UISEK-T MBME https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5617 2026-04-11T11:14:52Z 2026-04-11T11:14:52Z Maldonado Barros, Mateo Shai https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5777 2025-12-19T17:16:18Z 2025-01-01T00:00:00Z

Título : Filogenia y epidemiología molecular de genes de resistencia blaKPC, blaNDM-1, blaOXA-48 Autor : Maldonado Barros, Mateo Shai Resumen : A single paragraph of about 300 words maximum. For research articles, abstracts should give a pertinent overview of the work. We strongly encourage authors to use the following style of structured abstracts, but without headings: (1) Background: Place the question addressed in a broad context and highlight the purpose of the study; (2) Methods: briefly describe the main methods or treatments applied; (3) Results: summarize the article’s main findings; (4) Conclusions: indicate the main conclusions or interpretations. The abstract should be an objective representation of the article and it must not contain results that are not presented and substantiated in the main text and should not exaggerate the main conclusions. Descripción : El uso indiscriminado de antibióticos ha provocado el aparecimiento de las bacterias multirresistentes. Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, son bacterias del grupo ESKAPE debido a que produce enzimas que destruyen a los antimicrobianos e inactivan su efecto terapéutico, por lo que se denominan como carbapenemasas, blaKPC, blaNDM y blaOXA48, de los cuales son considerados como genes productores de carbapenemasas (PDC). La falta de estudios en el Ecuador y los sitios en donde se ha evidenciado la presencia de estos genes pone en riesgo a la población ecuatoriana. La hipótesis planteada es si la diversidad filogenética de los genes PDC muestran una diferenciación entre el Ecuador y los países vecinos, y si existe un patrón filogeográfico de los genes PDC mostrando clados regionales en Latinoamérica y otras regiones del mundo. El método se realizó mediante un muestreo in silico de secuencias disponibles en NCBI que contengan genes PDC de Klebsiella pneumoniae, de muestras de Ecuador, países vecinos de la región y secuencias de otras regiones geográficas. Se construyeron cuatro matrices de secuencias, y se alinearon mediante el software MUSCLE con penalidades altas para lograr una homología posicional. Posteriormente se construyeron hipótesis filogenéticas bajo los criterios de máxima parsimonia (MP) en PAUP v.4.0 y por máxima verosimilitud, con apoyo estadístico de ramas por bootstrap con 500 pseudoréplicas, en MEGAX. El análisis filogenético de los genes PDC mostró altos valores de bootstrap, pero con baja estructuración filogeográfica y frecuentes politomías. Las secuencias de Ecuador se agruparon con secuencias de Turquía, Irán y Túnez, lo que evidencia transmisión horizontal mediada por plásmidos y evolución convergente. El estudio enfatiza la necesidad de fortalecer las investigaciones de metagenómica y filogenia comparativa, además de estrategias de control para limitar infecciones nosocomiales.

2025-01-01T00:00:00Z Acosta Gavilánez, Alexander Javier https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5750 2025-10-23T19:48:04Z 2025-09-01T00:00:00Z

Título : Síntesis, caracterización química y modelado molecular de la 3-[(7 - cloroquinolin - 4 - il) amino] acetofenona Autor : Acosta Gavilánez, Alexander Javier Resumen : Malaria is a disease that causes problems worldwide, caused by the Plasmodium parasite. Most deaths are associated with P. falciparum. One of the new therapeutic targets being evaluated for the treatment of malaria is the inhibition of hemozoin, since inhibiting the formation of hemozoin frees the heme groups produced during the parasite's life cycle, making them toxic to the parasite itself and causing its death. P. falciparum lactate dehydrogenase (pfLDH) plays a key role in this process. Several drugs are used to treat the disease; however, due to their indiscriminate use, they have caused resistance, reducing their potential and selectivity. The development of chloroquinoline derivatives attempts to combat this problem through pharmacomodulation of the properties of the quinoline nucleus. To obtain 3-[(7-chloroquinolin-4-yl)amino]acetophenone, a condensation reaction was carried out by aromatic nucleophilic substitution, yielding a pale yellow crystal with a melting point of 294°C and a reaction yield of 98%. Subsequently, chemical characterization was performed using spectroscopic techniques and single crystal X-ray diffraction, confirming the structure of the compound and the presence of impurities. In addition, a molecular modeling process was carried out to identify the molecular characteristics of the compound and compare them with Lipinski and Veber's rules, identifying that the compound can be considered as a leading compound for drug development. Finally, a prediction was made of the compound's binding sites with pfLDH, identifying the binding with three amino acid residues: Arginine 171, Tyrosine 247, and Valine 248. The binding with these residues predicts competitive inhibition of the pfLDH binding site with NAD+, which causes inhibition of hemozoin formation Descripción : La malaria es una enfermedad que causa problemas a nivel mundial, causada por el parásito Plasmodium. La mayoría de las muertes se asocian a P. falciparum. Una de las nuevas dianas terapéuticas evaluadas para el tratamiento de la malaria, es la inhibición de la hemozoína, ya que, al inhibir la formación de la hemozoína, los grupos hemo producidos durante el ciclo de vida del parásito quedan libres y resultan tóxicos para sí mismo, provocando su muerte. La lactato deshidrogenasa de P. falciparum (pfLDH) juega un rol fundamental en este proceso. Para el tratamiento de la enfermedad se utilizan varios fármacos, sin embargo, debido a su uso indiscriminado, ha provocado resistencia, reduciendo su potencial y selectividad. El desarrollo de derivados de la cloroquinolina intenta combatir este problema mediante la farmacomodulación de las propiedades del núcleo de la quinolina. Para la obtención de la 3 - [(7 - cloroquinolin - 4 - il) amino] acetofenona se realizó una reacción de condensación mediante sustitución nucleofílica aromática y se obtuvo un cristal de color amarillo pálido con un punto de fusión de 294°C y un rendimiento de reacción del 98%. Posteriormente, se realizó una caracterización química mediante técnicas espectroscópicas y por difracción de rayos X de monocristales, en donde, se confirmó la estructura del compuesto y la presencia de impurezas. Adicionalmente, se realizó un proceso de modelado molecular para identificar las características moleculares del compuesto, y contrastar con las reglas de Lipinski y Veber, identificando que el compuesto, se puede considerar como un compuesto líder para el desarrollo de fármacos. Finalmente se realizó una predicción de los sitios de unión del compuesto con pfLDH, en donde se identificó la unión con 3 residuos de aminoácidos que son: Arginina 171, Tirosina 247 y Valina 248. La unión con estos residuos predice una inhibición competitiva del sitio de unión de pfLDH con el NAD+, lo cual provoca una inhibición de la formación de la hemozoína.

2025-09-01T00:00:00Z Tipanta Flores, Wendy Elizabeth https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5673 2025-09-25T13:59:46Z 2025-09-01T00:00:00Z

Título : Desarrollo de un pipeline bioinformático para el análisis filogenético de Babesia bovis y Babesia bigemina en Rhipicephalus microplus (Ixodidae) mediante secuenciación con nanoporos Autor : Tipanta Flores, Wendy Elizabeth Resumen : Bovine babesiosis is a parasitic disease transmitted by Rhipicephalus ticks, posing a significant threat to animal health and agricultural productivity in tropical and subtropical regions. In Latin America, Babesia bovis and Babesia bigemina are the most prevalent species; therefore, precise genetic characterization is essential to understand their diversity, evolution, and epidemiological dynamics. This study aimed to develop a standardized bioinformatic pipeline for the phylogenetic analysis of B. bovis and B. bigemina using sequencing data generated by Oxford Nanopore technology. The workflow was implemented in the Galaxy Australia platform and included quality control with FastQC, adapter trimming with Porechop, genome alignment using Bowtie2 and Samtools, de novo assembly with SPAdes, and specific sequence selection through a custom BLAST database and AWK filtering commands. The selected sequences corresponded to RAP-1a (for B. bovis) and SpeI-AvaI (for B. bigemina). Phylogenetic analyses were performed using PAUP v4.0b169* under a Maximum Parsimony framework, and clade support was assessed using 1,000 bootstrap replicates. Multiple sequence alignments were conducted in MacVector v18.7.6 with ClustalW (GOP: 30.0; GEP: 10.0). The resulting trees revealed contrasting patterns between species: B. bovis displayed a highly supported and genetically homogeneous Ecuadorian clade, suggesting a recent clonal expansion across Napo, Sucumbíos, and Orellana provinces. In contrast, B. bigemina exhibited greater phylogenetic structure, with four well-supported subclades (bootstrap: 88–100%), reflecting higher genetic diversity and possible regional geographic differentiation. These findings highlight the coexistence of local lineages and their divergence from international reference strains. Furthermore, they emphasize the importance of incorporating regional genetic data into diagnostic and control strategies. The developed pipeline proved effective and reproducible, offering a robust foundation for future molecular and epidemiological studies on Babesia spp. in Ecuador. This research contributes significantly to the understanding of the phylogeography and genetic diversity of these hemoparasites, which are key components in the design of surveillance and prevention programs for bovine babesiosis. Descripción : La babesiosis bovina es una enfermedad parasitaria transmitida por garrapatas del género Rhipicephalus, que representa una amenaza significativa para la salud animal y la economía agropecuaria en regiones tropicales y subtropicales. En América Latina, las especies Babesia bovis y Babesia bigemina son las más prevalentes, por lo que su caracterización genética resulta esencial para comprender su diversidad, evolución y dinámica epidemiológica. El objetivo de este estudio fue desarrollar un pipeline bioinformático estandarizado para el análisis filogenético de B. bovis y B. bigemina a partir de datos de secuenciación generados mediante tecnología Oxford Nanopore. El flujo de trabajo fue implementado en la plataforma Galaxy Australia e incluyó control de calidad con FastQC, recorte de adaptadores con Porechop, alineamiento genómico mediante Bowtie2 y Samtools, ensamblaje con SPAdes y filtrado de secuencias específicas a través de una base de datos BLAST personalizada y comandos AWK. Las secuencias seleccionadas correspondieron a los genes RAP-1a (para B. bovis) y SpeI-AvaI (para B. bigemina). Los análisis filogenéticos se realizaron en PAUP v4.0b169*, bajo criterios de Máxima Parsimonia, y se evaluó la solidez estadística mediante 1.000 pseudoréplicas bootstrap. Los alineamientos se llevaron a cabo en MacVector v18.7.6 utilizando ClustalW (GOP: 30.0; GEP: 10.0). Los árboles obtenidos revelaron diferencias notables entre las dos especies: B. bovis presentó un clado ecuatoriano bien soportado y genéticamente homogéneo, con escasa diferenciación entre cepas de Napo, Sucumbíos y Orellana, lo que sugiere una expansión clonal reciente. En contraste, B. bigemina mostró una mayor estructuración filogenética, con cuatro subclados diferenciados y valores bootstrap entre 88% y 100%, reflejando una diversidad genética más alta y una posible estructuración geográfica regional. Estos resultados evidencian la coexistencia de linajes locales y su divergencia frente a cepas de referencia internacionales. Asimismo, destacan la importancia de incorporar datos genéticos regionales en estrategias diagnósticas y de control. El pipeline desarrollado demostró ser eficaz y reproducible, aportando una base sólida para estudios moleculares y epidemiológicos sobre Babesia spp. en el Ecuador. Este trabajo contribuye significativamente al conocimiento de la filogeografía y diversidad genética de estos hemoparásitos, elementos clave para el diseño de programas de vigilancia y prevención de la babesiosis bovina.

