveles de pH y cinética de acción (tamaño de explosión, periodo de latencia y constante de adsorción). El análisis genómico se llevó a cabo mediante secuenciación del ADN y ensamblaje del genoma. Además, se realizó la caracterización filogenética y la anotación estructural y funcional. El análisis fenotípico del fago mostró un periodo de latencia corto y un tamaño de explosión relativamente bajo en comparación con otros fagos reportados para Staphylococcus aureus. En cuanto a su estabilidad en distintos ambientes, mantuvo actividad en todos los rangos de temperatura y pH evaluados. La caracterización genómica reveló la presencia de dos fagos: SV1, perteneciente al género Silviavirus, y SV2, del género Rosenblumvirus. La anotación funcional no identificó genes relacionados con la lisogenia. Estos resultados sugieren que los fagos aislados tienen la posibilidad de ser investigados en el futuro como una alternativa a los antibióticos. Descripción : Staphylococcus aureus is a highly dangerous pathogen due to its ability to cause a wide range of diseases and its high morbidity and mortality rates. Bacteriophages have emerged as a promising strategy to combat infections caused by resistant bacteria. Therefore, the aim of this study is to isolate and characterize bacteriophages against Staphylococcus aureus to evaluate its characteristics and potential for future studies as an alternative to antibiotics. The phages were isolated from water samples collected from the Machángara River, located in southern Quito. Enrichment and purification were first carried out. The phenotypic characterization included microbiological techniques such as spot tests to verify their presence, and the double-layer agar method to determine the phage titer. Biological parameters such as thermal stability, pH stability, and action kinetics (burst size, latent period, and adsorption constant) were also evaluated. Genomic analysis was conducted through DNA sequencing and genome assembly. Additionally, phylogenetic characterization and structural and functional annotation were performed. The phenotypic analysis of the phage revealed a short latent period, and a relatively low burst size compared to other phages reported for Staphylococcus aureus. Regarding its stability in various environments, the phage retained activity across all temperature and pH ranges tested. Genomic characterization revealed the presence of two phages: SV1, belonging to the genus Silviavirus, and SV2, from the genus Rosenblumvirus. Functional annotation did not identify genes associated with lysogeny. These results suggest that the isolated phages have the potential to be investigated in future studies as an alternative to antibiotics. 2025-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5518 Título : Identificación de genes de resistencia antimicrobiana presentes en especies bacterianas obtenidas a partir de comida callejera procedente de los parques inglés y la carolina del norte de Quito, Ecuador, mediante análisis microbiológicos y moleculares Autor : Benítez Terán, Macarena Resumen : La cadena alimentaria constituye el vector óptimo para la propagación de bacterias resistentes a los antibióticos (BRA) en el entorno urbano. Particularmente, la comida callejera se prepara en condiciones insalubres, que frecuentemente conducen al consumo humano de alimentos contaminados con BRA. Los sistemas de vigilancia rara vez se enfocan en esta fuente de infección, especialmente en países de ingresos bajos y medios donde los recursos para el monitoreo de la resistencia antimicrobiana son escasos. Esta falta de vigilancia deja grandes brechas de conocimiento e impide la toma de acciones basadas en evidencia científica. El objetivo de este estudio fue caracterizar la resistencia antimicrobiana en bacterias de alimentos callejeros contaminados del norte de Quito, incluyendo mecanismos de resistencia, identificación génica y análisis de clonalidad. Las muestras de parques frecuentados se sometieron a análisis de laboratorio mediante pruebas de susceptibilidad antimicrobiana y secuenciación de nueva generación. Los resultados indican la presencia de organismos multirresistentes en muestras alimentarias, principalmente bacterias oportunistas que funcionan como reservorios de genes de resistencia. Se identificaron genes de BRA comunes en alimentos, incluyendo catA, bacA, tet, aph(3')-IIc, bcr, macB, mdtH, mdfA, mexB, TolC, acrB, emrD, FosA y oqxAB. La producción de betalactamasas mediante ampC, blaACT-12 y metalobetalactamasas L1/L2 fue detectada. Se encontró una gran variedad de elementos de movilidad genética que indicaron la capacidad de estos microorganismos para adquirir y transferir genes de resistencia. El análisis de clonalidad reveló alta similitud genética entre muestras de diferentes parques y tipos de alimentos. Estos hallazgos proporcionan evidencia de la presencia y diseminación de BRA en alimentos vendidos en espacios públicos de Quito, destacando la amenaza que representan los alimentos como vector y fuente de infecciones resistentes. Si bien se requiere intervención urgente, es necesaria investigación adicional sobre patrones y fuentes de contaminación para el desarrollo de políticas basadas en evidencia científica. Descripción : The food chain is the optimal vector for the spread of antimicrobial resistant bacteria (ARB) in the urban environment. Particularly, street food is prepared in unsanitary conditions, which often lead to the human consumption of ARB-contaminated food. Surveillance systems are rarely focused on this source of infection, especially in low- and middle-income countries where resources for antimicrobial resistance monitoring are scarce. The lack of surveillance leaves large gaps of knowledge and impedes science-based action taking. The aim of this study was to characterize antimicrobial resistance in bacteria from contaminated street foods from northern Quito, including resistance mechanisms, gene identification, and clonality analysis. Samples from frequented parks underwent laboratory analysis using antimicrobial susceptibility testing and next generation sequencing. The results indicate the presence of multi-drug resistant organisms in food samples, primarily opportunistic bacteria that function as resistance gene reservoirs. Common food ARB genes were identified, including catA, bacA, tet, aph(3')-IIc, bcr, macB, mdtH, mdfA, mexB, TolC, acrB, emrD, FosA, and oqxAB. Betalactamase production was detected via ampC, blaACT-12, and L1/L2 metallobetalactamases. Abundant genetic mobility elements indicated the microorganisms' capacity to acquire and transfer resistance genes. Clonality assessment revealed high genetic similarity from the samples across different parks and types of food. These findings provide evidence of BRA presence and dissemination in food sold in Quito's public spaces, highlighting the significant threat food poses as a vector and source of resistant infections. While urgent intervention is needed, additional research on contamination patterns and sources is required for science-based policy development. 2025-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5517 Título : Identificación de posibles epítopos vacunales del virus Chikungunya mediante vacunología inversa e inmunoinformática como propuesta de una vacuna in silico. Autor : Endara Toapanta, Belén Estefanía Resumen : El virus de Chikungunya (CHIKV) representa una amenaza significativa para la salud pública en América Latina, con casos recurrentes en varios países de la región. La necesidad de desarrollar una vacuna eficaz es urgente, especialmente debido a la propagación del virus y la falta de opciones preventivas adecuadas. En este contexto, se presenta la importancia de abordar la diversidad genética del virus y optimizar el desarrollo de una vacuna de amplio espectro. En este estudio, se agruparon secuencias genéticas de CHIKV de nueve países de América Latina para la creación de un genoma consenso. Esto garantizó una mayor cobertura poblacional al considerar la diversidad genética de las cepas circulantes. Se identificaron epítopos vacunales dirigidos a células B contra el CHIKV, fueron seleccionados por su alta capacidad para inducir una respuesta inmunitaria. Se implementaron herramientas bioinformáticas para el desarrollo y diseño de una vacuna in silico, y la simulación de la respuesta inmune. Con la anotación estructural, se identificaron las proteínas estructurales E1 y E2, responsables de la interacción del virus con las células del huésped, y a partir de dichas glicoproteínas, se identificaron epítopos potenciales que mejoren la especificidad de la respuesta inmune. Se diseñaron tres variantes de vacunas, con los 6 epítopos que aprobaron las pruebas de antigenicidad, alergenicidad, toxicidad y estabilidad, cada una fue construida con un adyuvante específico. La vacuna V2 mostró potencial inmunológico en la simulación de la respuesta inmune en donde reveló una alta producción de células B durante un período de 35 días, lo que indicó una respuesta inmune eficaz en los primeros días. Estos resultados demuestran que la bioinformática es una disciplina poderosa y eficiente para realizar análisis rápidos y detallados en la investigación de vacunas, proporcionando un nivel de confiabilidad adecuado para la etapa de diseño inicial. Sin embargo, los datos obtenidos en este estudio requieren validación experimental, por lo que será necesario realizar pruebas in vitro e in vivo. Descripción : The Chikungunya virus (CHIKV) represents a significant public health threat in Latin America, with recurring cases in several countries in the region. The need to develop an effective vaccine is urgent, especially due to the spread of the virus and the lack of adequate preventive options. In this context, it is crucial to address the genetic diversity of the virus and optimize the development of a broad-spectrum vaccine. In this study, genetic sequences of CHIKV from nine Latin American countries were grouped to create a consensus genome. This approach ensured greater population coverage by considering the genetic diversity of circulating strains. Vaccine epitopes targeting B cells against CHIKV were identified and selected based on their high capacity to induce an immune response. Bioinformatics tools were implemented for the development and design of an in silico vaccine and immune response simulation. Through structural annotation, the structural proteins E1 and E2, responsible for the interaction of the virus with host cells, were identified. From these glycoproteins, potential epitopes were identified to improve the specificity of the immune response. Three vaccine variants were designed, containing the six epitopes that passed antigenicity, allergenicity, toxicity, and stability tests, each built with a specific adjuvant. The V2 vaccine showed immunological potential, as the immune response simulation revealed high production of B cells over a 35-day period, indicating an effective immune response during the initial days. These results demonstrate that bioinformatics is a powerful and efficient discipline for conducting rapid and detailed analyses in vaccine research, providing an adequate level of reliability for the initial design stage. However, the data obtained in this study require experimental validation, making it necessary to conduct in vitro and in vivo tests. 2025-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5516 Título : Identificación de genes de Resistencia Antimicrobiana en Bacterias Aisladas de Comida Callejera del Centro del Distrito Metropolitano de Quito mediante análisis microbiológicos y moleculares Autor : Brborich Boada, Daniela Resumen : La resistencia antimicrobiana (RAM) es un problema de salud pública creciente, especialmente en la comida callejera, donde se ha identificado la presencia de bacterias resistentes a antibióticos. Este estudio se centra en identificar genes de resistencia provenientes de bacterias aisladas de comida callejera en el centro del Distrito Metropolitano de Quito, Ecuador, para la determinación de una posible fuente de propagación de bacterias multirresistentes. Para esto, se tomaron seis muestras de comida callejera de diferente tipo y ubicación y se las sembró en medios selectivos para Enterobacterales enriquecidos con antibióticos (cefepime 100ug/mL y colistina 100ug/mL). Posteriormente, se realizaron antibiogramas y pruebas de concentración mínima inhibitoria para aislar bacterias resistentes y secuenciarlas con Secuenciación de Nueva Generación por medio de Illumina. Los resultados mostraron que el 100% de las muestras contenían Enterobacterales y colonias resistentes a colistina. Se observó una resistencia total para amoxicilina y ácido clavulánico, resistencia variada para cefalosporinas de segunda y cuarta generación. No se detectó resistencia a carbapenémicos, pero la mayoría de las muestras mostraron crecimiento en concentraciones críticas de colistina. Se identificaron genes de resistencia a betalactámicos (AmpC, bla1, bla2, ompW), colistina (eptA-pmrAB y arnBCADTEF), y múltiples antibióticos (MdtABC-TolC, AcrAB-TolC), así como factores de virulencia relacionados con la adhesión e invasión bacteriana. Este estudio resalta la importancia de la vigilancia microbiológica en la comida callejera, dado que estos alimentos pueden ser vectores de diseminación de bacterias multirresistentes. Los genes de RAM identificados pertenecen a bacterias entéricas no patógenas, lo que plantea que su nicho es la microbiota humana Se recomienda ampliar el muestreo y establecer un sistema de vigilancia que adopte un enfoque One Health, considerando factores ambientales, humanos y animales, para abordar la creciente amenaza de la RAM en la salud pública. Descripción : Antimicrobial resistance (AMR) is an increasing public health problem, especially in street food, where the presence of antibiotic-resistant bacteria has been identified. This study focuses on identifying resistance genes from bacteria isolated from street food in the center of the Metropolitan District of Quito, Ecuador, to determine a possible source of dissemination of multidrug-resistant bacteria. For this purpose, six street food samples of different types and locations were collected and cultured on selective media for Enterobacterales enriched with antibiotics (cefepime and colistin 100 µg/mL both). Antibiograms and minimum inhibitory concentration (MIC) tests were performed to isolate resistant bacteria and sequence them using Next-Generation Sequencing (NGS) via Illumina technology. The results showed that 100% of the samples contained Enterobacterales and colistin-resistant colonies. Total resistance to amoxicillin and clavulanic acid was observed, along with variable resistance to second- and fourth-generation cephalosporins. No resistance to carbapenems was detected, but most samples showed growth at critical concentrations of colistin. Resistance genes were identified for beta-lactams (AmpC, bla1, bla2, ompW), colistin (eptA-pmrAB and arnBCADTEF), and multiple antibiotics (MdtABC-TolC, AcrABTolC), as well as virulence factors. This study highlights the importance of microbiological surveillance in street food, as these foods may serve as vectors for the dissemination of multidrug-resistant bacteria. The identified AMR genes belong to non-pathogenic enteric bacteria, suggesting that their ecological niche is the human microbiota. It is recommended to expand the sampling and establish a surveillance system adopting a One Health approach, considering environmental, human, and animal factors to address the growing threat of AMR to public health. 2025-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5515 Título : Identificación de genes de resistencia antimicrobiana en bacterias aisladas de comida callejera del sur del Distrito Metropolitano de Quito mediante análisis microbiológicos y moleculares Autor : Ojeda Ahmed, Saytel Genevieve Resumen : : La resistencia antimicrobiana (RAM), se considera como una de las 10 problemáticas más desafiantes para el sistema de salud pública, ya que a través del tiempo las bacterias han desarrollado mecanismos de defensa y evasión frente a antibióticos de última generación, como los carbapenémicos y las polimixinas. Es decir, que la eficacia de los tratamientos terapéuticos a nivel mundial está disminuyendo progresivamente, especialmente en el manejo de infecciones urinarias, nosocomiales, gastrointestinales, y afecciones graves, por lo que cada vez son más difíciles o imposibles de combatir, aumentando significativamente la tasa de mortalidad. Uno de los principales mecanismos de propagación bacteriana farmacorresistente es en la cadena alimentaria, principalmente en la comida callejera, lo que conduce a que los agentes multirresistentes ya se encuentren en entornos comunitarios. Sin embargo, en el Ecuador, las investigaciones sobre la resistencia antimicrobiana (RAM) en bacterias aisladas de alimentos callejeros son limitados. De igual manera, no se han realizado técnicas de secuenciación genómica de Enterobacterales provenientes de espacios comunitarios en el país, lo que dificulta la vigilancia epidemiológica y el monitoreo efectivo de la resistencia antimicrobiana. Es por esto, que en este estudio, se analizaron 6 muestras de alimentos líquidos callejeros recolectados en el Parque de los Tubos y El Panecillo, donde se descartaron microorganismos de desinterés, mediante el uso de medios de cultivo (diferenciales y selectivos), y pruebas de sensibilidad. De la muestra de mayor interés se realizó un aislado denominado 6M, donde se extrajo ADN para su posterior secuenciación con el equipo MiSeq de Illumina, mediante el uso de herramientas bioinformáticas se evidenció que el aislado 6M corresponde a la bacteria gramnegativa Stenotrophomonas maltophilia. Esta bacteria patógena, se caracteriza por causar infecciones nosocomiales y respiratorias a pacientes in- munocomprometidos, aumentando la tasa de mortalidad relacionadas a RAM. Asimismo, gracias a la herramientas bioinformáticas se identificaron mecanismos de acción de esta bacteria, los cuales son, producción de bombas de eflujo (smeABC, AcrAB-TolC), betalactamasas (Betalac- tamasa Toho-1, L1-Betalactamasa) , factores de virulencia (gyrA) y transposones (Tn10). El objetivo de esta investigación es identificar genes de resistencia a los antimicrobianos en bacterias aisladas de alimentos callejeros del sur del Distrito Metropolitano de Quito, mediante análisis microbiológicos y técnicas moleculares, para la determinación de una posible fuente de diseminación de microorganismos RAM. Descripción : Antimicrobial resistance (AMR) is considered one of the ten most challenging issues for public health systems, as bacteria have developed defense and evasion mechanisms over time against next-generation antibiotics such as carbapenems and polymyxins. This means that the effectiveness of therapeutic treatments worldwide is progressively declining, especially in the management of urinary, nosocomial, and gastrointestinal infections, as well as severe con- ditions, making them increasingly difficult or