2025-09-01T00:00:00Z Suasnavas Chacón, Byron Alejandro https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5667 2025-09-24T19:26:51Z 2025-08-01T00:00:00Z

Título : Perfilado transcriptómico de las interacciones de ARN en un modelo murino de Distrofia miotónica tipo 1 (DM1). Autor : Suasnavas Chacón, Byron Alejandro Resumen : Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is an autosomal dominant neuromuscular disease caused by the expansion of the CTG triplet in the DMPK gene, which leads to the accumulation of abnormal transcripts and the sequestration of splicing regulatory proteins, causing gene dysregulation and multisystemic manifestations. Different investigations have pointed out the participation of microRNAs in the progression of the disease, especially hsa-miR-23b-3p, whose activity decreases the expression of MBNL1 and increases the pathological phenotype. For this reason, the present study aimed to identify the transcriptomic effects of treatment with ASOs by analyzing gene expression data. For this purpose, transcriptomic data of miRNA targets originated from a murine model of DM1, distributed in three experimental conditions: ASO- treated patient, untreated patient (PBS) and healthy control (FVB), were analyzed using the R open-source software. Differential expression analyses of ASO target genes revealed that the PBS vs FVB comparison showed a predominance of overexpressed genes linked to DM1 progression, whereas ASO vs PBS and ASO vs FVB only had underexpressed genes. In addition, genes involved in key cellular processes for muscle maintenance such as energy metabolism, cytoskeleton organization and muscle contraction were identified. In addition, genes involved in key cellular processes for muscle maintenance such as energy metabolism, cytoskeleton organization and muscle contraction were identified. The treatment increased the expression level of MBNL1 which modified the fetal splicing pattern by altering the expression of its targets. In conclusion, this research contributed with the identification of the recovery of transcriptomic alterations in MBNL1 targets directly related to DM1 and opens the door to future research in order to complement this study with alternative splicing and isoform analyses, which will allow to deepen the knowledge about how these genes participate in DM1 and the effect of ASOs treatment. Descripción : La distrofia miotónica tipo 1 (DM1) es una enfermedad neuromuscular autosómica dominante causada por la expansión del triplete CTG en el gen DMPK, lo que provoca la acumulación de transcritos anómalos y el secuestro de proteínas reguladoras del splicing, originando una des- regulación génica y manifestaciones multisistémicas. Diferentes investigaciones han señalado la participación de microRNAs en la progresión de la enfermedad, en especial de hsa-miR-23b-3p, cuya actividad disminuye la expresión de MBNL1 y aumenta el fenotipo patológico. Por tal motivo, el presente trabajo planteó el objetivo de identificar los efectos transcriptómicos del tratamiento con ASOs mediante el análisis de datos de expresión génica. Para ello, se analizaron los datos transcriptómicos de dianas de miRNAs originados a partir de un modelo murino de DM1, distribuidos en tres condiciones experimentales: enfermo tratado con ASO, enfermo no tratado (PBS) y control sano (FVB), mediante el software de código abierto R. Los análisis de expresión diferencial de los genes diana del ASO revelaron que la comparación PBS vs FVB presentó un predominio de genes sobreexpresados vinculados a la progresión de DM1, mientras que ASO vs PBS y ASO vs FVB solo existieron genes subexpresados. Además, se identificó genes involucrados en procesos celulares clave para el mantenimiento del músculo como el metabolismo energético, la organización del citoesqueleto y la contracción muscular. El tratamiento aumentó el nivel de expresión de MBNL1 el cual modificó el patrón de empalme fetal alterando la expresión de sus dianas. En conclusión, esta investigación contribuyó con la identificación de la recuperación de alteraciones transcriptómicas en dianas de MBNL1 relacionadas directamente con DM1, y abre las puertas a investigaciones futuras con el fin de complementar este estudio con análisis de splicing alternativo e isoformas, los cuales permitan profundizar el conocimiento acerca de cómo estos genes participan en DM1 y el efecto del tratamiento ASOs

2025-08-01T00:00:00Z Paca Torres, Stalin Eusebio https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5647 2025-08-26T20:50:58Z 2025-07-01T00:00:00Z

Título : Distribución mundial de hospedadores, vectores y técnicas de detección para Trypanosoma theileri: una revisión sistemática Autor : Paca Torres, Stalin Eusebio Resumen : Trypanosoma theileri es un hemoparásito estercorario, detectado principalmente en ganado bovino, con distribución global y transmisión mediante tábanos. Considerado de baja patogenicidad, bajo condiciones como inmunosupresión o coinfección, puede provocar la enfermedad conocida como tripanosomosis, con signos clínicos variables especialmente. En la última década ha aumento los estudios de epidemiología molecular de este parásito, ampliado su rango de hospedadores y potenciales vectores. Es necesario la realización de estudios que compilen evidencias acerca de patrones epidemiológicos del parásito, así como tendencias en la metodología de detección, con la finalidad de analizar los potenciales riesgos e impacto de T. theileri a nivel general. El objetivo de este trabajo fue analizar los hospedadores, vectores y técnicas diagnósticas para el estudio de T. theileri, mediante una revisión sistemática. Esta revisión siguió los lineamientos PRISMA. Se consultaron seis bases de datos sin restricción de idioma ni fecha. Se aplicaron criterios estrictos de inclusión y exclusión para asegurar la calidad metodológica. El protocolo fue registrado en la base de datos pública Open Science Framework. Se analizaron 123 estudios entre 1904 y 2024. T. theileri se reportó en 55 países, el ganado bovino fue el principal hospedador, mientras que los tábanos fueron los vectores más estudiados, con 84 y 16 estudios respectivamente. El método de detección más utilizado fue la PCR y secuenciación Sanger, con 18S e ITS como los principales primers empleados. La anemia fue el signo más frecuente, la especie que se identificó con mayor presencia en coinfecciones fue Trypanosoma vivax. La prevalencia global fue de 14.2%. T. theileri tiene distribución mundial y afecta a varios hospedadores. Su impacto podría estar subestimado por coinfecciones y falta de estudios. Hay vacíos en diagnóstico y vigilancia que deben abordarse para entender mejor su rol clínico y epidemiológico. Se resalta la necesidad de más estudios sobre infecciones monoespecíficas y vigilancia mejorada. Descripción : Trypanosoma theileri is a stercorarian hemoparasite, primarily detected in cattle, with a global distribution and transmission thru horseflies. Considered to have low pathogenicity, under conditions such as immunosuppression or coinfection, it can cause the disease known as trypanosomiasis, with particularly variable clinical signs. In the last decade,studies on the molecular epidemiology of this parasite have increased, expanding its range of hosts and potential vectors. It is necessary to conduct studies that compile evidence on the epidemiological patterns of the parasite, as well as trends in detection methodology, in order to analyze the potential risks and impact of T. theileri at a general level. The objective of this work was to analyze the hosts, vectors, and diagnostic techniques for the study of T. theileri through a systematic review. This review followed the PRISMA guidelines. Six databases were consulted without restrictions on language or date. Strict inclusion and exclusion criteria were applied to ensure methodological quality. The protocol was registered in the public database Open Science Framework. 123 studies were analyzed between 1904 and 2024. T. theileri was reported in 55 countries, with cattle being the main host, while tabanids were the most studied vectors, with 84 and 16 studies respectively. The most commonly used detection method was PCR and Sanger sequencing, with 18S and ITS as the main primers employed. Anemia was the most frequent sign, and the species identified with the highest presence in coinfections was Trypanosoma vivax. The global prevalence was 14.2%. T. theileri has a global distribution and affects various hosts. Its impact could be underestimated due to coinfections and a lack of studies. There are gaps in diagnosis and surveillance that need to be addressed to better understand its clinical and epidemiological role. The need for more studies on monospecific infections and improved surveillance is highlighted.

2025-07-01T00:00:00Z Arcos Oña, Joseph Gonzalo https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5645 2025-08-20T20:40:11Z 2025-08-01T00:00:00Z

Título : The Regulatory Role of MSI2 in Solid Tumors: A Scoping Review Autor : Arcos Oña, Joseph Gonzalo Resumen : Musashi-2 (MSI2) es una proteína de unión a ARN que interactua ampliamente en procesos oncogénicos, sin em- bargo, su papel en tumores sólidos sigue sin estar completamente definido. En esta revisión sistemática, se sesgaron artículos publicados entre 2014 y 2025 mediante una busqueda sistematizada en PubMed, Embase, Scielo y Lilacs de acuerdo con los protocolos PRISMA. Los criterios de inclusión abarcaron estudios sobre la expresión y función de MSI2 en tumores de cabeza, pecho, gastrointestinales, genitourinarios y ginecológicos. Después de eliminar duplicados y realizar una selección por título, resumen y texto completo, se incluyeron 97 artículos para realizar una síntesis de los resutlados. Dichos resultados muestran de forma consistente que la sobreexpresión de MSI2 se correlaciona con un mal pronóstico, un estadio avanzado del tumor y resistencia a la terapia. Desde el punto de vista molecular, MSI2 ejerce su influencia oncogénica a través de la regulación postranscripcional de rutas de señalización asociadas al cáncer, como PI3K/Akt/mTOR, Wnt/β-catenina, TGF-β/SMAD, JAK/STAT y Notch. MSI2, al unirse y estabilizar los transcritos pro-tumorales e inhibir los supresores tumorales, impulsa la proliferación celular, transición epitelio-mesénquimo, invasividad y reconfiguración metabólica hacia la glicolisis y síntesis de lípidos. Estos cambios favorecen un entorno propicio para la evasión inmunitaria y la resistencia a diversas terapias, como la quimioterapia, como gemcitabina, la radioterapia y las terapias dirigidas (ej. inhibidores del EGFR). Además, mejora las pro- piedades de las células madre cancerosas y potencia la proliferación y la pluripotencia en varios tumores malignos. En general, estas pruebas subrayan el valor de MSI2 como biomarcador pronóstico y como nueva diana terapéutica. La inhibición de la actividad de MSI2, a través de la unión de microARNs o de enfoques de knockdown, ha demostrado ser prometedora en la reducción de la progresión tumoral y en la mejora de la resistencia a los fármacos en modelos preclínicos. Aunque la hetero- geneidad de los estudios y la falta de ensayos clínicos a gran escala siguen limitando las conclusiones definitivas, estos resul- tados resaltan la importancia de dilucidar las funciones de MSI2 en diferentes tipos de tumores. Se recomienda llevar a cabofuturas investigaciones centradas en terapias dirigidas a MSI2 y en el desarrollo de biomarcadores integradores para perfeccio- nar las estrategias personalizadas de tratamiento del cáncer. Descripción : Abstract: Musashi-2 (MSI2) is an RNA-binding protein widely implicated in oncogenic processes, but its role in solid tumors remains incompletely defined. In this systematic review, articles published between 2014 and 2025 were identified through comprehensive searches of PubMed, Embase, Scielo, and Lilacs according to PRISMA guidelines. Eligibility criteria included studies investigating MSI2 expression and function in glioblastoma, thyroid, lung, breast, gastrointestinal, genitourinary, and gynecological cancers. After removal of duplicates and screening by title, abstract and full text, 97 articles were included for quantitative and qualitative synthesis. The results consistently show that MSI2 overexpression correlates with poor prognosis, advanced tumor stage and resistance to therapy. In the molecular level, MSI2 exerts its oncogenic influence through post- transcriptional regulation of cancer-associated signaling pathways, including PI3K/Akt/mTOR, Wnt/β-catenin, TGF-β/SMAD, JAK/STAT, and Notch. By binding and stabilizing pro-tumor transcripts while inhibiting tumor suppressors, MSI2 drives cellular proliferation, epithelial-to-mesenchymal transition, invasiveness, and metabolic rewiring toward glycolysis and lipid synthesis. These changes promote an environment conducive to immune evasion and resistance to various therapies, including chemotherapy (e.g., gemcitabine), radiation therapy, and targeted therapies (e.g., EGFR inhibitors). It promotes cancer stem- like properties and enhances self-renewal and pluripotency in several malignancies. Altogether, this evidence underscores the value of MSI2 as both a prognostic biomarker and an emerging therapeutic target. Inhibition of MSI2 activity, via microRNAs binding or knockdown approaches, has shown promise in reducing tumor progression and overcoming drug resistance in pre- clinical models. While the heterogeneity of the studies and the lack of large-scale clinical trials still limit definitive conclusions, these findings highlight the importance of elucidating MSI2 functions in different tumor types. Future research focusing on MSI2-targeted therapies and integrative biomarker development is warranted to refine personalized cancer treatment strategies.

2025-08-01T00:00:00Z Pérez Coral, Eduarda Sofía https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5555 2025-06-27T16:34:25Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Descifrando la resistencia de Candida auris en América Latina: Candida.app vs. Pathogenwatch Autor : Pérez Coral, Eduarda Sofía Resumen : Candida auris es un patógeno emergente asociado a infecciones sistémicas graves. Su persistencia en superficies, alta transmisibilidad, difícil identificación y multirresistencia lo convierten en una amenaza global. A pesar de su creciente aparición en América Latina, no existen estudios sobre los genes de resistencia de las cepas circulantes y su distribución a nivel regional, dificultando la vigilancia epidemiológica. Herramientas como Pathogenwatch y Candida.app facilitan el estudio genómico de secuencias disponibles públicamente; sin embargo, es crucial evaluar la concordancia de sus resultados para determinar su utilidad en vigilancia epidemiológica, toma de decisiones clínicas y establecimiento de protocolos. En este estudio, se identificó los genes de resistencia y variantes de 125 secuencias WGS Illumina de C. auris de aislados sanguíneos obtenidos de América Latina (Colombia: 104, Venezuela: 21) disponibles en el NCBI-SRA mediante Pathogenwatch y Candida.app. Se analizó la calidad (FASTQC), eliminó lecturas (Trimmomatic) con umbrales de calidad (AQ) de 20 y 30, y ensambló (SPAdes) en el servidor Galaxy Australia. El perfil de resistencia de las secuencias AQ 20 fue más amplio. Candida.app presentó mayor discrepancia entre umbrales que Pathogenwatch, y en general identificó más variantes. Se identificaron las variantes ERG11_I466M, ERG11_Y501H, ERG11_F444, ERG11_Y132F, ERG11_K143R, asociadas con la resistencia al fluconazol y voriconazol; y ERG11_E343D, ERG11_K177R y ERG11_N335S poco estudiadas, pero aparentemente relacionadas con la filogenia. La disponibilidad limitada de secuencias en América Latina resalta la urgencia de ampliar la vigilancia de C. auris en la región. Las diferencias en la identificación de variantes entre Candida.app y Pathogenwatch según el AQ resaltan la importancia de estandarizar los análisis bioinformáticos. Este estudio contribuye a la caracterización de los aislados de C. auris obtenidos de América Latina y subraya la importancia de implementar estrategias de control para evitar la propagación de cepas resistentes y de explorar aquellas variantes escasamente documentadas hasta la fecha. Descripción : Candida auris is an emerging pathogen associated with severe systemic infections. Its persistence in surfaces, high transmissibility, difficult identification and multi-resistance make it a global threat. Despite its increasing appearance in Latin America, there are no studies on the resistance genes of the circulating strains and their distribution at regional level, making epidemiological surveillance difficult. Tools such as Pathogenwatch and Candida.app facilitate the genomic study of publicly available sequences; however, it is crucial to evaluate the concordance of their results to determine their usefulness in epidemiological surveillance, clinical decision-making and establishment of protocols. In this study, we identified resistance genes and variants of 125 WGS Illumina sequences of C. auris from blood isolates obtained from Latin America (Colombia: 104, Venezuela: 21) available at NCBI-SRA through Pathogenwatch and Candida.app. Quality was analyzed (FASTQC), eliminated reads (Trimmomatic) with quality thresholds (AQ) of 20 and 30, and assembled (SPAdes) on Galaxy Australia server. The resistance profile of the AQ 20 sequences was broader. Candida.app showed greater discrepancy between thresholds than Pathogenwatch and overall identified more variants. Variants ERG11_I466M, ERG11_Y501H, ERG11_F444, ERG11_Y132F, ERG11_K143R, associated with fluconazole and voriconazole resistance; and poorly studied, but apparently phylogeny-related ERG11_E343D, ERG11_K177R and ERG11_N335S were identified. The limited availability of sequences in Latin America highlights the need for expanded surveillance of C. auris in the region. Differences in variant identification between Candida.app and Pathogenwatch according to AQ highlight the importance of standardizing bioinformatic analyses. This study contributes to the characterization of C. auris isolates obtained from Latin America and highlights the importance of implementing control strategies to avoid the spread of resistant strains and to explore those variants that have been scarcely documented to date.

2025-03-01T00:00:00Z Cumbal Cumbal, Anthony Wladimir https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5551 2025-06-27T16:34:31Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Prevalencia de hipertensión arterial y diabetes en pacientes mayores de 20 años atendidos en la Unidad Metropolitana de Salud Sur del Distrito Metropolitano de Quito-Ecuador, durante el período abril 2018 - abril 2023 Autor : Cumbal Cumbal, Anthony Wladimir Resumen : Las enfermedades no transmisibles (ENT) causan alrededor de 41 millones de muertes al año en todo el mundo, en Ecuador el panorama no es distinto puesto a que el 53% de las muertes al años están relacionadas a estas enfermedades, dentro de estas se encuentran el HTA, DM1 y DM2, la comorbilidad más frecuente en los hospitales del país es el HTA + Obesidad, Es fundamental aplicar intervenciones eficaces para la prevención y el control de enfermedades no transmisibles, con el fin de disminuir en un tercio la mortalidad prematura asociada a estas afecciones en línea con los objetivos de la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible; Este estudio, de diseño transversal retrospectivo, examinó datos clínicos anonimizados de pacientes mayores de 20 años atendidos en la Unidad Metropolitana de Salud Sur del DMQ entre 2018 y 2023. La información fue extraída del sistema RDACAA, sometida a un proceso de anonimización para resguardar la confidencialidad y posteriormente entregada al equipo de investigación. Además, el estudio recibió la aprobación del CEISH del Ministerio de Salud Pública de Ecuador; En cuanto a los principales resultado se obtuvo que la HTA presentó una prevalencia del 2,8%, El grupo etario que presentó mayor prevalencia de las ETN de interés fue el de Adulto mayores presentando la prevalencia HTA de 14,136 % mientras que la prevalencia de DM2 fue de 5,8375% y DM1 fue de1,28%; Se analizó la frecuencia de, comorbilidades y distribución de hipertensión y/o diabetes en pacientes mayores de 20 años atendidos en las Unidades Metropolitanas de Salud Sur del DMQ (2018-2023), utilizando el Registro Diario Automatizado de Consultas. El objetivo feu entregar la información para que la autoridad competente pueda generar estrategias de prevención en salud para la población del Distrito Metropolitano de Quito para disminuir los pacientes que sufren estas afecciones. Descripción : Non-communicable diseases (NCDs) cause approximately 41 million deaths annually worldwide. In Ecuador, the situation is similar, as 53% of annual deaths are related to these diseases, including hypertension (HTN), type 1 diabetes (T1D), and type 2 diabetes (T2D). The most frequent comorbidity in hospitals across the country is HTN + Obesity. Implementing effective interventions for the prevention and control of NCDs is essential to reduce premature mortality associated with these conditions by one-third, in line with the goals of the 2030 Agenda for Sustainable Development. This cross-sectional retrospective study analyzed anonymized clinical data from patients over 20 years old who were treated at the Metropolitan Health Unit South of the Metropolitan District of Quito (DMQ) between 2018 and 2023. The data were extracted from the RDACAA system, anonymized to ensure confidentiality, and later provided to the research team. Additionally, the study was approved by the CEISH (Research Ethics Committee on Human Beings) of the Ministry of Public Health of Ecuador. Regarding the main results, HTN had a prevalence of 2.8%. The age group with the highest prevalence of the NCDs studied was older adults, with an HTN prevalence of 14.136%, while T2D had a prevalence of 5.8375%, and T1D 1.28%. The frequency, comorbidities, and distribution of hypertension and/or diabetes in patients over 20 years old treated at the Metropolitan Health Units South of the DMQ (2018-2023) were analyzed using the Automated Daily Record of Consultations system. The objective was to provide data that would enable the competent health authorities to develop prevention strategies for the population of the Metropolitan District of Quito, aiming to reduce the number of patients suffering from these conditions.

2025-03-01T00:00:00Z Ulloa Aguilera, Mylena Alejandra https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5549 2025-06-27T16:34:40Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Avances clínicos en la terapia con virus oncolíticos para el cáncer colorrectal: Una revisión sistemática Autor : Ulloa Aguilera, Mylena Alejandra Resumen : El cáncer colorrectal (CCR) representa una de las causas mundiales de morbilidad y mortalidad a pesar de los avances terapéuticos. Para resolver este problema, la terapia con virus oncolíticos (VO) ha surgido como un enfoque novedoso, con el potencial de destruir selectiva e individualmente las células tumorales y activar la respuesta inmunitaria antitumoral. Sin embargo, su aplicación clínica también presenta algunas desventajas, como la respuesta inmunitaria antiviral, la resistencia tumoral y los posibles efectos secundarios. Por lo tanto, este estudio busca sintetizar los resultados de la terapia con VO en el tratamiento del CCR, según una revisión sistemática de la literatura, siguiendo las directrices de la declaración PRISMA 2020. La selección de estudios se realizó en la plataforma Rayyan y se empleó el algoritmo ROBINS-I para evaluar el sesgo. Los estudios revelan que la terapia con virus VO muestra potencial prometedor en el tratamiento del CCR, aunque la evidencia actual es limitada. Los VO evaluados, Enadenotucirev y Ad5-GUCY2C-PADRE, fueron bien tolerados en pacientes pretratados, aunque la reducida cantidad de datos disponibles restringe la generalización de los resultados, así como la falta de grupos de control y la heterogeneidad de los protocolos. Se necesitan estudios clínicos avanzados con más pacientes y seguimiento a largo plazo para confirmar la eficacia de los VO y optimizar su uso en combinación con otras terapias. Descripción : Colorectal cancer (CRC) persists as a leading cause of global mortality, despite therapeutic advances. In view of this reality, oncolytic virus (OV) therapy is postulated as a promising strategy, capable of selectively destroying tumor cells and activating the antitumor immune response. However, its clinical application still faces certain challenges, such as antiviral immune response, tumor resistance and possible side effects. Therefore, this research aims to analyze the results of OV therapy in the treatment of CRC, based on a systematic review of the literature, applying the standards of the PRISMA 2020 statement. The selection of studies was performed on the Rayyan platform and the ROBINS-I tool was used for bias analysis. The studies reveal that OV virus therapy shows promising potential in the treatment of CRC, although current evidence is limited. The evaluated OVs, Enadenotucirev and Ad5-GUCY2C-PADRE, were well tolerated in pretreated patients, although the small amount of available data restricts the generalizability of the results, as well as the lack of control groups and the heterogeneity of the protocols. Advanced clinical studies with more patients and long-term follow-up are needed to confirm the efficacy of OV and to optimize their use in combination with other therapies.