even impossible to combat, significantly increasing mortality rates. One of the main mechanisms of drug-resistant bacterial spread occurs through the food chain, particularly in street food, leading to the presence of multidrug-resistant agents in community environments. However, in Ecuador, research on antimicrobial resistance (AMR) in bacteria isolated from street food remains limited. Similarly, genomic sequencing techniques have not been applied to Enterobacterales from community spaces in the country, which hinders epidemiological surveillance and the effective monitoring of antimicrobial resistance. For this reason, this study analyzed six samples of liquid street food collected from Parque de los Tubos and El Panecillo, where non-relevant microorganisms were excluded through the use of differen- tial and selective culture media, as well as susceptibility tests. The most relevant sample resulted in an isolate designated as 6M, from which DNA was extracted for subsequent sequencing using the Illumina MiSeq platform. Through bioinformatics tools, it was determined that isolate 6M corresponds to the Gram-negative bacterium Stenotrophomonas maltophilia. This pathogenic bacterium is known for causing nosocomial and respiratory infections in immunocompromised patients, increasing mortality rates related to AMR. Furthermore, bioinformatics analysis identi- fied multiple resistance mechanisms in this bacterium, including efflux pump production (smeABC, AcrAB-TolC), β-lactamases (Betalactamase Toho-1, L1-Betalactamase), virulence factors (gyrA), and transposons (Tn10). The objective of this research is to identify antimicrobial resistance genes in bacteria isolated from street food in the southern area of the Metropolitan District of Quito using microbiological and molecular techniques, in order to determine a poten- tial source of dissemination of AMR microorganisms. 2025-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5388 Título : Diatomeas epilíticas como bioindicadores en la calidad del agua del río pita, sector cascada cóndor machay, Pichincha Ecuador Autor : Carrera Bazán, Misheel Alejandra Resumen : En el Río Pita sector Cascada Cóndor Machay ubicada en el Cantón Rumiñahui en la Provincia de Pichincha, se determinó la calidad de agua mediante parámetros fisicoquímicos y biológicos. Se tomaron cuatro puntos de colecta para caracterizar la comunidad de diatomeas epilíticas donde se identificaron un total de 3200 individuos, con 58 especies pertenecientes a 29 géneros. Se utilizó los índices de Shannon Wiener, Simpson y Dominancia para determinar la diversidad por punto de las especies identificadas. Obteniendo una diversidad media H: 2,46 con una baja dominancia 0,85 y finalmente teniendo una comunidad heterogénea J’: 0,66. Por medio de un Análisis de Correspondencia Canónica (CCA) se corroboró las especies con parámetros fisicoquímicas, obteniendo una varianza de 82.72%, dando confiabilidad al estudio. Se evidenció que los estándares ambientales causan cambios significativos para la diversidad del ecosistema acuático por medio del Índice de Polusensibilidad IPS: 2.5 ubicado en la categoría de mala calidad de agua. Descripción : In the Pita River sector of the Condor Machay Waterfall located in the Rumiñahui Canton in the Province of Pichincha, the water quality was determined using physicochemical and biological parameters. Four collection points were taken to characterize the community of epilithic diatoms, where a total of 3200 individuals were identified, with 58 species belonging to 29 genera. The Shannon Wiener, Simpson and Dominance indices were used to determine the diversity per point of the identified species. Obtaining an average diversity H: 2.46 with a low dominance 0.85 and finally having a heterogeneous community J': 0.66. Through a Canonical Correspondence Analysis (CCA), the species were corroborated with physicochemical parameters, obtaining a variance of 82.72%, giving reliability to the study. It was evidenced that environmental standards cause significant changes to the diversity of the aquatic ecosystem through the Pollusensitivity Index IPS: 2.5 located in the category of poor water quality. 2024-07-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5387 Título : Diseño in silico de una vacuna multiepítopo dirigida contra las proteínas de superficie del monkeypox virus. Autor : Rivera Orellana, Jhoan Sebastián Resumen : El virus del Monkeypox (MPXV) es un patógeno zoonótico estrechamente relacionado con el virus de la viruela, que puede causar brotes epidémicos graves en humanos con una mortalidad significativa. Dada su capacidad para propagarse rápidamente y su potencial de generar brotes epidémicos, el desarrollo de estrategias efectivas de vacunación es crucial. Este estudio representa un avance innovador en el diseño de vacunas, utilizando herramientas bioinformáticas avanzadas para identificar epítopos específicos que pueden activar de manera eficaz las células T helper (HTL) a través de complejos MHC-II. En este estudio, se llevó a cabo la identificación de epítopos del virus del Monkeypox capaces de activar células T helper (HTL) a través del MHC-II. Se comenzó analizando 50,040 secuencias virales, de las cuales se filtraron y seleccionaron los epítopos más óptimos, reduciéndolos a 13 epítopos finales con mayor afinidad para las moléculas MHC-II. Estos epítopos seleccionados se integraron en una vacuna multiepítopo, añadiendo secuencias espaciadoras y adyuvantes para mejorar la respuesta inmunitaria. Luego, se realizó el modelado 3D de la vacuna para predecir la estructura y evaluar su estabilidad. Las simulaciones de dinámica molecular ayudaron a refinar el modelo y asegurar su estabilidad estructural. Los resultados indicaron que los epítopos seleccionados tienen alta afinidad por las moléculas MHC-II, y el modelado 3D de la vacuna mostró que la estructura diseñada es estable. Las simulaciones sugieren que la vacuna multi-epítopo es capaz de inducir respuestas inmunitarias robustas, destacando su potencial como una estrategia efectiva para la inmunización contra el virus del Monkeypox. La vacuna resultante no solo ha demostrado inducir respuestas inmunitarias robustas y de memoria en modelos computacionales, sino que también ha sido validada mediante modelado 3D, destacando por su estructura molecular estable y la óptima exposición de los epítopos. Además, el análisis detallado de cobertura poblacional subraya su potencial para ofrecer una protección global significativa, convirtiéndola en una herramienta esencial para combatir epidemias de Monkeypox y promoviendo la salud pública a escala mundial. Descripción : The monkeypox virus (MPXV) is a zoonotic pathogen closely related to the smallpox virus, capable of causing severe epidemic outbreaks in humans with significant mortality. Given its ability to spread rapidly and its potential to generate epidemic outbreaks, the development of effective vaccination strategies is crucial. This study represents an innovative advancement in vaccine design, utilizing advanced bioinformatics tools to identify specific epitopes that can effectively activate helper T cells (HTL) through MHC-II complexes. In this study, epitopes of the monkeypox virus capable of activating helper T cells (HTL) through MHC-II were identified. The process began with the analysis of 50,040 viral sequences, from which the most optimal epitopes were filtered and selected, narrowing them down to 13 final epitopes with the highest affinity for MHC-II molecules. These selected epitopes were integrated into a multi-epitope vaccine, adding spacer sequences and adjuvants to enhance the immune response. Subsequently, 3D modeling of the vaccine was performed to predict its structure and assess itsstability. Molecular dynamics simulations helped refine the model and ensure itsstructuralstability. The resultsindicated that the selected epitopes have high affinity for MHC-II molecules, and the 3D modeling of the vaccine showed that the designed structure is stable. The simulations suggest that the multi-epitope vaccine is capable of inducing robust immune responses, highlighting its potential as an effective strategy for immunization against the monkeypox virus. The resulting vaccine has not only demonstrated the ability to induce robust and memory immune responses in computational models but has also been validated through 3D modeling, standing out for its stable molecular structure and optimal epitope exposure. Additionally, the detailed population coverage analysis underscores its potential to offer significant global protection, making it an essential tool to combat monkeypox epidemics and promote public health on a global scale. 2024-08-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5317 Título : Evaluación de pipelines bioinformáticos para la identificación de genes de resistencia antimicrobianos Autor : Zambrano Crespo, Gonzalo Javier Resumen : La creciente amenaza de la resistencia a los antimicrobianos plantea un desafío importante para la salud pública y afecta la eficacia de los tratamientos médicos y el manejo de enfermedades infecciosas. Este estudio aborda la necesidad crítica de estrategias efectivas para identificar genes de resistencia a los antimicrobianos en microorganismos patógenos. Al realizar un análisis comparativo de los procesos bioinformáticos, la investigación contribuye a discernir prácticas óptimas para la detección de genes de resistencia. Esto es particularmente crucial en regiones como Ecuador, donde la infraestructura de atención médica es inadecuada, altas tasas de enfermedades infecciosas y la comunicación sobre temas de salud pública. Aprovechando el poder de la secuenciación de próxima generación (NGS) y los procesos bioinformáticos, el estudio subraya la importancia de adoptar un enfoque genómico para un análisis exhaustivo de cepas bacterianas. La bioinformática facilita la identificación específica de genes de resistencia, desentrañando las complejidades genéticas de la resistencia a los antimicrobianos. La evaluación de los procesos bioinformáticos dentro de la plataforma Galaxy se alinea con los desarrollos de vanguardia en genómica y bioinformática, proporcionando información valiosa tanto para la comprensión científica como para las estrategias de salud pública. Entre los proyectos bioinformáticos comparados, ABRIcate emerge como la herramienta más eficaz para evaluar genes de resistencia en comparación con StarAMR. Además, el estudio revela que la base de datos CARD arroja resultados superiores en este contexto. Estos hallazgos resaltan la importancia de las tecnologías de secuenciación avanzadas, los flujos de trabajo bioinformáticos integrales y las plataformas colaborativas para comprender y abordar los desafíos asociados con la resistencia a los antimicrobianos. Descripción : The growing threat of antimicrobial resistance poses a significant challenge to public health and affects the effectiveness of medical treatments and the management of infectious diseases. This study addresses the critical need for effective strategies to identify antimicrobial resistance genes in pathogenic microorganisms. By performing a comparative analysis of bioinformatics processes, the research contributes to discerning optimal practices for the detection of resistance genes. This is particularly crucial in regions like Ecuador, where healthcare infrastructure is inadequate, high rates of infectious diseases and communication on public health issues. Harnessing the power of next-generation sequencing (NGS) and bioinformatics processes, the study underlines the importance of adopting a genomic approach for comprehensive analysis of bacterial strains. Bioinformatics facilitates the targeted identification of resistance genes, unraveling the genetic complexities of antimicrobial resistance. The evaluation of bioinformatics processes within the Galaxy platform aligns with cutting-edge developments in genomics and bioinformatics, providing valuable information for both scientific understanding and public health strategies. Among the compared bioinformatics projects, ABRIcate emerges as the most effective tool for evaluating resistance genes compared to StarAMR. Furthermore, the study reveals that the CARD database yields superior results in this context. These findings highlight the importance of advanced sequencing technologies, comprehensive bioinformatics workflows, and collaborative platforms to understand and address the challenges associated with antimicrobial resistance. 2024-08-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5304 Título : Obtención de lípidos a partir de biomasa microalgal de chlorella vulgaris cultivada en agua residual de faenamiento avícola con luz artificial Autor : Oleas Recalde, Marcelo Javier Resumen : 1 RESUMEN Las microalgas como Chlorella vulgaris son microorganismos fotosintéticos con alto contenido lipídico que tienen la capacidad de crecer y eliminar nutrientes simultáneamente en aguas residuales. En esta investigación, la especie Chlorella vulgaris fue inoculada en agua residual de faenamiento avícola esterilizada utilizando fotoperiodos de 19 h luz y 5 h oscuridad. La luz utilizada fue artificial LED blanca (control) y azul, los cultivos se realizaron en fotobiorreactores constituidos por peceras comerciales. Se llevaron a cabo mediciones del crecimiento celular donde se obtuvieron valores de 0,392 g/L y 0,361 g/L de biomasa para las luces de colores blanca y azul, respectivamente. Los resultados de la extracción de lípidos demuestran que se encontró el máximo contenido de lípidos totales con luz azul (18,93 %) con solvente cloroformo:metanol (2:1). Respecto de la extracción ácidos grasos libres (AGL) el mayor porcentaje obtenido fue 16,82 % con etanol para luz blanca y 21,37 % con metanol para luz azul. En los ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME) indirecto, se obtuvo una extracción de 97,60 % en luz azul con uso de un catalizador homogéneo (ácido sulfúrico). Adicionalmente, esta especie puede ser utilizada en procesos de biorremediación debido a su capacidad de remoción de nutrientes y metales. En este estudio se logró una remoción en términos de Nitrógeno Total (32,14 % para la luz blanca y 74,19 % para la luz azul, respectivamente), Fósforo Total (27,23 % y 11,98 %) y Carbono Orgánico Total (64,10 % y 67,74 %). Referente a los metales se obtuvo una remoción de hierro (92,5 % luz blanca y 95,31 % para luz azul) y sodio (64,6 % para luz blanca y 47,95 % para luz azul). La eliminación de estos nutrientes y metales después de la inoculación lograron los niveles permisibles para descarga en alcantarillado público según la normativa de calidad ambiental y de descarga de efluentes en el Ecuador Descripción : 2 ABSTRACT Microalgae such as Chlorella vulgaris are photosynthetic microorganisms with high lipid content that can grow and remove nutrients simultaneously in wastewater. In this research, Chlorella vulgaris was inoculated in sterilized poultry slaughter wastewater using photoperiods of 19 h of light and five h of darkness. The light used was artificial white (control) and blue LEDs mounted in commercial fish tanks as photobioreactors. Cell growth measurements were carried out where values of 0,392 g/L and 0,361 g/L of biomass were obtained for the white and blue colored lights, respectively. The results of lipid extraction show that the maximum content of total lipids was found under blue light (18,93 %) with the solvent chloroform: methanol (2:1). Regarding the extraction of free fatty acids (FFA), the highest percentage obtained was 16,82 % with ethanol for white light and 21,37 % with methanol for blue light. In indirect fatty acid methyl esters (FAME), an extraction of 97,60 % in blue light was obtained using a homogeneous catalyst (sulfuric acid). Additionally, this species can be used in bioremediation processes due to its capacity to remove nutrients and metals. In this study, a removal was achieved in terms of Total Nitrogen (32,14 % for white light and 74,19 % for blue light, respectively), Total Phosphorus (27,23 % and 11,98 %), and Organic Carbon Total (64,10 % and 67,74 %). Regarding metals, a removal of iron (92,5 % white light and 95,31 % blue light) and sodium (64,6 % white light and 47,95 % blue light). Eliminating these nutrients and metals after inoculation achieved the permissible levels for discharge into public sewage according to Ecuador's environmental quality and effluent discharge regulations. 2024-06-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5293 Título : Obtención de lípidos a partir de biomasa microalgal de scenedesmus sp. cultivada en agua residual de faenamiento avícola con luz artificial Autor : Sales Proaño, Aytana Mayte Resumen : Las microalgas, microorganismos fotosintéticos con capacidad de producir un alto contenido en lípidos, son capaces de degradar los nutrientes de las aguas residuales. En la presente investigación se utilizó la especie de microalga, Scenedesmus sp. cultivada en agua residual de faenamiento avícola esterilizada utilizando fotoperiodos 12:12 de luz artificial LED de color blanco (control) y en luz LED de color rojo, montadas en fotobiorreactores planos en condiciones de laboratorio. Se midió el crecimiento celular a partir de conteo celular en la cámara de Neubauer, los lípidos totales, ácidos grasos libres (AGL) y los ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME) extraídos; también se determinaron parámetros fisicoquímicos y contenido de metales del agua residual en ambos colores de luces. Los resultados indicaron que en el agua residual de faenamiento avícola es adecuada para el cultivo de esta especie de microalga, obteniéndose un mayor crecimiento de biomasa para Scenedesmus sp. en luz roja en comparación con la luz blanca con (5,86 g/L vs a 4,49 g/L); adicionalmente, esta especie puede ser utilizada en procesos de biorremediación debido a la remoción de nutrientes lograda en términos de Nitrógeno Total (> a 90 %), Fósforo Total (> 59 %) y Carbono Orgánico Total (> 68 %). Se registró una producción de lípidos de 12,81 % con metilciclohexano para la luz roja y 13,83 % para luz blanca; 12,08 % para la mezcla cloroformo: metanol (1:2) en luz roja y 12,67 % en luz blanca; y 38,55 % para la mezcla cloroformo: metanol (2:1) en luz roja y 21,47 % para la luz blanca. Estos mismos solventes presentaron los mejores rendimientos de ácidos grasos libres (AGL). El porcentaje de extracción de ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME) con biomasa directa para ambas luces fue de 80 % con ayuda del catalizador heterogéneo (resina CT-269) y en la biomasa indirecta del solvente extractor CM (2:1) con la ayuda del catalizador resina se obtuvo un porcentaje de extracción de 94 %. Este trabajo demuestra la viabilidad del agua residual de faenamiento avícola y el uso de dos tipos diferentes de luce artificiales (blanca y roja) para la producción de biomasa microalgal y obtención de lípidos a partir Scenedesmus sp. con miras a la obtención de biocombustibles y biotratamiento del agua residual Descripción : Microalgae, photosynthetic