2025-03-01T00:00:00Z Guzñay Mullo, Nelson Horlando https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5544 2025-06-27T16:34:44Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Análisis bioinformático de Candida albicans de origen vulvovaginal resistente a fluconazol Autor : Guzñay Mullo, Nelson Horlando Resumen : Candida albicans es un hongo clasificado como de prioridad crítica por la Organización Mundial de la Salud debido a su capacidad de causar diversas enfermedades, entre ellas la candidiasis vulvovaginal CVV. El uso indiscriminado de antimicóticos se ha relacionado con la resistencia a los azoles y la enfermedad vaginal recurrente. Esta situación representa un problema de salud pública debido a que la resistencia al fluconazol dificulta el tratamiento de la candidiasis vulvovaginal, con sintomatología que perdura en el tiempo. Sin embargo, existe información limitada sobre la resistencia a los antifúngicos comerciales de los aislamientos vulvovaginales. Este estudio tiene como objetivo identificar la presencia de genes de resistencia a fluconazol en un aislamiento vulvovaginal de Candida albicans mediante PCR, NGS y análisis bioinformático, para determinar la relación filogenética con aislamientos de otros países y comprender el posible origen de la cepa. Para la identificación molecular, se extrajo su ADN y se amplificó por PCR, lo que permitió la identificación de genes específicos como: ITS y ERG3. Por otro lado, para la secuenciación del genoma completo por Illumina, luego de lo cual se realizó un ensamblaje del genoma utilizando la plataforma Galaxy Australia. Para el análisis filogenético, el aislado de interés se alineó con otros aislados similares de otros países utilizando el software MEGAX, basado en un análisis de máxima verosimilitud, donde se ubicó nuestro aislado ecuatoriano y se relacionó con grupos de América del Norte y Asia. El análisis filogenético sugiere una relación evolutiva entre los aislados de Candida albicans de Tanzania, Irán, México y Japón. Además, la diversidad genética observada dentro de C. albicans sugiere la presencia de múltiples linajes con dispersión global. Usando la secuencia, identificamos la presencia de múltiples genes de resistencia a fluconazol. En conjunto, este trabajo brinda una nueva visión de los genes que juegan un papel importante en la aparición de resistencia a antifúngicos. Estos hallazgos no solo tienen implicaciones clínicas para CVV, sino que también abren el camino a nuevos estudios para tratamientos más efectivos. Descripción : Candida albicans is a fungus classified as a critical priority by the World Health Organization due to its ability to cause various diseases, including vulvovaginal candidiasis. The indiscriminate use of antibiotics and antimycotics has been linked to azole resistance and recurrent vaginal disease. This situation represents a public health concern because fluconazole resistance complicates the treatment of vulvovaginal candidiasis, with symptoms that last over time. Vulvovaginal candidiasis is a dysbiosis that affects women mainly in their reproductive years. It is also estimated that 7 out of 10 women are prone to develop it throughout their lives. However, there is limited information on the resistance to commercial antifungals of vulvovaginal isolates. This limitation hinders the management of effective treatments to improve the health of affected patients. This study aims to identify the presence of fluconazole resistance genes in a vulvovaginal isolate of Candida albicans using PCR, NGS, and bioinformatic analysis, to determine the phylogenetic relationship with isolates from other countries and understand the possible origin of the strain. For molecular identification, the fluconazole-resistant vulvovaginal isolate was obtained, the sample's DNA was extracted and amplified by PCR, which allowed the identification of specific genes such us: ITS and ERG3. On the other hand, for whole genome sequencing by Illumina, after which a genome assembly was performed using the Galaxy Australia platform. For the phylogenetic analysis, the isolate of interest was aligned with similar isolates from other countries using the MEGAX software, based on a maximum likelihood analysis, where the Ecuadorian isolate was placed and related to groups from North America, Africa and Asia. The phylogenetic analysis suggests an evolutionary relationship between Candida albicans isolates from Vietnam,Tanzania, Iran, Mexico, and Japan. Additionally, the observed genetic diversity within C. albicans suggests the presence of multiple lineages with global dispersion. Using sequence we identified the presence of multiple fluconazole resistance genes. Together, this work lends new insight into genes that play a major role in the emergence of antifuls resistance. These findings not only have clinical implications for CVV, but also open the way to further studies for more effective treatments.

2025-03-01T00:00:00Z Moreano Sotomayor, Jorge Luis https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5541 2025-06-27T16:34:48Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Cuantificación in silico de isoformas de MSI2 en modelos de distrofia miotónica tipo I y posibles off-targets de tratamientos con gapmers. Autor : Moreano Sotomayor, Jorge Luis Resumen : La distrofia miotónica tipo 1 (DM1) es una enfermedad hereditaria progresiva neuromuscular con afectación multisistémica que puede manifestarse en recién nacidos y adultos mayores, ocasionando discapacidades y reduciendo la esperanza de vida. Se origina por la expansión de repeticiones del trinucleótido CTG en el gen DMPK, que resulta en la generación transcritos defectuosos con horquillas tóxicas que secuestran a la proteína MBNL, impidiendo su unión a otros transcritos, y permitiendo que CELF1 se active, lo que contribuye a la formación de transcritos anómalas. Esto altera el equilibrio de otras proteínas como MSI2, que se sobreexpresa e inhibe la biogénesis de miR-7, contribuyendo al desarrollo de DM1 y cáncer. Debido a la alta heterogeneidad clínica y baja prevalencia de DM1, sus estudios son escasos e inconcluyentes, por lo que no se ha podido establecer tratamientos efectivos aún. Por ello, en este estudio aborda el uso de oligonucleótidos antisentido (gapmers) dirigidos a la secuencia de MSI2 en biopsias de humanos, ratones y líneas celulares de repositorios públicos. La identificación de variaciones en la expresión de las isoformas alteradas y controles sanos se llevó a cabo con DeSeq2 encontrando 284 isoformas significativamente alteradas comunes entre musculo esquelético y modelos celulares. Las isoformas de MSI2 alteradas con mayor expresión fueron modeladas tridimensionalmente con AlphaFold y comparadas estructuralmente con PyMOL. Finalmente, se evaluó la complementariedad de un ASO diseñado contra MSI2 identificando una complementariedad del 92.3% utilizando RhoDesign, además se evaluó un control negativo (SC) el cual no presento complementariedad con MSI2, pero si con otros transcritos. Los hallazgos confirman que el ASO cumple su función a nivel estructural e identifica el exón de unión complementario de MSI2 asociadas a DM1 y su posible funcionamiento como estrategia terapéutica. Descripción : Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is a progressive hereditary neuromuscular disease with multisystem involvement that can manifest in newborns and older adults, causing disabilities and reduced life expectancy. It is caused by the expansion of CTG trinucleotide repeats in the DMPK gene, which results in the generation of defective transcripts with toxic hairpins that hijack the MBNL protein, preventing its binding to other transcripts, and allowing CELF1 to become activated, which contributes to the formation of abnormal transcripts. This alters the balance of other proteins such as MSI2, which is overexpressed and inhibits miR-7 biogenesis, contributing to the development of DM1 and cancer. Due to the high clinical heterogeneity and low prevalence of DM1, its studies are scarce and inconclusive, so it has not Cuantificación isoformas MSI2 2025, Moreano - Sotomayor y Espinosa - Espinosa. 2 of 23 been possible to establish effective treatments yet. Therefore, this study addresses the use of antisense oligonucleotides (gapmers) targeting the MSI2 sequence in human biopsies, mice and cell lines from public repositories. Identification of variations in the expression of altered isoforms and healthy controls was performed with DeSeq2 finding 284 significantly altered isoforms common between skeletal muscle and cellular models. The most highly expressed altered MSI2 isoforms were three-dimensionally modeled with AlphaFold and structurally compared with PyMOL. Finally, the complementarity of an ASO designed against MSI2 was evaluated, identifying a 92.3% complementarity using RhoDesign, and a negative control (SC) was also evaluated, which did not show complementarity with MSI2, but did show complementarity with other transcripts. The findings confirm that the ASO fulfills its function at the structural level and identifies the complementary binding exon of MSI2 associated with DM1 and its possible function as a therapeutic strategy.

2025-03-01T00:00:00Z Chiriboga Cordones, Juan Fernando https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5540 2025-06-27T16:34:54Z 2025-01-01T00:00:00Z

Título : Identificación de genes de resistencia y factores de virulencia en Listeria spp. de origen alimen-tario, a partir de datos producidos por NGS. Autor : Chiriboga Cordones, Juan Fernando Resumen : Listeria monocytogenes es un patógeno alimentario causante de Listeriosis, provoca una mayor mortalidad en grupos vulnerables como ancianos, personas embarazadas o inmunodeprimidas. Aparece de forma no invasiva cuando causa una gastroen-teritis aguda, pero si aparece de forma invasiva provoca meningitis afectando al sistema nervioso o listeriosis materno-fetal, causando un aborto espontáneo. Los diferentes grados de patogenicidad ocurren por la presencia de factores de virulencia en locaciones cro-mosómicas como: LIPI-1 o LIPI3. El objetivo de esta investigación es caracterizar genes de resistencia y factores de virulencia del Género Listeria spp. a partir de datos producidos por Secuenciación de Genoma Completo (WGS) mediante herramientas bioinfor-máticas para la comprensión de riesgos enfocados a la contaminación alimentaria y su transmisión. Métodos: las lecturas crudas se obtuvieron en la plataforma NCBI en la sección SRA, mediante la plataforma Galaxy Australia se realizó un ensamblaje genómico con: SPAdes, Quast, FASTQc, Trimmomatic; para la detección del resistoma bacteriano se utilizó ABRIcate y para la genotipifica-ción se utilizó MLST. Resultados: Se identificó a 2 muestras de L. innocua y 66 muestras de L. monocytogenes, donde el Linaje I está relacionado con infecciones humanas como listeriosis y un Linaje II con la contaminación en entornos alimentarios. El linaje I presentó clones hipervirulentos como CC1, CC6 y CC217 por la presencia de Listeriolisina S (LLS), CC2 y CC87 presentaban genes de LIPI-1 e internalinas. El linaje II tuvo al CC121 que presentaba genes de resistencia como lsa(E) y lnu(B), el CC19 presentó el gen tet(M). Conclusión: se identificó la expresión de ciertos factores hipervirulentos en clones específicos por lo cual esto permite conocer los diferentes grados de virulencia que puede tener una misma especie bacteriana, siendo esto relevante para la vigilancia epidemiológica para identificar cepas de alto riesgo y la mejora de la seguridad alimentaria. Descripción : Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen that causes Listeriosis, leading to higher mortality in vulnerable groups such as the elderly, pregnant people or immunosuppressed. It appears non-invasive form when it causes acute gastroenteritis, but if it appears invasively it causes meningitis affecting the nervous system or maternal-fetal listeriosis, causing spontaneous abortion. The different degrees of pathogenicity occur due to the presence of virulence factors in chromosomal locations such as: LIPI-1 or LIPI3. The objective of this study is to characterize resistance genes and virulence factors of Listeria spp. genus from data produced by Whole Genome Sequencing (WGS) using bioinformatics tools for understanding risks focused on food contamination and its transmission. Methods: Raw reads were obtained from the NCBI platform in the SRA section, using the Galaxy Australia platform a genomic assembly was performed with: SPAdes, Quast, FASTQc, Trimmomatic; ABRIcate was used to detect the bacterial resis-tome and MLST was used for genotyping. Results: Two samples of L. innocua and 66 samples of L. monocytogenes were identified, where Lineage I is related to human infections such as listeriosis and Lineage II to contamination in food environments. Lineage I presented hypervirulent clones such as CC1, CC6 and CC217 due to the presence of Listeriolysin S (LLS), CC2 and CC87 presented LIPI-1 and internalin genes. Lineage II contained CC121 which presented resistance genes such as lsa(E) and lnu(B), CC19 presented the tet(M) gene. Conclusion: The expression of certain hypervirulent factors was identified in specific clones, revealing the different degrees of virulence in the same bacterial species, which is relevant for epidemiological surveillance to identify high-risk strains and improve food safety.