microorganisms with the capacity to produce a high lipid content, are capable of degrading nutrients in wastewater. In the present investigation, the microalgae species, Scenedesmus sp., was used. cultured in sterilized poultry slaughter wastewater using 12:12 photoperiods of white LED artificial light (control) and red LED light, mounted in flat photobioreactors under laboratory conditions. Cell growth was measured by cell counting in the Neubauer chamber, total lipids, free fatty acids (FFA) and fatty acid methyl esters (FAME) extracted; Physicochemical parameters and metal content of the wastewater were also determined in both colors of lights. The results indicated that wastewater from poultry slaughter is suitable for the cultivation of this species of microalgae, obtaining greater biomass growth for Scenedesmus sp. in red light compared to white light with (5.86 g/L vs. 4.49 g/L); Additionally, this species can be used in bioremediation processes due to the nutrient removal achieved in terms of Total Nitrogen (> 90%), Total Phosphorus (> 59%) and Total Organic Carbon (> 68%). A lipid production of 12.81% was recorded with methylcyclohexane for red light and 13.83% for white light; 12.08% for the chloroform: methanol mixture (1:2) in red light and 12.67% in white light; and 38.55% for the chloroform: methanol mixture (2:1) in red light and 21.47% for white light. These same solvents presented the best yields of free fatty acids (FFA). The extraction percentage of fatty acid methyl esters (FAME) with direct biomass for both lights was 80% with the help of the heterogeneous catalyst (CT-269 resin) and in the indirect biomass of the extracting solvent CM (2:1) with the help of the resin catalyst, an extraction percentage of 94% was obtained. This work demonstrates the viability of wastewater from poultry slaughter and the use of two different types of artificial lights (white and red) for the production of microalgal biomass and obtaining lipids from Scenedesmus sp. with a view to obtaining biofuels and biotreatment of wastewater. 2024-05-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5240 Título : Análisis del potencial prebiótico de la inulina de achicoria en jugos naturales comercializados en el DMQ, mediante la simulación de un sistema gastrointestinal in-vitro Autor : Zaldumbide Cisneros, Luis Fernando Resumen : En diversas localidades del Ecuador, como el Distrito Metropolitano de Quito, se comercializan bebidas en las cuales se incorporan alimentos funcionales con el propósito de conferirles un valor biológico adicional, como es el caso de la inulina de achicoria, utilizada para potenciar su carácter prebiótico. Estos prebióticos, presentes en dichas bebidas, poseen la capacidad de estimular una proliferación más amplia de bacterias beneficiosas presentes en la microbiota humana, entre las que se incluyen los Lactobacillus. Dado que las empresas emplean estos aditivos con el fin de generar una inclinación favorable hacia sus productos por parte del público, el objetivo de este estudio radica en evaluar y determinar el auténtico potencial prebiótico que ostentan estas bebidas, las cuales se etiquetan con un supuesto valor biológico añadido. Este análisis se llevó a cabo mediante la evaluación de dichos productos en sistemas gastrointestinales in vitro, con el propósito de corroborar su capacidad para fomentar la proliferación de Lactobacillus. En consecuencia, se implementaron sistemas gastrointestinales in vitro y se adaptaron para comparar, a través de conteos celulares, la proliferación de Lactobacillus en muestras de control (sin bebidas con inulina de achicoria) y muestras experimentales (con bebidas que contienen inulina de achicoria). Asimismo, se determinó estadísticamente si existía una diferencia significativa entre ambos grupos. Se concluyó que estas bebidas efectivamente generaron un aumento en la población de Lactobacillus en las muestras experimentales en comparación con los controles; no obstante, el incremento derivado de la inulina de achicoria incluida en las bebidas demostró no ser estadísticamente significativo para inducir mejoras sustanciales en la microbiota humana. Descripción : In diverse regions of Ecuador, including the Metropolitan District of Quito, beverages are commercially available wherein functional foods are incorporated to bestow upon them an additional biological value. An example of such incorporation is chicory inulin, employed to enhance their prebiotic characteristics. These prebiotics, present in these beverages, harbor the capability to stimulate a broader proliferation of beneficial bacteria within the human microbiota, notably including Lactobacillus. Given that companies utilize these additives to engender a favorable inclination towards their products among the public, the essence of this study lies in the evaluation and determination of the genuine prebiotic potential inherent in these beverages, labeled with an assumed biological value. This analysis was executed through the assessment of said products in in vitro gastrointestinal systems, aimed at substantiating their capacity to foster the proliferation of Lactobacillus. Consequently, in vitro gastrointestinal systems were implemented and adapted to compare, through cellular counts, the proliferation of Lactobacillus in control samples (lacking beverages containing chicory inulin) and experimental samples (with beverages containing chicory inulin). Moreover, a statistical determination was conducted to ascertain if a significant difference existed between the two groups. It was concluded that these beverages did, indeed, induce an augmentation in the Lactobacillus population within the experimental samples compared to the controls. Nevertheless, the increase resulting from chicory inulin included in the beverages proved not to be statistically significant enough to show substantial improvements in the human microbiota 2024-04-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5239 Título : Diversidad de diatomeas en crioconitas del volcán Antisana, Ecuador. Autor : Silva Cordones, Carlos René Resumen : Los glaciares tropicales andinos, reconocidos como fuente principal de suministro de recursos hídricos, demandan una constante necesidad de monitoreos y caracterización, dada la importancia estratégica del ecosistema. Las diatomeas constituyen un grupo de microorganismos unicelulares, destacando como comunidades fundamentales de los ecosistemas que emergen en la zona de ablación de los glaciares, organismos los cuales denotan sensibilidad a variaciones y estrés ambiental. Antisana, uno de los volcanes más representativos del territorio ecuatoriano, alberga especies que han sido capaces de adaptarse a microecosistemas como las crioconitas. En el año 2023, durante el mes de abril, se llevó a cabo un análisis de clasificación morfológica por metodología óptica clásica, donde se determinó a Gomphonema parvulum, Hantzschia amphioxys y el complejo de Pinnularias como especies más representativas, determinando de esta manera una divergencia en los registros de referencia realizados en 2018. Adicionalmente, se observó una alta cantidad de individuos de identificación única, sugiriendo así la posibilidad de que dichos ejemplares se vean afectados por corrientes eólicas, reafirmando su carácter aerófilo. Este fenómeno sugiere la probable cinética de las diatomeas entre ecosistemas y enriquecimiento biológico de crioconitas Descripción : The Andean tropical glaciers, recognized as the primary source of water resources, demand a continuous monitoring and characterization due to the strategic importance of the ecosystem. Diatoms, which constitute a group of unicellular microorganisms, stand out as fundamental agents in ecosystems emerging in the ablation zone of glaciers, displaying sensitivity to environmental variations and stress. Antisana, one of the most representative volcanoes in the Ecuadorian territory, harbors communities that have successfully adapted to microecosystems such as cryoconites. In the year 2023, during the month of April, a morphological classification analysis was conducted using classical optical methodology. This analysis identified Gomphonema parvulum, Hantzschia amphioxys, and the Pinnularia complex as the most representative species, indicating a substantial change in communities in contrast to reference data from the area in 2018. Additionally, a significant number of individuals with unique identification were observed, suggesting the potential influence of wind currents, thereby reaffirming their aerophilic nature. This phenomenon hints at the probable kinetic transport of diatoms between ecosystems and the biological enrichment of cryoconites. 2024-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5238 Título : Aislamiento de bacterias ácido-lácticas nativas del Ecuador, para el mejoramiento de las propiedades organolépticas en el yogurt natural Autor : Álvarez Ordoñez, Romina Isabela Resumen : El yogur natural, un producto lácteo globalmente consumido por sus múltiples beneficios, a menudo se ve eclipsado por variedades aromatizadas y con aditivos debido a la limitada oferta de sabores. Entre estos aditivos, la carragenina, utilizada para mejorar la textura del yogur, ha sido objeto de preocupación por sus posibles efectos adversos para la salud humana. Las bacterias ácido lácticas, microorganismos anaerobios presentes en diversos entornos, desempeñan un papel crucial en la producción de productos lácteos, como el yogur natural, conocido por fortalecer el sistema inmunológico. En este estudio, se buscó aislar cepas nativas de bacterias lácticas en Ecuador con el objetivo de mejorar las propiedades organolépticas del yogur natural en comparación con sus homólogos comerciales. Se realizaron aislamientos de bacterias ácido-lácticas en diversas regiones de Ecuador, utilizando luego estas cepas para la elaboración de yogures naturales. Estos fueron comparados con yogures elaborados con cepas comerciales, incluyendo carragenina en dos de ellos. Se midieron parámetros fisicoquímicos como el pH, grados Brix y densidad, ya que estos influyen en las propiedades organolépticas. Los resultados, analizados mediante ANOVA y prueba de Duncan en el programa Infostat, revelaron diferencias significativas en pH, grados Brix y densidad entre los yogures naturales elaborados con cepas nativas y aquellos con cepas comerciales. En conclusión, se identificaron las cepas nativas L5-4, L5-3 y L13 como las más eficaces para mejorar las propiedades organolépticas del yogur natural, ofreciendo perspectivas valiosas para la producción de productos lácteos más saludables y apetitosos. Descripción : Plain yoghurt, a dairy product globally consumed for its many benefits, is often overshadowed by flavoured and additive varieties due to limited flavour offerings. Among these additives, carrageenan, used to improve the texture of yoghurt, has been the subject of concern due to its possible adverse effects on human health. Lactic acid bacteria, anaerobic microorganisms present in various environments, play a crucial role in the production of dairy products, such as natural yoghurt, known to strengthen the immune system. In this study, we sought to isolate native strains of lactic acid bacteria in Ecuador to improve the organoleptic properties of natural yoghurt compared to its commercial counterparts. Isolations of lactic acid bacteria were carried out in various regions of Ecuador, and then using these strains for the production of natural yoghurts. These were compared with yoghurts made with commercial strains, including carrageenan in two of them. Physical-chemical parameters such as pH, degrees Brix and density were measured, since these influence the organoleptic properties. The results, analyzed by ANOVA and Duncan's test in the Infostat program, revealed significant differences in pH, Brix degrees and density between natural yoghurts made with native strains and those with commercial strains. In conclusion, native strains L5-4, L5-3 and L13 were identified as the most effective in improving the organoleptic properties of natural yoghurt, offering valuable perspectives for the production of healthier and more appetizing dairy products 2024-04-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5237 Título : Análisis de la diversidad de diatomeas en crioconitas del volcán Cayambe, Ecuador Autor : Moreno Orna, Lesly Katherine Resumen : Las zonas de ablación en las áreas de los glaciares andinos son importantes para los sistemas hídricos, por lo cual necesitan un monitoreo e identificación de las especies que los habitan. De esta manera, se entenderá cómo funciona dicho ecosistema y la importancia de su conservación. Este proyecto pretende determinar la diversidad taxonómica de diatomeas presentes a diferentes alturas, recolectadas en crioconitas del volcán Cayambe, Ecuador. En el año 2023, durante el mes de mayo, se llevó a cabo el muestreo dentro del Parque Nacional Cayambe-Coca en crioconitas situadas a alturas entre 4869 y 4936 m.s.n.m. Las muestras fueron almacenadas en recipientes estériles para recolección de muestras, de aproximadamente 50 ml, para lograr su preservación fueron almacenadas con una solución transeau. Una vez finalizado su transporte en cadena de frío y total oscuridad, se procedió a realizar el tratamiento adecuado para el retiro de materia orgánica. Finalmente, se llevó a cabo la fijación de las muestras en portaobjetos y su debida identificación bajo microscopía óptica. Se registró una abundancia absoluta de 2483 individuos, entre los cuales se identificaron taxonómicamente 69 especies. Las especies más representativas fueron Psammothidium germainii, Sellaphora atomoides, Pinnularia sp3 y Hannaea arcus, las cuales son poco comunes en este tipo de ambientes. No obstante, la relación entre la altitud y la presencia de estas especies en los puntos estudiados muestra una baja diversidad. Por otro lado, la distribución de los individuos es homogénea en términos de diversidad considerada desequilibrada. A partir de estos resultados, se puede concluir que, a mayor altitud, menor será la diversidad de estos microorganismos. Descripción : The ablation zones in the Andean glacier areas are important for the hydrological systems, thus requiring monitoring and identification of the species inhabiting them. This way, understanding of how this ecosystem functions and the importance of its conservation can be achieved. This project aims to determine the taxonomic diversity of diatoms present at different altitudes, collected in cryoconites from Cayambe Volcano, Ecuador. In 2023, during May, sampling was conducted within Cayambe-Coca National Park in cryoconites located at altitudes between 4869 and 4936 meters above sea level. Samples were stored in sterile containers for sample collection, approximately 50 ml each, to ensure preservation They were stored with a Transeau solution. Once transportation was completed under cold chain and total darkness, the appropriate treatment for organic matter removal was carried out. Finally, the samples were fixed on slides and properly identified under optical microscopy. An absolute abundance of 2483 individuals were recorded, among which 69 species were taxonomically identified. The most representative species were Psammothidium germainii, Sellaphora atomoides, Pinnularia sp3, and Hannaea arcus, which are uncommon in this type of environment. However, the relationship between altitude and the presence of these species at the studied points shows low diversity. On the other hand, the distribution of individuals is homogeneous in terms of the considered unbalanced diversity. From these results, it can be concluded that, at higher altitudes, the diversity of these microorganisms will be lower. 2024-02-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5236 Título : Obtención de lípidos a partir de biomasa microalgal de un consorcio de chlorella vulgaris y scenedesmus sp. cultivado en agua de faenamiento avícola con luz artificial Autor : Guerrero Revelo, Alisson Gisselle Resumen : La industria avícola genera residuos que representan restos de aves de corral como materia orgánica, materia inorgánica, sólidos suspendidos, patógenos, componentes que generan contaminantes que afectan al ambiente: sin embargo, los efluentes de esta industria tienen la capacidad para ser sustrato en cultivo de microalgas, microrganimos que son capaces de remediar aguas residuales y como valor agregado producen biomasa con contenido lipídico alto para la producción de biocombustibles, al realizar el bioproceso de fotosíntesis me manera más eficiente que las plantas terrestres. En la presente investigación se realizó un cultivo en consorcio de microalgas conformado por Chlorella vulgaris y Scenedesmus sp. en agua residual de origen avícola acondicionado con luz LED blanco como control y luz LED azul para realizar una comparación en parámetros fisicoquímicos, crecimiento celular rendimiento lipídico. En el crecimiento celular se obtuvo 0,232 g/L y 0,188 g/L respectivamente de biomasa total con una productividad especifica de 0,111 d −1 para los dos cultivos. En los parámetros fisicoquímicos del cultivo con luz artificial blanca se obtuvo un porcentaje de remoción de 37,5 % m/m de nitrógeno total (NT), 44,66 % m/m de fósforo total (PT), 69,67 % m/m de carbono orgánico total (COT) y en el cultivo con luz LED azul se logró una remoción de 79 % m/m de (NT), 61,67 % m/m de (PT) y 92,06 % m/m de (COT). Se utilizaron seis diferentes solventes para extraer lípidos: cloroformo:metanol (1:2), cloroformo:metanol (2:1), metilciclohexano, etanol, acetato de etilo y metanol. De los seis solventes empleados en la extracción de lípidos los solventes que presentaron un mejor rendimiento para el cultivo con luz LED blanca es el cloroformo:metanol (2:1) con un 54,90 % m/m y para el cultivo con luz LED azul el metanol presentó un porcentaje de 18,90 % m/m, en la producción de ácidos grasos libres (AGL) el cultivo de luz artificial blanca el metanol presentó un 52,84 % m/m, el cultivo de luz artificial azul el etanol logró un 42,58 % m/m y de ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME) directo los porcentajes más altos son 46,35 % m/m y 78,64 % m/m para el cultivo de luz LED blanca y luz LED azul respectivamente, el procedimiento de FAME indirecto se logró un 59,22 % m/m con luz artificial blanca y 42,13 % m/m con luz artificial azul, en el procedimiento de FAME a partir de AGL se obtuvo un 52,79 % m/m con luz LED blanca y 41,70 % m/m con luz LED azul, cabe recalcar que los mejores porcentajes se logró con el uso de solventes extractores orgánicos en contacto con un catalizador homogéneo (H2SO4). En base a los resultados de esta investigación, el consorcio microalgal presenta un porcentaje considerable de remoción de nutrientes, por lo que se puede considerar apto para realizar biorremediación en aguas residuales. Descripción : The poultry industry generates waste that represents poultry remains, such as organic matter, inorganic matter, suspended solids, pathogens, and components that generate pollutants that affect