2025-01-01T00:00:00Z Barroyeta García, Juan Rafael https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5538 2025-06-27T16:34:59Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Prevalencia de hipertensión arterial y diabetes en pacientes mayores de 20 años atendidos en la Unidad Metropolitana de Salud Norte del Distrito Metropolitano de Quito-Ecuador, durante el período abril 2018 - abril 2023 Autor : Barroyeta García, Juan Rafael Resumen : Las enfermedades no transmisibles (ENT) o enfermedades crónicas multifactoriales, son afecciones médicas que tienen progresión prolongada y lenta evolución. A nivel mundial, causan alrededor de 41 millones de fallecimientos anualmente, lo que equivale al 71% de las defunciones. Además, son las responsables de la muerte prematura de 18 millones de personas y el 82,0% de estas ocurren en países de bajos ingresos. En Ecuador, la hipertensión arterial (HTA) y la diabetes mellitus (DM) se encuentran entre las primeras causas de muerte, además, el 25% de la población está expuesta a factores de riesgo como el consumo de tabaco, alcohol, obesidad y sedentarismo. Mediante un estudio descriptivo de corte transversal se determinó que la prevalencia de HTA, DM tipo 1 (DM1) y DM tipo 2 (DM2) es de 4,55%, 0,60% y 1,63%, respectivamente. El 5,31% de la población presentó comorbilidades, destacando la enfermedad cardiaca hipertensiva, dislipidemia y retinopatía diabética. El Grupo de adulto mayor presentó la mayor prevalencia de ENTS y comorbilidades. El mayor porcentaje de casos de las ENTS en estudio se concentran en la parroquia de Cotocollao, Calderón, el Condado y Carcelén; La distribución geográfica de las ENTs sugiere que la cercanía a los centros de salud influye en la detección de casos, reflejando la importancia del acceso a la atención médica en la identificación y seguimiento de estas patologías. Se recomienda fortalecer las políticas de prevención y atención focalizados en la población susceptible y en zonas con menor acceso a los servicios de salud para garantizar una cobertura equitativa y efectiva en el manejo estas enfermedades. Descripción : Non-communicable diseases (NCDs), or chronic multifactorial diseases, are medical conditions characterized by prolonged progression and slow evolution. Annually, they cause 41 million deaths worldwide; representing 71% of all deaths. Additionally, NCDs are responsible for the premature deaths of 18 million people; of which 82.0% occur in low-income countries. In Ecuador, arterial hypertension (AHT) and diabetes mellitus (MD) are among the leading causes of death, where 25% of the population is exposed to risk factors such as smoking, alcohol consumption, obesity, and sedentary lifestyle. Through a descriptive cross-sectional study, the prevalence of AHT, type 1 DM (DM1) and type 2 DM (DM2) was determined to be 4.55%, 0.60%, and 1.63% respectively. Comorbidities were present in 5.31% of the population; highlighting hypertensive heart disease, dyslipidemia, and diabetic retinopathy. The senior group (over 65 years old) presented the highest prevalence of NCDs and comorbidities. The highest percentage of cases of NCDs in this study were concentrated in the districts of Cotocollao, Calderón, El Condado, and Carcelén; the geographical distribution of NCDs´ cases suggests that proximity to health centers influences the detection of cases, stressing the importance of access to medical care to identify and follow-up these pathologies. Prevention and healthcare policies need to be strengthened in susceptible populations and in areas with reduced access to health services to guarantee equitable and effective healthcare coverage in managing these diseases.

2025-03-01T00:00:00Z Torres Logroño, María José https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5537 2025-06-27T16:35:03Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Prevalencia de hipertensión arterial y/o diabetes en pacientes mayores de 20 años atendidos en la Unidad Metropolitana de Salud Centro del Distrito Metropolitano de Quito - Ecuador, en el período abril 2018 - abril 2023. Autor : Torres Logroño, María José Resumen : La hipertensión arterial (HTA), la diabetes mellitus tipo 1 (DM1) y tipo 2 (DM2) son enfermedades crónicas no transmisibles que constituyen un problema creciente de salud pública en América Latina, particularmente por su alta carga de morbilidad y su asociación con factores de riesgo prevenibles. En Ecuador, existen limitaciones en los estudios locales que aborden su prevalencia desde un enfoque territorial. Este estudio tuvo como objetivo estimar la prevalencia cruda y estandarizada de HTA, DM1 y DM2 en pacientes mayores de 20 años atendidos en la Unidad Metropolitana de Salud Centro del Distrito Metropolitano de Quito entre abril de 2018 y abril de 2023, así como analizar su distribución geoespacial y la frecuencia de comorbilidades. Se realizó un estudio observacional, transversal y retrospectivo, utilizando una base de datos anonimizada de 74.700 registros. Se calcularon frecuencias, razones de odds (OR) y se aplicaron herramientas de análisis espacial con ArcGIS Pro. Los resultados mostraron una prevalencia de 3,40 % para HTA, 1,39 % para DM2 y 0,18 % para DM1, siendo mayores en hombres y adultos mayores. Se identificó comorbilidad HTA+DM2 en el 0,62 % de los casos. El análisis geoespacial evidenció un patrón de agrupación significativo en parroquias urbanas como Centro Histórico, San Juan y Chillogallo. Se concluye que estas enfermedades presentan una distribución desigual en el territorio, con mayor afectación en zonas urbanas y en grupos poblacionales específicos, lo que refuerza la necesidad de implementar estrategias de prevención focalizadas, mejorar el acceso equitativo a servicios de salud y fortalecer los sistemas de registro clínico para evitar el subdiagnóstico. Descripción : Arterial hypertension (HTN), type 1 diabetes mellitus (T1DM), and type 2 diabetes mellitus (T2DM) are noncommunicable chronic diseases that represent a growing public health concern in Latin America, particularly due to their high burden of morbidity and their association with preventable risk factors. In Ecuador, local studies addressing the prevalence of these conditions from a territorial perspective are limited. This study aimed to estimate the crude and standardized prevalence of HTN, T1DM, and T2DM in patients over 20 years of age treated at the Unidad Metropolitana de Salud Centro in the Metropolitan District of Quito between April 2018 and April 2023, as well as to analyze their geospatial distribution and comorbidity frequency. An observational, cross-sectional, and retrospective study was conducted using an anonymized database of 74,700 records. Frequencies and odds ratios (OR) were calculated, and spatial analysis tools were applied using ArcGIS Pro. Results showed a prevalence of 3.40% for HTN, 1.39% for T2DM, and 0.18% for T1DM, with higher rates in men and older adults. HTN+T2DM comorbidity was identified in 0.62% of cases. Geospatial analysis revealed a significant clustering pattern in urban parishes such as Centro Histórico, San Juan, and Chillogallo. These findings suggest that these diseases are unevenly distributed across the territory, with greater concentration in urban areas and specific population groups. This underscores the need to implement targeted prevention strategies, improve equitable access to health services, and strengthen clinical record systems to avoid underdiagnosis.

2025-03-01T00:00:00Z Garzón Proaño, Brighitte Aracelly https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5536 2025-06-27T16:35:08Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Estandarización de pipelines para la identificación de genes de resistencia a los antimicrobianos a partir de metagenomas con lecturas obtenidas por NGS Autor : Garzón Proaño, Brighitte Aracelly Resumen : El incremento mundial de resistencia a antimicrobianos exige diagnósticos más rápidos y precisos. Actualmente, la Secuenciación de Siguiente Generación (NGS) ha permitido la detección integral de genes de resistencia a antimicrobianos (ARGs), superando las limitaciones de la PCR, pero se ha demostrado que requiere complementarla con bioinformática. El presente estudio permite estandarizar pipelines bioinformáticos para determinar el método más eficiente para mejorar la sensibilidad y precisión en la identificación de ARGs a partir de metagenomas y genomas con lecturas obtenidas por NGS. Se usaron datos de metagenomas y genomas secuenciados con tecnologías Oxford Nanopore Technologies (ONT) e Illumina desde NCBI SRA, y se analizaron en Galaxy Trkr. En el caso de ONT se realizó un análisis de calidad con Nanoplot y Porechop, ensamblaje con MEGAHIT y clasificación con MetaBAT2. En ILLUMINA, se usaron las herramientas Trimmomatic, ensamblaje con metaSPAdes y binning con MetaBAT2. La identificación de ARGs se realizó con la herramienta ABRICATE y la base de datos ResFinder, para la clasificación taxonómica se empleó Kraken2 y se visualizó por Krona Pie Chart. También se evaluó la calidad del ensamblaje mediante Quast. Se detectaron ARGs en todos los experimentos, evidenciando variación en la cantidad y tipos según el origen clínico, destacando genes de importancia clínica como mecA, blaTEM, blaOXA y fosA, asociado a antibióticos de primera línea. De igual manera, el análisis Quast mostró diferencias en la cobertura y fragmentación del ensamblaje entre ambas tecnologías de secuenciación. En conclusión, los pipelines estandarizados permitieron la identificación precisa y eficiente de ARGs en metagenomas y genomas de NGS, evidenciando la diversidad genética y taxonómica de muestras clínicas. Los datos de los experimentos de ILLUMINA fueron más robustos en términos de ensamblaje, mientras que ONT, a pesar de ser útil para lecturas largas, presentaron problemas en el ensamblaje y cobertura. Descripción : The global rise in antimicrobial resistance demands faster and more accurate diagnostic approaches. Next-Generation Sequencing (NGS) has enabled comprehensive detection of antimicrobial resistance genes (ARGs), surpassing the limitations of PCR; however, it has been demonstrated that bioinformatics is essential to complement its analysis. This study aims to standardize bioinformatics pipelines to determine the most efficient method for improving the sensitivity and accuracy of ARG identification from metagenomes and genomes with sequencing reads obtained through NGS. Metagenomic and genomic data sequenced using Oxford Nanopore Technologies (ONT) and Illumina were retrieved from the NCBI SRA and analyzed in Galaxy Trkr. For ONT data, quality assessment was performed using NanoPlot and Porechop, assembly was conducted with MEGAHIT, and binning was carried out with MetaBAT2. For Illumina data, Trimmomatic was used for quality control, metaSPAdes for assembly, and MetaBAT2 for binning. ARG identification was conducted using ABRICATE with the ResFinder database, while taxonomic classification was performed with Kraken2 and visualized using Krona Pie Chart. Assembly quality was further evaluated using Quast. ARGs were detected across all experiments, revealing variations in the quantity and types of ARGs depending on the clinical origin, with clinically significant genes such as *mecA*, *blaTEM*, *blaOXA*, and *fosA* associated with first-line antibiotics. Additionally, the Quast analysis indicated differences in assembly coverage and fragmentation between sequencing technologies. In conclusion, the standardized pipelines enabled accurate and efficient identification of ARGs in metagenomes and NGS-derived genomes, highlighting the genetic and taxonomic diversity of clinical samples. Illumina data provided more robust assemblies, whereas ONT, despite its advantages in long-read sequencing, exhibited challenges in assembly and coverage.