the environment: however, the effluents of this industry can be a substrate for microalgae cultivation, microorganisms that are capable of remediating wastewater and as an added value produce biomass with high lipid content for the production of biofuels, by performing the photosynthesis bioprocess more efficiently than terrestrial plants. In the present investigation, a microalgae consortium culture of Chlorella vulgaris and Scenedesmus sp. in poultry wastewater conditioned with white LED light as control and blue LED light was carried out to compare physicochemical parameters, cell growth, and lipid yield. In cell growth, 0,232 g/L and 0,188 g/L of total biomass, respectively, were obtained with a specific productivity of 0,111 for the two cultures. In the physicochemical parameters of the culture with white artificial light, a removal percentage of 37,5 % m/m of total nitrogen (TN), 44,66 % m/m of total phosphorus (TP), 69,67 % m/m of total organic carbon (TOC) was obtained. In the culture with blue LED light, the removal of 79 % m/m of TN, 61,67 % m/m of TP, and 92,06 % m/m of TOC was achieved. Six different solvents were used to extract lipids: chloroform: methanol (1:2), chloroform: methanol (2:1), methylcyclohexane, ethanol, ethyl acetate, and methanol. Of the six solvents used in lipid extraction, the solvent that presented the best performance for the white LED light culture is chloroform: methanol (2: 1) with 54,90 % m/m and for blue LED light culture methanol presented a percentage of 18,90 % m/m, in the production of free fatty acids (FFA) white artificial light culture methanol presented 52,84 % m/m, blue artificial light culture ethanol achieved 42,58 % m/m and of fatty acid methyl esters (FAME) direct the highest percentages are 46,35 % m/m and 78,64 % m/m for the cultivation of white LED light and blue LED light respectively, the indirect FAME procedure achieved 59,22 % m/m with white artificial light and 42,13 % m/m with blue artificial light, in the FAME procedure from FFA 52,79 % m/m was obtained with white LED light and 41,70 % m/m with blue LED light, it should be emphasized that the best percentages were achieved with the use of organic extracting solvents in contact with a homogeneous catalyst (H2SO4). Based on the results of this research, the microalgal consortium presents a considerable percentage of nutrient removal, so it can be considered suitable for bioremediation in wastewater. 2024-04-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5235 Título : Uso de diatomeas epífitas de la laguna Limoncocha, provincia de Sucumbios, Ecuador como bioindicadores de calidad de agua Autor : Castro Erazo, Paul Alexander Resumen : El estudio se enfoca en la evaluación de la calidad del agua en la Laguna Limoncocha, utilizando diatomeas como bioindicadores. Estos microorganismos unicelulares son ampliamente reconocidos por su capacidad para indicar la salud de los ecosistemas acuáticos. Los géneros de diatomeas con mayor presencia en la Laguna Limoncocha son Gomphonema, Encyonema, Rossithidium y Nitzschia. El análisis de la calidad del agua se llevó a cabo mediante la medición de parámetros físicoquímicos en cumplimiento con la normativa TULSMA. Además, se empleó el Índice de Poluosensibilidad Específica (IPS) para determinar la calidad ecológica de la laguna. Se realizó diversos análisis estadísticos, entre ellos un análisis de correspondencia canónica, uno de diversidad con índices de Shannon, Simpson y Pielou y un análisis de clúster que permitió visualizar la estructura de las comunidades de diatomeas en diferentes puntos de muestreo en la laguna. Descripción : The study focuses on assessing water quality in Laguna Limoncocha using diatoms as bioindicators. These single-celled microorganisms are widely recognized for their ability to indicate the health of aquatic ecosystems. The most prevalent diatom genera in Laguna Limoncocha are Gomphonema, Encyonema, Rossithidium, and Nitzschia. Water quality analysis was conducted by measuring physicochemical parameters in compliance with TULSMA regulations. Additionally, the Specific Pollutant Sensitivity Index (IPS) was employed to determine the ecological quality of the lagoon. Various statistical analyzes were carried out, including a canonical correspondence analysis, a diversity analysis with Shannon, Simpson and Pielou indices and a cluster analysis that allowed visualizing the structure of the diatom communities at different sampling points in the lagoon. 2024-03-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5234 Título : Análisis del potencial prebiótico de la inulina de achicoria en suplementos alimenticios para niños, comercializados en el DMQ, mediante la simulación de un sistema gastrointestinal in-vitro Autor : Luje Andrade, Vanessa Alejandra Resumen : En la actualidad se habla de los prebióticos como sustancias utilizadas para favorecer el crecimiento y actividad de microorganismos beneficiosos en el tracto gastrointestinal, principalmente en las bacterias probióticas. Se investigó el uso de la inulina de achicoria como prebiótico en un suplemento para niños distribuido en el Distrito Metropolitano de Quito (DMQ), evaluando su auténtico potencial prebiótico. Se llevaron a cabo estudios mediante simulaciones gastrointestinales in-vitro (SGI), comparando matraces con adición del suplemento para niños que contenía inulina frente a matraces sin prebióticos. Al concluir el SGI, se cultivaron muestras en un medio de cultivo (MRS) para bacterias lácticas. El análisis de datos se realizó utilizando Infostat, aplicando pruebas de ANOVA y un test de Tukey, revelando resultados con un valor de p>0,05. Estos hallazgos indican que la inulina de achicoria en el suplemento para niños en presentación liofilizada no tuvo un impacto significativo en el crecimiento de bacterias lácticas en condiciones simuladas del SGI, mostrando una necesidad para la verificación de la concentración y presentación de inulina de achicoria en suplementos para niños. Descripción : Currently, prebiotics are acknowledged as substances employed to facilitate the growth and activity of beneficial microorganisms within the gastrointestinal tract, primarily targeting probiotic bacteria. The utilization of chicory inulin as a prebiotic in a children's supplement distributed in the Metropolitan District of Quito (DMQ) was investigated, aiming to evaluate its genuine prebiotic potential. Studies were conducted through in-vitro gastrointestinal simulations (SGI), contrasting flasks supplemented with the children's supplement containing inulin against flasks devoid of prebiotics. Upon the conclusion of SGI, samples were cultured in a medium (MRS) suitable for lactic acid bacteria. Data analysis was performed employing Infostat, incorporating ANOVA tests and a Tukey test, revealing outcomes with a significance level of p>0.05. These findings suggest that chicory inulin in the lyophilized children's supplement did not yield a significant impact on the growth of lactic acid bacteria under simulated SGI conditions, thus indicating a necessity to validate the concentration and presentation of chicory inulin in children's supplements. 2024-04-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5233 Título : Diversidad de diatomeas epilíticas de lagunas de deshielo del volcán Antisana, Ecuador Autor : Estrada Villares, Dayana Michelle Resumen : El estudio radica en la escasa diversidad de diatomeas que se pueden encontrar en el glaciar, debido a falta de información y como consecuencia del derretimiento de este se quiere conocer las especies que habitan en el volcán, por tal motivo se realizó una investigación que tuvo como finalidad, Objetivo: determinar la riqueza y abundancia de diatomeas en ecosistemas extremófilos de las lagunas de deshielo del volcán Antisana, Napo, Ecuador. Métodos: El muestreo se realizó durante el mes de abril del 2023, en las orillas de las lagunas se raspó la superficie de 3 a 5 piedras con biopelícula almacenando la muestra en tubos falcon preservadas con formaldehído al 2%; se filtró y se limpió la materia orgánica con H2O2 al 30% a 100°C; se retiró el peróxido y se fijaron las muestras para el análisis óptico. Se analizaron 10 placas (5 por laguna) mediante barrido de placa y conteo por generador de números aleatorios. Resultados: Se obtuvo una abundancia total de 2320 individuos (1750 en Laguna 1 y 570 en Laguna 2), donde se identificó 21 especies que coinciden en las dos lagunas siendo las más representativas Odontidium mesodon, Hannaea arcus y Nitzschia paleacea; 18 especies presentes solo en la laguna 1 y 7 especies presentes solo en la laguna 2. Contribuyendo también a la identificación de especies cosmopolitas como Hantzschia amphioxys, Humidophila contenta, Sellaphora atomoides las cuales se han adaptado a climas extremos. Finalmente, la identificación taxonómica permitió catalogar la diversidad de especies en tamaños diferentes las mismas que contribuyen a la numeración de individuos presentes en el volcán. Descripción : The study is based on the scarce diversity of diatoms that can be found in the glacier, due to lack of information and as a consequence of the melting of the glacier, we want to know the species that inhabit the volcano, for this reason an investigation was carried out whose purpose, Objective: to determine the richness and abundance of diatoms in extremophile lagoons of the Antisana volcano, Napo, Ecuador. Methods: The sampling was carried out during the month of April 2023, on the shores of the lagoons, the surface of 3 to 5 stones was scraped with biofilm, storing the sample in falcon tuber preserved with 2% formaldehyde; organic matter was filtered and cleaned with 30% H2O2 at 100°C; the peroxide was removed, and the samples were fixed for optical analysis. A total of 10 plates sweeps and random number generator counting. Results: A total abundance of 2320 individuals was obtained (1750 in Lagoon 1 and 570 in Lagoon 2), where 21 species were identified that coincided in the two lagoons, the most representative being Odontidium mesodon, Hannaea arcus and Nitzschia paleacea; 18 species present only in lagoon 1 and 7 species present only in lagoon 2. It also contributes to the identification of cosmopolitan species such as Hantzschia amphioxys, Humidophila contenta, Sellaphora atomoides which have adapted to extreme climates. Finally, the taxonomic identification allowed us to catalog the diversity of species in different sizes, which contribute to the numbering of individuals present in the volcano. 2024-04-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5186 Título : Identificación molecular de garrapatas de orden ixodidae de las regiones de sierra, costa y oriente ecuatoriano mediante secuenciación de lecturas largas Autor : Guerra Burbano, Mikaela Resumen : Las garrapatas del orden Ixodida, arácnidos parásitos, son agentes de considerable importancia médica y veterinaria a nivel global debido a su capacidad para transmitir enfermedades tanto a seres humanos como a animales. A pesar de su significancia, la investigación enfocada en estas criaturas en Ecuador ha sido limitada. Este estudio se propuso abordar esta laguna en el conocimiento al recolectar muestras de garrapatas de tres distintas regiones ecuatorianas: oriente, sierra y costa. La metodología empleada abarcó una recolección meticulosa de muestras en diversos hábitats de las regiones del país. La extracción del ADN se llevó a cabo con técnicas especializadas para mantener la integridad del material genético. Se optó por la secuenciación de lecturas largas de tercera generación, lo que posibilitó la obtención de secuencias completas de múltiples genes, mejorando así la precisión en la identificación de especies y en el análisis filogenético. Los análisis bioinformáticos exhaustivos contribuyeron a la construcción de un árbol filogenético, ofreciendo una visión más clara de las relaciones evolutivas entre las especies estudiadas. Los resultados revelaron una sorprendente variabilidad genética entre las garrapatas recolectadas en las tres regiones, incluso la identificación de nuevas especies previamente desconocidas. Este hallazgo crucial impulsó la creación de un árbol filogenético detallado, permitiendo una comprensión más profunda de las relaciones genéticas entre estas garrapatas. La relevancia de estos descubrimientos radica en su impacto directo en la salud pública y veterinaria, aportando al diseño de estrategias más efectivas para el control y la prevención de enfermedades transmitidas por garrapatas en Ecuador y, posiblemente, a nivel global. El objetivo general del estudio fue la identificación molecular de distintas especies de garrapatas presentes en las diversas regiones del país, brindando una valiosa contribución al análisis de su distribución evolutiva. Este estudio representa un hito fundamental para una comprensión más profunda de la diversidad genética y la distribución de las garrapatas en Ecuador. Su impacto trasciende las fronteras nacionales al ofrecer información valiosa para el diseño de estrategias de control y prevención de enfermedades transmitidas por estos arácnidos, abriendo oportunidades para investigaciones futuras enfocadas en aspectos específicos de la epidemiología y ecología de estas especies recién identificadas. La colaboración internacional podría ampliar estos hallazgos, abordando la distribución global y la epidemiología de las enfermedades transmitidas por garrapatas. Descripción : Ticks of the order Ixodida, parasitic arachnids, are agents of considerable global medical and veterinary importance due to their ability to transmit diseases to both humans and animals. Despite their significance, research focused on these creatures in Ecuador has been limited. This study set out to address this gap in knowledge by collecting tick samples from three different Ecuadorian regions: the east, highlands, and coast. The methodology used included a meticulous collection of samples in various habitats in the regions of the country. DNA extraction was carried out with specialized techniques to maintain the integrity of the genetic material. Thirdgeneration long read sequencing was chosen, which made it possible to obtain complete sequences of multiple genes, thus improving precision in species identification and phylogenetic analysis. Extensive bioinformatic analysis contributed to the construction of a phylogenetic tree, offering a clearer view of the evolutionary relationships between the studied species. The results revealed surprising genetic variability among ticks collected in the three regions, including the identification of new, previously unknown species. This crucial finding prompted the creation of a detailed phylogenetic tree, allowing for a deeper understanding of the genetic relationships between these ticks. The relevance of these discoveries lies in their direct impact on public and veterinary health, contributing to the design of more effective strategies for the control and prevention of diseases transmitted by ticks in Ecuador and, possibly, globally. The general objective of the study was the molecular identification of different species of ticks present in the various regions of the country, providing a valuable contribution to the analysis of their evolutionary distribution. This study represents a fundamental milestone for a deeper understanding of the genetic diversity and distribution of ticks in Ecuador. Its impact transcends national borders by offering valuable information for the design of strategies for the control and prevention of diseases transmitted by these arachnids, opening opportunities for future research focused on specific aspects of the epidemiology and ecology of these newly identified species. International collaboration could expand these findings, addressing the global distribution and epidemiology of tick-borne diseases. 2023-12-01T00:00:00Z https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5072 Título : Potencial de condensación de agua de bacterias aisladas en la zona de Intag Autor : Rojas Espinoza, Daniela Nicole Resumen : Esta tesis se realizó en base a la problemática que ha surgido en las últimas cinco décadas de la escasez de agua, causada por varias razones. Las principales son: el incremento de la población, la producción ganadera y la agricultura, siendo esta última la más problemática ya que utiliza un gran porcentaje de agua (90%). El objetivo de esta investigación es ayudar a generar una nueva fuente de obtención de agua, para lo cual se ha diseñado un sistema de condensación experimental. Este sistema consiste en realizar medios de cultivo para bacterias ambientales, las mismas que actúan como núcleos de condensación. Los medios de cultivo estuvieron conectados a condensadores en diferentes condiciones ambientales, lo que provocó la formación de gotas de agua cada vez más grandes. El sistema se dejó en funcionamiento durante 24 horas. El agua resultante de este proceso se analizó bajo el microscopio para cuantificar las bacterias en la cámara de Neubauer y se realizó una tinción de Gram para caracterizar las bacterias, las cuales en este caso son bacterias Gram positivas y cocos debido a su forma redonda. A pesar de ser un sistema experimental a pequeña escala, los resultados de esta condensación fueron bastante satisfactorios. Al realizar una comparación con los controles que solo contenían agua autoclavada, se obtuvo un resultado de agua condensada en los siguientes volúmenes: C1 = 2,325 ml y C2 = 0,585 ml, mientras que los tratamientos arrojaron los siguientes volúmenes: T1 = 8,8 ml y T2 = 4,75 ml. Esto indica que se obtuvieron resultados satisfactorios en los tratamientos. Descripción : This thesis is based on the problems that have arisen in the last five decades due to water scarcity, caused by several reasons. The main ones are the increase in population, livestock and agriculture, the latter being the most problematic since it uses a large percentage of water (90%). The objective of this thesis was to help generate a new source of water, for which an experimental condensation system has been designed. This system consisted of making culture media for environmental bacteria, which acted as condensation nuclei. The culture media were connected to condensers at different environmental conditions, which caused the formation of increasingly larger water droplets. The system was left in operation for 24 hours. The water resulting from this process was analyzed under the microscope to quantify the bacteria in the Neubauer chamber and a Gram stain was performed to characterize the bacteria, which in this case are Gram-positive bacteria and cocci due to their round shape. Despite being a small-scale experimental system, the results of this condensation were quite satisfactory. When compared with the controls that only contained autoclaved water, the condensed water volumes were as follows: C1 = 2.325 ml and C2 = 0.585 ml, while the treatments yielded the following volumes: T1 = 8.8 ml and T2 = 4.75 ml. This indicates that satisfactory results were obtained in the treatments. 2023-09-01T00:00:00Z