2025-03-01T00:00:00Z Angulo Valladares, Leticia Mishell https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5535 2025-06-27T16:35:11Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Virus Hemorrágico Epizoótico (EHDV): filogeografía, complejo viral, linajes emergentes y trazas moleculares de introducción Autor : Angulo Valladares, Leticia Mishell Resumen : La enfermedad hemorrágica epizoótica (EHD) es una patología viral de rumiantes silvestres y domésticos con importantes implicaciones sociales y económicas, causada por un arbovirus (EHDV), género Orbivirus, de ARN-doble cadena, transmitido por mosquitos Culicoides (Diptera: Ceratopogonidae), en cinco continentes. Es un virus emergente en el mediterráneo y, recién emergente en España, Italia y Francia (2022). En Ecuador, la EHD es definida como una enfermedad de notificación o declaración obligatoria. Sin embargo, no se la determina como una enfermedad de control oficial en el Ecuador, ya que existe poca evidencia serológica que demuestre su presencia en las zonas pecuarias del país. El objetivo principal fue inferir las relaciones evolutivas de genotipos virales de EHDV-genVP2, in silico, para determinar patrones taxonómicos relacionados con la correlación genotipo-fenotipo (serotipos), y filogeográficos de epidemiología molecular relacionados con su origen y trazas de movilidad e introducción. Se llevó a cabo un análisis filogeográfico utilizando 71 secuencias de ADN del gen VP2 de la cápside, con una longitud de 910 pb, provenientes de 19 países en cinco continentes. El análisis incluyó cuatro Orbivirus de referencia como grupos hermano y externo. Las construcciones filogenéticas se realizaron con Paup4.05build169, aplicando optimizaciones de Máxima Parsimonia y Máxima Verosimilitud, con bootstrap de 1.000 pseudoréplicas para la significancia y apoyo estadístico de clados. Los árboles resultantes de ambos métodos presentaron la misma topología. Se construyeron adicionalmente redes de haplotipos utilizando PopArt-TCS (parsimonia). Los resultados nos permitieron de mostrar la monofilia de los virus EHDV y un complejo viral relacionados con los grupos hermanos y dentro del clado EHDV. Se identificaron dos linajes virales principales, A y B. Los subclados mostraron una correlación genotipo-fenotipo con los serotipos conocidos. Adicionalmente se identificaron dos subclados monofiléticos (A4 de Japón y A1 de China), correlacionados con dos nuevos serotipos. También se determinó que todos los subclados incluyen secuencias de Australia, en su mayoría con posición basal sugiriendo un posible origen del EHDV en esta región y su evolución in situ y posible dispersión posterior. Se demostró también una relación evolutiva compartida para la secuencia de Ecuador con aquellas de Estados Unidos, y secuencias de España, Italia y Francia de reciente brote (2022) con secuencias de Túnez, sugiriendo una relación de intercambio comercial. Las redes de haplotipos comprueban estas trazas moleculares de intercambio o introducción con hasta con un solo cambio mutacional. Los resultados y conclusiones demuestran la importancia de la vigilancia genómica para la identificación, determinación de origen geográficos, nuevos linajes y serotipos de enfermedades virales emergentes, y su aplicación en estrategias de vigilancia, contención y control en salud global. Descripción : Epizootic hemorrhagic disease (EHD) is a viral pathology affecting wild and domestic ruminants with significant social and economic implications, caused by an arbovirus (EHDV), genus Orbivirus, consisting of double-stranded RNA, transmitted by Culicoides mosquitoes (Diptera: Ceratopogonidae) across five continents. It is an emerging virus in the Mediterranean, recently identified in Spain, Italy, and France (2022). In Ecuador, EHD is defined as a notifiable or mandatory declaration disease. However, it is not classified as an official control disease in Ecuador due to limited serological evidence demonstrating its presence in the country's livestock areas. The main objective was to infer the evolutionary relationships of EHDV-genVP2 viral genotypes, in silico, to determine taxonomic patterns related to genotype-phenotype (serotypes) correlation and molecular epidemiological phylogeography related to its origin and traces of mobility and introduction. A phylogeographic analysis was conducted using 71 DNA sequences from the VP2 gene of the capsid, with a length of 910 bp, from 19 countries across five continents. The analysis included four reference Orbivirus as sister groups and outgroups. Phylogenetic constructions were made using Paup4.05build169, applying Maximum Parsimony and Maximum Likelihood optimizations, with bootstrap values of 1,000 pseudo replicates for significance and statistical support of clades. The resulting trees from both methods exhibited the same topology. Additionally, haplotype networks were constructed using PopArt-TCS (parsimony). The results allowed us to demonstrate the monophyly of EHDV viruses and a viral complex related to the sister groups within the EHDV clade. Two main viral lineages, A and B, were identified. The subclades showed a genotype-phenotype correlation with known serotypes. Furthermore, two monophyletic subclades (A4 from Japan and A1 from China) were identified, correlated with two new serotypes. It was also determined that all subclades include sequences from Australia, mostly in a basal position, suggesting a possible origin of EHDV in this region and it’s in situ evolution and potential subsequent dispersion. An evolutionary relationship was also shown for the Ecuadorian sequence with those from the United States and sequences from Spain, Italy, and France from the recent outbreak (2022) with sequences from Tunisia, suggesting a trade exchange relationship. Haplotype networks confirm these molecular traces of exchange or introduction, even with a single mutational change. The results and conclusions demonstrate the importance of genomic surveillance for identifying, determining geographic origins, new lineages, and serotypes of emerging viral diseases, and their application in global health surveillance, containment, and control strategies.

2025-03-01T00:00:00Z Cahuantujo Farinango, Cristian Wladimir https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5534 2025-06-27T16:35:15Z 2025-03-01T00:00:00Z

Título : Análisis del estado nutricional en menores de edad hasta los 17 años, que residen en cinco casas de acogida en el Distrito Metropolitano de Quito durante el 2023 - 2024. Autor : Cahuantujo Farinango, Cristian Wladimir Resumen : Una nutrición adecuada en la niñez y adolescencia tiene un impacto directo en la salud y el desempeño académico, jugando un papel fundamental en el futuro socioeconómico. Por ende, es necesario que el acceso a la alimentación sea la idónea en cantidad y calidad para el desarrollo saludable. Esta investigación es relevante cuando los recursos son limitados, como sucede en muchas áreas de acogida. En Ecuador, en los últimos años, los recursos económicos se han visto afectados y la desnutrición infantil se ha mantenido como un problema de salud pública. En esta investigación se estudió la calidad nutricional en hogares de acogida. Las estrategias nacionales como "Ecuador Crece Sin Desnutrición" resultan imprescindibles para mejorar y fortalecer efectivamente los recursos necesarios para garantizar el derecho a una vida digna y saludable para los niños en hogares. En esta investigación se realizó un estudio transversal de las minutas de edad materna en 5 casas de acogida en el Distrito Metropolitano de Quito; estas son: Hogar del Niño San Vicente de Paúl (HNSVP), Fundación Nuestros Niños (FNN), Casa Hogar Rafael Dávila (CHRD), Fundación Albergue (ALB) y Casa Hogar Santa Marianita de Jesús (HCM). La coordinación se realizó con la UDEX, programa de investigaciones de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador (PUCE). Se analizaron las minutas de alimentación de las primeras semanas de acogida que participaron en la investigación; no existe comparable durante el desarrollo, ni análisis descriptivo e inferencial de las variables. Con esto, se conocerán las particularidades presentes algún tipo de desnutrición para determinar si la casa de acogida donde se realizó la investigación es un indicador de desnutrición. Descripción : Adequate nutrition in childhood and adolescence has a direct impact on health and academic performance, playing a fundamental role in the socioeconomic future. Therefore, it is necessary for access to food to be adequate in quantity and quality for healthy development. This research is relevant when resources are limited, as is the case in many shelters. In Ecuador, in recent years, economic resources have been affected, and child malnutrition has remained a public health problem. This research studied the nutritional quality in shelters. National strategies such as "Ecuador Crece Sin Desnutrición" (Ecuador Grows Without Malnutrition) are essential to effectively improve and strengthen the necessary resources to guarantee the right to a dignified and healthy life for children in shelters. In this research, a cross-sectional study of maternal age menus was carried out in 5 shelters in the Metropolitan District of Quito; these are: Hogar del Niño San Vicente de Paúl (HNSVP), Fundación Nuestros Niños (FNN), Casa Hogar Rafael Dávila (CHRD), Fundación Albergue (ALB), and Casa Hogar Santa Marianita de Jesús (HCM). Coordination was carried out with UDEX, a research program of the Pontificia Universidad Católica del Ecuador (PUCE). The food menus from the first weeks of admission of those who participated in the research were analyzed; there is no comparable data during development, nor descriptive and inferential analysis of the variables. With this, the particularities present in any type of malnutrition will be known to determine if the shelter where the research was carried out is an indicator of malnutrition.

2025-03-01T00:00:00Z Sandoval Morejón, Elizabeth Dayana https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5386 2025-06-27T16:35:20Z 2024-10-01T00:00:00Z

Título : Análisis y caracterización de la microbiota de garrapatas de los géneros Ixodes, Dermacentor y Rhipicephalus provenientes de fauna silvestre y doméstica de Ecuador empleando secuenciación de lecturas largas Autor : Sandoval Morejón, Elizabeth Dayana Resumen : Las garrapatas son vectores de enfermedades zoonóticas y enzoóticas, por lo que es importante estudiar la microbiota para detectar bacterias patógenas. Se han llevado a cabo estudios sobre enfermedades transmitidas por garrapatas en animales de producción; sin embargo, son escasos los estudios realizados en garrapatas que afectan a la fauna silvestre en Ecuador. Además, no hay datos publicados sobre estudios metagenómicos en estos ectoparásitos en el país. Es por ello, que el objetivo de este estudio es analizar la microbiota de garrapatas de los géneros Ixodes, Dermacentor y Rhipicephalus provenientes de fauna silvestre y doméstica en Ecuador mediante secuenciación por nanoporos del gen 16 S ARNr. Para ello, se analizarán muestras de ADN de garrapatas recolectadas en varias provincias de las tres regiones del país. Mediante PCR se amplificará el gen completo 16 S ARNr con la adición de secuencias que permitan luego la adición de un código de barras para la secuenciación por nanoporos a través del sistema MinION. El análisis de secuencias se llevará a cabo mediante el programa EPI2ME. Se espera identificar las especies de bacterias presentes, determinar la diversidad alfa y beta, y establecer cuáles de ellas son patógenas o simbiontes de la microbiota de las garrapatas. Los datos obtenidos sentarán las bases para futuras investigaciones longitudinales. Además, estos datos serán útiles para los organismos de control del país, que podrán establecer estrategias de control de vectores y transición de enfermedades entre animales y hacia humanos. Descripción : Ticks are vectors of zoonotic and enzootic diseases, so it is important to study the microbiota to detect pathogenic bacteria. Studies on tick-borne diseases in livestock have been carried out, but studies on ticks in wildlife in Ecuador are scarce. Furthermore, there are no published data on metagenomic studies of these ectoparasites in the country. Therefore, the aim of this study is to analyze the microbiota of ticks of the genera Ixodes, Dermacentor and Rhipicephalus from wild and domestic animals in Ecuador by nanopore sequencing of the 16 S rRNA gene. For this purpose, DNA samples from ticks collected in several provinces of the three regions of the country will be analysed. The complete 16S rRNA gene will be amplified by PCR with the addition of sequences that will allow the addition of a barcode for nanopore sequencing using the MinION system. Sequence analysis will be performed using EPI2ME software. It is hoped to identify the bacterial species present, determine alpha and beta diversity, and determine which are pathogenic or symbiotic with the tick microbiota. The data obtained will form the basis for future longitudinal research. In addition, these data will be useful to national control agencies in developing strategies for vector control and disease transmission between animals and humans.

2024-10-01T00:00:00Z Vallejos Yépez, Francisco Gabriel https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5385 2025-06-27T16:35:24Z 2024-01-01T00:00:00Z

Título : Métodos para detección de VPH en hombres: una revisión sistemática de pruebas disponibles Autor : Vallejos Yépez, Francisco Gabriel Resumen : El objetivo de esta revisión sistemática fue evaluar la sensibilidad y especificidad de diversas técnicas de laboratorio para la detección del Virus del Papiloma Humano (VPH) en hombres. Se realizó una búsqueda exhaustiva en PubMed y Scopus, aplicando el método PRISMA 2020 para seleccionar estudios relevantes. Los resultados mostraron que las técnicas moleculares, como PCR e Hybrid Capture 2, son altamente sensibles (79.6% - 96%), especialmente en poblaciones de alto riesgo, como hombres que tienen sexo con hombres (HSH) y con VIH. Sin embargo, presentan variabilidad en su especificidad (27.3% - 99%), lo que puede generar falsos positivos y sugiere complementarlas con métodos adicionales, como citología o inmunohistoquímica, para mejorar la precisión diagnóstica. Se confirma la falta de estudios sobre la efectividad de técnicas serológicas en hombres, lo que limita la comprensión de los métodos diagnósticos disponibles. También se identificó una notable carencia de investigaciones en poblaciones más amplias, lo que subraya la necesidad de futuros estudios que incluyan tanto hombres heterosexuales como homosexuales, para mejorar las estrategias de detección y prevención del VPH. Esta revisión resalta la importancia de mejorar la información disponible y el acceso a técnicas de diagnóstico más precisas, con el fin de reducir la transmisión y las complicaciones graves asociadas con esta infección. Descripción : The objective of this systematic review was to evaluate the sensitivity and specificity of various laboratory techniques for the detection of Human Papillomavirus (HPV) in men. A comprehensive search was conducted in the PubMed and Scopus databases, applying the guidelines of the PRISMA 2020 method, which allowed for the selection of relevant studies. The results revealed that molecular techniques, such as PCR and the Hybrid Capture 2 method, are highly sensitive (79.6% - 96%), especially in high-risk populations, such as men who have sex with men (MSM) and those living with HIV. However, their specificity varies widely (27.3% - 99%), which may lead to false positives, suggesting the need to complement them with additional methods, such as cytology or immunohistochemistry, to improve diagnostic accuracy. A limited availability of studies evaluating the effectiveness of serological techniques in men was found, limiting a comprehensive understanding of the available diagnostic methods. Additionally, a notable absence of studies on serological techniques was identified, which further limits the overall knowledge of diagnostic methods. Future research should include broader and more diverse populations of men, both heterosexual and homosexual. This review highlights the importance of improving the available information and access to more accurate diagnostic techniques, in order to reduce transmission and the serious complications associated with this infection

2024-01-01T00:00:00Z Castañeda Correa, Alex Felipe https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5384 2025-06-27T16:35:28Z 2024-01-01T00:00:00Z

Título : "Feria de salud" en relación de albuminuria, glucosa y medidas antropométricas en la población adulta de 35 años a 50 años Autor : Castañeda Correa, Alex Felipe Resumen : El proyecto titulado "Feria de Salud en relación de Albuminuria, Glucosa y Medidas Antropométricas en la Población Adulta de 35 a 50 Años" tiene como objetivo principal la prevención y detección temprana de la Diabetes Mellitus Tipo 2 (DM2) y sus complicaciones asociadas, como la nefropatía diabética. A través de la realización de una feria de salud en la Universidad Internacional SEK, se recolectarán datos sobre medidas antropométricas (índice de masa corporal), glucosa en gota fresca de sangre y microalbuminuria semicuantitativa en orina con tiras reactivas. Estos datos permitirán correlacionar niveles elevados de glucosa y albuminuria con la salud renal y el riesgo cardiovascular en la población estudiada. El proyecto busca educar, socializar y realizar diagnósticos tempranos para prevenir el avance de la DM2 y sus complicaciones, que representan un desafío importante para la salud pública en Ecuador. Además, se destaca la importancia de intervenciones preventivas, ya que factores como la mala alimentación y el sedentarismo han aumentado la prevalencia de esta enfermedad

2024-01-01T00:00:00Z Jarrín Porras, Estefany Carolina https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5383 2025-06-27T16:35:34Z 2024-09-01T00:00:00Z

Título : Caracterización de la microbiota bacteriana por secuenciación de 3era generación en Amblyomma spp. (Acari: Ixodidae) colectadas en las regiones Costa, Sierra y Amazonía, Ecuador Autor : Jarrín Porras, Estefany Carolina Resumen : Las garrapatas son ectoparásitos obligados y hematófagos, consideradas el vector más importante en la transmisión de enfermedades en animales, y el segundo en los seres humanos. Alrededor del mundo se han realizado múltiples investigaciones sobre la microbiota en garrapatas y la influencia en su biología, lo que ha permitido caracterizar la variedad de virus, bacterias y protozoarios. Amblyomma es el género más diverso reportado dentro de Ecuador y frecuentemente se la encuentra en zonas compartidas entre animales domésticos y fauna silvestre. El estudio de la microbiota requiere el uso de técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o técnicas de secuenciación. La mayoría de los estudios de la microbiota emplean técnicas de secuenciación de siguiente generación (NGS), pero estas plataformas solo permiten la secuenciación de fragmentos cortos de un gen. La tecnología Nanopore (MinION) ha permitido la secuenciación de fragmentos largos de ADN a bajo costo. En Ecuador se han identificado por PCR algunos géneros de bacterias en diferentes especies de garrapatas, pero no se ha reportado una caracterización completa de la microbiota bacteriana presenten en las garrapatas del género Amblyomma, por lo que se desconoce los posibles agentes infecciosos adicionales a los ya reportados que puedan estar circulando en animales de vida silvestre y domésticos. Objetivo: Caracterizar la microbiota bacteriana en especies de garrapatas del género Amblyomma mediante secuenciación de tercera generación, contribuyendo así en el conocimiento sobre las especies de bacterias que se encuentran circulando en el Ecuador continental. Métodos: Se seleccionarán 41 muestras de ADN de garrapatas, recolectadas en diez provincias del área continental del Ecuador y que pertenezcan a especies del género Amblyomma. Se realizará la amplificación del gen 16S ARNr empleando primers internos unidos a una secuencia adicional de anclaje. Los amplicones serán purificados y cuantificados, y posteriormente se construirán las librerías según las indicaciones del kit SQK-LSK114 y EXP-PBC001. La secuenciación de las librerías se realizará con el secuenciador MinION empleando la celda de flujo FLO-MIN114 R10.4.1 siguiendo las instrucciones del fabricante. El análisis de las secuencias será realizado mediante el programa EPI2ME. Resultados esperados: Se espera obtener la composición de la microbiota bacteriana presente en las garrapatas, estableciendo las diferencias entre las especies del género Amblyomma analizadas y su relación con el lugar de origen. También, se espera obtener la riqueza y diversidad de la microbiota bacteriana de las especies de Amblyomma, lo cual permitirá realizar una comparación entre las regiones o provincias donde fueron recolectadas cada garrapata. Y con la información de los géneros y especies de bacterias encontradas en Amblyomma spp., se espera realizar una clasificación de las bacterias según su relevancia en la salud pública y veterinaria, así como de las bacterias simbiontes, contribuyendo a la vigilancia de estos ectoparásitos. Descripción : Ticks are obligate and hematophagous ectoparasites, considered the most important vector in the transmission of diseases in animals and the second in humans. Worldwide, numerous studies have been carried out on the microbiota of ticks and its influence on their biology, allowing the characterization of the diversity of viruses, bacteria and protozoa. Amblyomma is the most diverse genus reported in Ecuador and is often found in areas shared by domestic and wild animals. The study of microbiota requires the use of molecular techniques such as polymerase chain reaction (PCR) or sequencing techniques. Most microbiota studies use next-generation sequencing techniques (NGS), but these platforms can only sequence short fragments of a gene. Nanopore technology (MinION) has made it possible to sequence long fragments of DNA at low cost. In Ecuador, some bacterial genera have been identified by PCR in different tick species, but a complete characterization of the bacterial microbiota present in Amblyomma ticks has not been reported, so the possible additional infectious agents that may be circulating in wild and domestic animals are unknown. Objective: To characterize the bacterial microbiota in tick species of the genus Amblyomma by third generation sequencing, thus contributing to the knowledge of the bacterial species circulating in continental Ecuador. Methods: 41 DNA samples of ticks belonging to species of the genus Amblyomma collected in ten provinces of continental Ecuador will be selected. Amplification of the 16S rRNA gene will be performed using internal primers linked to an additional anchor sequence. The amplicons will be purified and quantified and then libraries will be constructed according to the instructions of the SQK-LSK114 and EXP-PBC001 kits. The libraries will be sequenced on the MinION sequencer using the FLO-MIN114 R10.4.1 flow cell according to the manufacturer's instructions. Sequence analysis will be performed using the EPI2ME program. Expected results: It is expected to obtain the composition of the bacterial microbiota present in the ticks, establishing the differences between the species of the genus Amblyomma analyzed and their relationship with the place of origin. It is also expected to obtain the richness and diversity of the bacterial microbiota of Amblyomma species, which will allow a comparison between the regions or provinces where each tick was collected. And with the information of the genera and species of bacteria found in Amblyomma spp. it is expected to make a classification of bacteria according to their relevance in public and veterinary health, as well as symbiont bacteria, contributing to the surveillance of these ectoparasites.

2024-09-01T00:00:00Z Guevara Bahamonde, Matilde Tatiana https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5382 2025-06-27T16:35:48Z 2024-09-01T00:00:00Z

Título : Caracterización genómica de resistencia antimicrobiana mediante secuenciación del genoma completo de Enterobacterias procedentes del biobanco del año 2023 del Hospital General Docente de Calderón, Quito-Ecuador Autor : Guevara Bahamonde, Matilde Tatiana Resumen : La resistencia bacteriana hace referencia a la capacidad que tienen determinadas cepas bacterianas para tolerar la acción de los antibióticos destinados a evitar su proliferación lo que dificulta su tratamiento y aumenta el riesgo de infecciones graves y potencialmente mortales. Infecciones causadas por bacterias multiresistentes dificulta el tratamiento ya que llega a ser costoso debido a la necesidad de usar antibióticos de última línea y más prolongados. Además, la presencia de elementos móviles como plásmidos podrían llegar a propagarse de una persona a otra, o entre personas y animales, exacerbando el problema a nivel poblacional y global. De las enterobacterias más aisladas en el ámbito hospitalario, el género Klebsiella spp, es la más preocupante, ya que posee la capacidad de adquirir y diseminar múltiples mecanismos de resistencia complicando el tratamiento y control; es un patógeno oportunista que causa una variedad de enfermedades infecciosas, incluyendo infecciones del tracto urinario, bacteriemia, neumonía y abscesos hepáticos. En el Ecuador existe una limitada información de genes implicados en la resistencia bacteriana. En este estudio, se analizaron 27 aislamientos bacterianos, principalmente Klebsiella app, organizados en cuatro"Barcodes". Se llevó a cabo una secuenciación de genoma completo utilizando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies, generando un total de 3,106 lecturas con un rendimiento de 15.4 millones de bases y una calidad promedio (QScore) de 8.55. Se identificaron diversos genes de resistencia, incluyendo aquellos asociados a resistencia a aminoglucósidos (rrsH, aadA, rrsD, rrsB), fluoroquinolonas (parE, QnrB5, QnrB1, QnrB19, QnrS3, gyrA), y bombas de eflujo (acrA, YojI, mdtB). Además, mediante análisis metagenómico identificó la presencia de un plásmido asociados con la diseminación de resistencia a betalactámicos pIncX-SHV. Este estudio subraya el valor de la secuenciación de genoma completo para proporcionar una comprensión exhaustiva de los mecanismos de resistencia y enfatiza la necesidad de establecer y mantener biobancos microbianos para facilitar estudios retrospectivos y prospectivos en la lucha contra la resistencia antimicrobiana Descripción : Bacterial resistance refers to the ability of certain bacterial strains to tolerate the action of antibiotics designed to prevent their proliferation, making treatment more difficult and increasing the risk of severe and potentially fatal infections. Infections caused by multidrug-resistant bacteria complicate treatment as they become costly due to the need for last-resort and prolonged antibiotics. Additionally, the presence of mobile elements like plasmids can spread from person to person or between people and animals, exacerbating the problem on a population and global scale. Among the enterobacteria most commonly isolated in hospital settings, the genus Klebsiella spp. is particularly concerning as it has the capacity to acquire and disseminate multiple resistance mechanisms, complicating treatment and control; it is an opportunistic pathogen causing a range of infectious diseases, including urinary tract infections, bacteremia, pneumonia, and liver abscesses. In Ecuador, there is limited information on genes involved in bacterial resistance. In this study, 27 bacterial isolates, primarily Klebsiella spp., were analyzed and organized into four "Barcodes." Whole-genome sequencing was performed using the Oxford Nanopore Technologies MinION device, generating a total of 3,106 reads with a yield of 15.4 million bases and an average quality score (QScore) of 8.55. Various resistance genes were identified, including those associated with aminoglycosides (rrsH, aadA, rrsD, rrsB), fluoroquinolones (parE, QnrB5, QnrB1, QnrB19, QnrS3, gyrA), and efflux pumps (acrA, YojI, mdtB). Additionally, metagenomic analysis identified the presence of a plasmid associated with the dissemination of β-lactam resistance, pIncX-SHV. This study underscores the value of whole-genome sequencing in providing a comprehensive understanding of resistance mechanisms and highlights the need to establish and maintain microbial biobanks to facilitate retrospective and prospective studies in the fight against antimicrobial resistance

2024-09-01T00:00:00Z Vilema Paillacho, Liliana Judith https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5381 2025-06-27T16:44:07Z 2024-08-01T00:00:00Z

Título : Influencia de factores funcionales en los aspectos celulares y moleculares del sistema inmunológico Autor : Vilema Paillacho, Liliana Judith Resumen : El sistema inmunológico desempeña un papel crucial en el mantenimiento de la homeostasis del organismo. Esta revisión sistemática sintetiza la evidencia de los últimos años sobre las modificaciones en los componentes del sistema inmunológico como consecuencia de diversos factores celulares y moleculares, tales como alteraciones en el sueño, la alimentación, el género, la edad y el ejercicio físico. Se realizó una búsqueda exhaustiva en bases de datos como PubMed, SciELO, Cochrane y Science Direct, utilizando palabras clave relacionadas con el sistema inmunológico y los factores funcionales mencionados. Se aplicaron criterios de inclusión y exclusión rigurosos para seleccionar literatura relevante publicada entre 2019 y 2023, siguiendo los lineamientos con el método PRISMA 2020. La investigación reveló hallazgos significativos sobre la influencia de diversos factores en la respuesta inmunológica. Se identificaron como elementos cruciales para mantener un sistema inmunológico saludable: un sueño adecuado, una alimentación equilibrada, el ejercicio regular y el equilibrio hormonal. Además, se destacaron las terapias celulares, como las células CAR-T, las células NK y las células dendríticas, como enfoques prometedores en la modulación de la respuesta inmunológica contra enfermedades. Los resultados de esta revisión sistemática resaltan la importancia de adoptar un enfoque integral que incluya un estilo de vida saludable y la consideración de factores funcionales para optimizar la función del sistema inmunológico. Asimismo, las terapias celulares emergentes ofrecen alternativas terapéuticas prometedoras para el tratamiento de diversas enfermedades al modular la respuesta inmunológica de manera específica y dirigida. Descripción : The immune system plays a crucial role in maintaining the body's homeostasis. This systematic review synthesizes the evidence from recent years on the modifications in the components of the immune system as a consequence of various cellular and molecular factors, such as alterations in sleep, diet, gender, age, and physical exercise. An exhaustive search was conducted in databases such as Pubmed, Scielo, Cochrane, and Science Direct, using keywords related to the immune system and the aforementioned functional factors. Rigorous inclusion and exclusion criteria were applied to select relevant literature published between 2015 and 2024, following PRISMA 2020 guidelines. The research revealed significant findings regarding the influence of various factors on the immune response. Adequate sleep, a balanced diet, regular exercise, and hormonal balance were identified as crucial elements for maintaining a healthy immune system. Additionally, cellular therapies, such as CAR-T cells, NK cells, and dendritic cells, were highlighted as promising approaches in modulating the immune response against diseases. The results of this systematic review emphasize the importance of adopting a comprehensive approach that includes a healthy lifestyle and the consideration of functional factors to optimize the function of the immune system. Furthermore, emerging cell therapies offer promising therapeutic alternatives for the treatment of various diseases by specifically and selectively modulating the immune response.

2024-08-01T00:00:00Z Molina Herrera, Luis Javier https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5380 2025-06-27T16:35:52Z 2024-08-01T00:00:00Z

Título : Meta-análisis: Eficacia de las células madre mesenquimales (MCSs) en modelos murinos con lesión renal aguda (AKI) Autor : Molina Herrera, Luis Javier Resumen : Las células madre mesenquimales (MSCs) son células estromales que poseen la capacidad de autorrenovarse y diferenciarse. Pueden ser aisladas del tejido adiposo (ADSCs), de la médula ósea (BM-MSCs) y del cordón umbilical (UC-MSCs). La terapia basada en MSCs se ha posicionado como una técnica emergente y prometedora en la atención de enfermedades cardiovasculares, neurodegenerativas, autoinmunes, pulmonares y renales. La terapia con MSCs en el tratamiento de enfermedades renales en modelos murinos con lesión renal aguda (AKI), han demostrado propiedades inmunomoduladoras, antiinflamatorias y de reparación celular, que podrían atenuar la lesión y acelerar el proceso de regeneración del tejido. Sin embargo, aún no existe evidencia clara de un enfoque terapéutico reproducible y estandarizado para el uso de MSCs como terapia, pese a la existencia de cientos de ensayos clínicos y preclínicos que aseguran el adecuado funcionamiento de este mecanismo. Por esto se vuelve necesario analizar los parámetros utilizados para evaluar la eficacia del uso de MSCs en modelos murinos con AKI. Para ello, se realizó una revisión sistemática acorde al protocolo PRISMA 2020. La búsqueda de artículos relacionados se ejecutó en Pubmed y Embase, seguido de una clasificación en el software en línea Rayyan. La extracción y elaboración de tablas de datos se realizó por duplicado mediante el software Engauge Digitizer. Para el meta-análisis se evaluaron las diferencia de medias estandarizadas con intervalos de confianza del 95%, evaluando estadísticos de heterogeneidad, sesgos de publicación y curvas de valores p, mediante el software Jamovi. Se analizaron 12 artículos que cumplieron con los criterios de inclusión. Los resultados indican una disminución no significativa a favor del tratamiento en los niveles de creatinina sérica y BUN, al utilizar solo MSCs, mientras que al añadir un tratamiento adicional, solo el análisis para BUN fue significativo. Esto revela una eficacia reducida de las MSCs en los ensayos al ser evaludas mediante estos indicadores que son los más frecuentes al momento de en los artículos selecionados. Los resultados del meta-análisis contrastan con la visión ampliamente aceptada de que las MSCs son altamente eficaces y se sugiere una estandarización de medidas de eficacia al evaluar sistemas basados en terapias con MSCs en el ámbito clínico y preclínico. Descripción : Mesenchymal stem cells (MSCs) are stromal cells with the capacity for self-renewal and differentiation. They can be isolated from adipose tissue (ADSCs), bone marrow (BMSCs), and umbilical cord (UCMSCs). MSC-based therapy has emerged as a promising technique in addressing cardiovascular, neurodegenerative, autoimmune, pulmonary, and renal diseases. MSC therapy in the treatment of acute kidney injury (AKI) in murine models has demonstrated immunomodulatory, anti-inflammatory, and reparative properties, which could attenuate injury and accelerate tissue regeneration. However, there is still no clear evidence of a reproducible and standardized therapeutic approach for MSCs use despite the existence of hundreds of clinical and preclinical trials asserting the efficacy of this mechanism. Therefore, it becomes necessary to analyze standards used to evaluate the efficacy of MSC use in murine models with renal damage. To address this, a systematic review was conducted following the PRISMA 2020 protocol, with related articles searched in PubMed and Embase, followed by classification using the online Rayyan software. Data extraction and table creation were performed in duplicate using Engauge Digitizer software. For the meta-analysis, standardized mean differences with 95% confidence intervals were evaluated, alongside heterogeneity statistics, publication bias, and p-value curves, using Jamovi software. Twelve articles meeting the inclusion criteria were analyzed. Results indicate a non-significant reduction in serum creatinine and BUN levels when using only MSCs, while an additional treatment showed significance only for BUN analysis. This reveals a reduced efficacy of MSCs in trials when evaluated through these indicators, which are the most frequently used in the selected articles. The meta-analysis results contrast with the widely accepted view that MSCs are highly effective, suggesting a need for standardization of efficacy measures when assessing MSC-based therapies in both clinical and preclinical settings.

2024-08-01T00:00:00Z Laminia Cali, Evelin Tatiana https://repositorio.uisek.edu.ec:443/handle/123456789/5328 2025-06-27T16:35:57Z 2024-08-01T00:00:00Z

Título : Nanovehiculización funcional de acetogeninas para un eventual tratamiento quimioterapéutico contra el cáncer de mama: una revisión sistemática Autor : Laminia Cali, Evelin Tatiana Resumen : El cáncer de mama es una neoplasia maligna que afecta a las glándulas mamarias. Actualmente, existe una variedad de tratamientos contra esta enfermedad. Sin embargo, los efectos secundarios adversos asociados a los tratamientos convencionales han incentivado la búsqueda de nuevas terapias. En este contexto, las acetogeninas, metabolitos secundarios de origen vegetal encontrados en plantas de las familias Annonaceae, Vitaceae y Lauraceae, poseen interesantes propiedades antiinflamatorias, antioxidantes y anticancerígenas, convirtiéndolas en un tratamiento prometedor contra el cáncer de mama. Sin embargo, estos metabolitos aún resultan poco biodisponibles debido a su elevada hidrofobicidad y/o su baja estabilidad temporal. No obstante, en las últimas décadas, la nanotecnología ha aportado importantes conocimientos a las áreas farmacéutica y biomédica, permitiendo optimizar el transporte (nanovehiculización) de biomoléculas con potencial bioactividad, pero baja biodisponibilidad. Por lo tanto, el objetivo principal de esta revisión sistemática fue evaluar las estrategias de nanovehiculización disponibles que podrían ser empleadas para mejorar la biodisponibilidad de las acetogeninas, mediante una revisión sistemática de literatura científica utilizando la metodología PRISMA, con el fin de proponer una posible administración más eficaz de estos metabolitos contra el cáncer de mama. Los nanomateriales empleados en los estudios seleccionados (nanopartículas, nanopartículas de plata y nanodiamantes) mejoraron notablemente la eficacia del tratamiento con acetogeninas, tanto en los ensayos in vitro e in vivo, lo cual demuestra que la nanovehiculización mejora la distribución y entrega selectiva de acetogeninas para el tratamiento del cáncer de mama y disminuye sus efectos adversos. Sin embargo, aún se requiere llevar a cabo estudios adicionales que evalúen nuevos nanomateriales. Los resultados de este estudio podrían promover el desarrollo de nuevas investigaciones a nivel in vitro que validen las estrategias de nanovehiculización de acetogeninas encontradas e identifiquen nuevas propuestas de nanovehiculización de acetogeninas aún no evaluadas Descripción : Breast cancer is a malignant neoplasm that affects the mammary glands. Currently, there are a variety of treatments for this disease. However, the adverse side effects associated with conventional treatments have prompted the search for new therapies. In this context, acetogenins, vegetable secondary metabolites found in plants of the Annonaceae, Vitaceae and Lauraceae families, offer interesting anti-inflammatory, antioxidant and anticarcinogenic properties, making them a promising treatment for breast cancer. However, these metabolites are still poorly bioavailable due to their high hydrophobicity and/or low temporal stability. Nevertheless, in the last decades, nanotechnology has brought key knowledge to the pharmaceutical and biomedical areas allowing the generation of potential alternatives for the transport (nanovehiculization) of biomolecules with potential bioactivity but low bioavailability. Therefore, the main objective of this systematic review was to evaluate the available nanovehiculization strategies that could be employed to improve the bioavailability of acetogenins, through a systematic review of scientific literature using PRISMA methodology, in order to propose a possible more effective delivery of these metabolites against breast cancer. The nanomaterials used in the selected studies (nanoparticles, silver nanoparticles and nanodiamonds) significantly improved the efficacy of acetogenin treatment in both in vitro and in vivo assays, demonstrating that nanovehiculization improves the distribution and selective delivery of acetogenins for breast cancer treatment and decreases their adverse effects. However, further studies evaluating new nanomaterials are still needed. The results of this study could promote the development of new in vitro studies that could validate the acetogenin nanovehiculization strategies that were found and identify new approaches to acetogenin nanovehiculization which have not yet been evaluated.

2024-08-01T00:00:00Z